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Esegui uno screening virtuale con AutoDock Vina su Deadline Cloud - Deadline Cloud

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Esegui uno screening virtuale con AutoDock Vina su Deadline Cloud

Il job bundle virtual_screening_vina utilizza AutoDockVina per esaminare grandi librerie di composti rispetto a un bersaglio proteico. Il pacchetto divide una libreria composta in blocchi e li aggancia in parallelo a una flotta di lavoratori, quindi aggrega e classifica i risultati in base all'affinità di associazione.

La pipeline prevede quattro fasi:

  1. PrepareReceptor— Converte la proteina PDB in formato PDBQT con Open Babel.

  2. SplitLibrary— Divide la libreria composita SDF in N blocchi.

  3. DockCompounds— Esegue N attività di docking parallele (una per blocco). Ogni attività è idempotente e sicura per la prevenzione di Spot.

  4. ScoreAndRank— Aggrega tutti i risultati parziali in un file CSV classificato con i migliori risultati.

Il pacchetto richiede una flotta Linux x86_64 gestita dai servizi (consigliato da Spot), un ambiente di coda conda con from e Vina. openbabel conda-forge AutoDock Installa Vina compilando la ricetta Crea un pacchetto AutoDock Vina conda per Deadline Cloud conda nel tuo canale S3 o installando il binario tramite uno script di configurazione fleet host.

Imposta CompoundLibrary=chembl (impostazione predefinita) per scaricare e filtrare automaticamente molecole simili a farmaci da ChEMBL o fornisci il tuo file SDF.

Dalla directory, invia il lavorojob_bundles:

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

Per i dettagli sulla creazione del pacchetto AutoDock Vina conda, vedere. Crea un pacchetto AutoDock Vina conda per Deadline Cloud