Le traduzioni sono generate tramite traduzione automatica. In caso di conflitto tra il contenuto di una traduzione e la versione originale in Inglese, quest'ultima prevarrà. # Chiama le varianti genetiche con bwa e bcftools su Deadline Cloud Il [ job bundle ](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/variant_calling_bwa) variant\_calling\_bwa sul GitHub sito web trova le differenze genetiche tra un individuo e un genoma di riferimento. Allinea le letture in sequenza con`bwa`, chiama le varianti con e unisce i risultati in un unico file VCF. `bcftools` La pipeline implementa nuovamente la pipeline di tutorial sulla chiamata delle varianti di AWS HealthOmics WDL in Open Job Description. Il pacchetto illustra modelli che si ripercuotono su altri carichi di lavoro scientifici: + Software fornito come pacchetti conda dal canale bioconda anziché incorporato nelle immagini dei contenitori. + Fan-out su due diversi parametri di attività: gli scatters di allineamento sui campioni e gli scatters che chiamano le varianti sulle regioni del genoma, con una fase di unione come raccolta. + Un ambiente di lavoro che verifica che tutti gli strumenti necessari siano attivi `PATH` una volta per sessione e riporta i pacchetti e i canali esatti da configurare se ne mancano. Il pacchetto richiede una farm con una flotta Linux, un ambiente conda queue con canali impostati `conda-forge bioconda` in questo ordine e l'interfaccia a riga di comando di Deadline Cloud. Scarica i dati di esempio (circa 950 KB), quindi invia: ``` python sample_inputs/fetch_test_data.py deadline bundle submit . ``` I parametri predefiniti (2 campioni, 4 regioni) producono 10 attività. Il README spiega come creare una propria coorte, ridimensionare l'elenco delle regioni e aggiungere i passaggi che un'analisi della produzione aggiungerebbe. Per altri esempi di bioscienze, vedere,, e. [Prevedi le strutture proteiche con ESMFold su Deadline Cloud](examples-jb-esmfold.md) [Esegui simulazioni di dinamica molecolare GROMACS su Deadline Cloud](examples-jb-gromacs.md) [Esegui uno screening virtuale con AutoDock Vina su Deadline Cloud](examples-jb-virtual-screening.md)