Esempi per HealthOmics con AWS CLI

Come arrestare un caricamento dei set di lettura in più parti

L’esempio abort-multipart-read-set-upload seguente arresta il caricamento di un set di lettura in più parti nell’archivio di sequenze HealthOmics.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Questo comando non produce alcun output.

Per ulteriori informazioni, consulta Direct upload to a sequence store nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come accettare una condivisione dei dati dell’archivio di analisi

L’esempio accept-share seguente accetta una condivisione dei dati dell’archivio di analisi HealthOmics.

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Output:

{
    "status": "ACTIVATING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Cross-account sharing nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come eliminare più set di lettura

L’esempio batch-delete-read-set seguente elimina due set di lettura.

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

Se si verifica un errore durante l’eliminazione di uno dei set di lettura specificati, il servizio restituisce un elenco di errori.

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come annullare un processo di importazione di annotazioni

L’esempio cancel-annotation-import-job seguente annulla un processo di importazione di annotazioni con ID 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997.

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come annullare un’esecuzione

L’esempio cancel-run seguente annulla un’esecuzione con ID 1234567.

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Per ulteriori informazioni, consulta Run lifecycle in a workflow nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come annullare un processo di importazione di varianti

L’esempio cancel-variant-import-job seguente annulla un processo di importazione di varianti con ID 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e.

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come concludere un caricamento in più parti una volta caricati tutti i componenti

L’esempio complete-multipart-read-set-upload seguente conclude un caricamento in più parti in un archivio di sequenze dopo il caricamento di tutti i componenti.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Output:

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Direct upload to a sequence store nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come creare una nuova versione di un archivio di annotazioni

L’esempio create-annotation-store-version seguente crea una nuova versione di un archivio di annotazioni.

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Output:

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating new versions of annotation stores nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Esempio 1: creare un archivio di annotazioni VCF

L’esempio create-annotation-store seguente crea un archivio di annotazioni in formato VCF.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Esempio 2: creare un archivio di annotazioni TSV

L’esempio create-annotation-store seguente crea un archivio di annotazioni in formato TSV.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

Le opzioni di formato per le annotazioni sono configurate mediante tsv-store-options.json.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come avviare un caricamento di un set di lettura in più parti

L’esempio create-multipart-read-set-upload seguente avvia un caricamento di un set di lettura in più parti.

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Output:

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Direct upload to a sequence store nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come creare un archivio di riferimenti

L’esempio create-reference-store seguente crea un archivio di riferimenti my-ref-store.

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come creare un gruppo di esecuzione

L’esempio create-run-group seguente crea un gruppo di esecuzione denominato cram-converter.

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-gpus 10 \
    --max-duration 600 \
    --max-runs 5

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating run groups nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come creare un archivio di sequenze

L’esempio create-sequence-store seguente crea un archivio di sequenze.

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come creare una condivisione di un archivio di analisi HealthOmics

L’esempio di create-share seguente mostra come creare una condivisione di un archivio di analisi HealthOmics che possa essere accettata da un abbonato esterno all’account.

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Output:

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Cross-account sharing nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come creare un archivio di varianti

L’esempio create-variant-store seguente crea un archivio di varianti denominato my_var_store.

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come creare un flusso di lavoro

L’esempio create-workflow seguente crea un flusso di lavoro WDL.

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zip è un archivio ZIP contenente una definizione del flusso di lavoro. I parametri di runtime per il flusso di lavoro sono definiti in workflow-params.json.

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating private workflows nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come eliminare una versione dell’archivio di annotazioni

L’esempio delete-annotation-store-versions seguente elimina una versione dell’archivio di annotazioni.

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Output:

{
    "errors": []
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating new versions of annotation stores nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come eliminare un archivio di annotazioni

L’esempio delete-annotation-store seguente elimina un archivio di annotazioni denominato my_vcf_store.

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Output:

{
    "status": "DELETING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come eliminare un archivio di riferimenti

L’esempio delete-reference-store seguente elimina un archivio di riferimenti con ID 1234567890.

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come eliminare un riferimento

L’esempio delete-reference seguente elimina un riferimento.

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come eliminare un gruppo di esecuzione

L’esempio delete-run-group seguente elimina un gruppo di esecuzione con ID 1234567.

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Per ulteriori informazioni, consulta Deleting runs and run groups nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come eliminare un’esecuzione del flusso di lavoro

L’esempio delete-run seguente elimina un’esecuzione con ID 1234567.

aws omics delete-run \
    --id 1234567

Per ulteriori informazioni, consulta Deleting runs and run groups nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come eliminare un archivio di sequenze

L’esempio delete-sequence-store seguente elimina un archivio di sequenze con ID 1234567890.

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come eliminare una condivisione di dati di analisi HealthOmics

L’esempio delete-share seguente elimina una condivisione di dati di analisi tra più account.

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Output:

{
    "status": "DELETING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Cross-account sharing nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come eliminare un archivio di varianti

L’esempio delete-variant-store seguente elimina un archivio di varianti denominato my_var_store.

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Output:

{
    "status": "DELETING"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come eliminare un flusso di lavoro

L’esempio delete-workflow seguente elimina un flusso di lavoro con ID 1234567.

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Per ulteriori informazioni, consulta Delete a private workflow nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come visualizzare un processo di importazione di annotazioni

L’esempio get-annotation-import-job seguente ottiene i dettagli relativi a un processo di importazione di annotazioni.

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come recuperare i metadati per una versione dell’archivio di annotazioni

L’esempio get-annotation-store-version seguente recupera i metadati per la versione dell’archivio di annotazioni richiesto.

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Output:

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating new versions of annotation stores nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come visualizzare un archivio di annotazioni

L’esempio get-annotation-store seguente ottiene i dettagli relativi a un archivio di annotazioni denominato my_ann_store.

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un processo di attivazione di set di lettura

L’esempio get-read-set-activation-job seguente ottiene i dettagli relativi a un processo di attivazione di set di lettura.

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un processo di esportazione di set di lettura

L’esempio get-read-set-export-job seguente ottiene i dettagli relativi a un processo di esportazione di set di lettura.

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un processo di importazione di set di lettura

L’esempio get-read-set-import-job seguente ottiene i dettagli relativi a un processo di importazione di set di lettura.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un set di lettura

L’esempio get-read-set-metadata seguente ottiene i dettagli relativi ai file di un set di lettura.

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come scaricare un set di lettura

L’esempio get-read-set seguente scarica la parte 3 di un set di lettura come 1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un processo di importazione di riferimenti

L’esempio get-reference-import-job seguente ottiene i dettagli relativi a un processo di importazione di riferimenti.

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un riferimento

L’esempio get-reference-metadata seguente ottiene i dettagli relativi a un riferimento.

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un archivio di riferimenti

L’esempio get-reference-store seguente ottiene i dettagli relativi a un archivio di riferimenti.

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come scaricare un riferimento genomico

L’esempio get-reference seguente scarica la parte 1 di un genoma come hg38.1.fa.

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un gruppo di esecuzione

L’esempio get-run-group seguente ottiene i dettagli relativi a un gruppo di esecuzione.

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating run groups nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come visualizzare un’attività

L’esempio get-run-task seguente ottiene i dettagli relativi a un’attività di un flusso di lavoro.

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Output:

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Task lifecycle in a HealthOmics run nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come visualizzare un’esecuzione del flusso di lavoro

L’esempio get-run seguente ottiene i dettagli relativi a un’esecuzione del flusso di lavoro.

aws omics get-run \
    --id 1234567

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Run lifecycle in a workflow nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come visualizzare un archivio di sequenze

L’esempio get-sequence-store seguente ottiene i dettagli relativi a un archivio di sequenze con ID 1234567890.

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come recuperare i metadati relativi a una condivisione di dati di analisi HealthOmics

L’esempio get-share seguente recupera i metadati relativi a una condivisione di dati di analisi tra più account.

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Output:

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Per ulteriori informazioni, consulta Cross-account sharing nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come visualizzare un processo di importazione di varianti

L’esempio get-variant-import-job seguente ottiene i dettagli relativi a un processo di importazione di varianti.

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un archivio di varianti

L’esempio get-variant-store seguente ottiene i dettagli relativi a un archivio di varianti.

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come visualizzare un flusso di lavoro

L’esempio get-workflow seguente ottiene i dettagli relativi a un flusso di lavoro con ID 1234567.

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating private workflows nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come ottenere un elenco di processi di importazione di annotazioni

L’esempio list-annotation-import-jobs seguente ottiene un elenco di processi di importazione di annotazioni.

aws omics list-annotation-import-jobs

Output:

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come elencare tutte le versioni di un archivio di annotazioni

L’esempio list-annotation-store-versions seguente elenca tutte le versioni esistenti di un archivio di annotazioni.

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Output:

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating new versions of annotation stores nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come ottenere un elenco di archivi di annotazioni

L’esempio list-annotation-stores seguente ottiene un elenco di archivi di annotazioni.

aws omics list-annotation-stores

Output:

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come elencare tutti i caricamenti di set di lettura in più parti e i relativi stati

L’esempio list-multipart-read-set-uploads seguente elenca tutti i caricamenti di set di lettura in più parti e i relativi stati.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Output:

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Direct upload to a sequence store nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come ottenere un elenco di processi di attivazione di set di lettura

L’esempio list-read-set-activation-jobs seguente ottiene un elenco di processi di attivazione per un archivio di sequenze con ID 1234567890.

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Output:

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di processi di esportazione di set di lettura

L’esempio list-read-set-export-jobs seguente ottiene un elenco di processi di esportazione per un archivio di sequenze con ID 1234567890.

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Output:

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di processi di importazione di set di lettura

L’esempio list-read-set-import-jobs seguente ottiene un elenco di processi di importazione per un archivio di sequenze con ID 1234567890.

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Output:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come elencare tutte le parti in un processo di caricamento in più parti richiesto per un archivio di sequenze

L’esempio list-read-set-upload-parts seguente elenca tutte le parti in un processo di caricamento in più parti richiesto per un archivio di sequenze.

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Output:

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Per ulteriori informazioni, consulta Direct upload to a sequence store nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come ottenere un elenco di set di lettura

L’esempio list-read-sets seguente ottiene un elenco di set di lettura per un archivio di sequenze con ID 1234567890.

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Output:

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di processi di importazione di riferimenti

L’esempio list-reference-import-jobs seguente ottiene un elenco di processi di importazione di riferimenti per un archivio di riferimenti con ID 1234567890.

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Output:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di archivi di riferimenti

L’esempio list-reference-stores seguente ottiene un elenco di archivi di riferimenti.

aws omics list-reference-stores

Output:

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di riferimenti

L’esempio list-references seguente ottiene un elenco di riferimenti genomici a per un archivio di riferimenti con ID 1234567890.

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Output:

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di gruppi di esecuzione

L’esempio list-run-groups seguente ottiene un elenco di gruppi di esecuzione.

aws omics list-run-groups

Output:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating run groups nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come ottenere un elenco di attività

L’esempio list-run-tasks seguente ottiene un elenco di attività per un’esecuzione del flusso di lavoro.

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Output:

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Task lifecycle in a HealthOmics run nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come ottenere un elenco di esecuzioni del flusso di lavoro

L’esempio list-runs seguente ottiene un elenco di esecuzioni del flusso di lavoro.

aws omics list-runs

Output:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Run lifecycle in a workflow nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come ottenere un elenco di archivi di sequenze

L’esempio list-sequence-stores seguente ottiene un elenco di archivi di sequenze.

aws omics list-sequence-stores

Output:

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come elencare le condivisioni disponibili di un dato di analisi HealthOmics

L’esempio list-shares seguente elenca tutte le condivisioni che sono state create per il proprietario di una risorsa.

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Output:

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Cross-account sharing nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come ottenere un elenco di tag

L’esempio list-tags-for-resource seguente ottiene un elenco di tag per un flusso di lavoro con ID 1234567.

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Output:

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Per ulteriori informazioni, consulta Tagging resources in Amazon Omics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di processi di importazione di varianti

L’esempio list-variant-import-jobs seguente ottiene un elenco di processi di importazione di varianti.

aws omics list-variant-import-jobs

Output:

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di archivi di varianti

L’esempio list-variant-stores seguente ottiene un elenco di archivi di varianti.

aws omics list-variant-stores

Output:

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come ottenere un elenco di flussi di lavoro

L’esempio list-workflows seguente ottiene un elenco di flussi di lavoro.

aws omics list-workflows

Output:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Per ulteriori informazioni, consulta Creating private workflows nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come importare annotazioni

L’esempio start-annotation-import-job seguente importa le annotazioni da Amazon S3.

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Output:

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come attivare un set di lettura archiviato

L’esempio start-read-set-activation-job seguente attiva due set di lettura.

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Output:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come esportare un set di lettura

L’esempio start-read-set-export-job seguente esporta due set di lettura in Amazon S3.

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Output:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come importare un set di lettura

L’esempio start-read-set-import-job seguente importa un set di lettura.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json è un documento JSON con il seguente contenuto.

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come importare un genoma di riferimento

L’esempio start-reference-import-job seguente importa un genoma di riferimento da Amazon S3.

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come eseguire un flusso di lavoro

L’esempio start-run seguente esegue un flusso di lavoro con ID 1234567.

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json è un documento JSON con il seguente contenuto.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Starting a run nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come caricare file di origine da Amazon Omics

È possibile caricare file di origine anche da Archiviazione Amazon Omics utilizzando URI specifici del servizio. Il seguente file workflow-inputs.json di esempio utilizza gli URI di Amazon Omics come origini di set di lettura e genomi di riferimento.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

Come importare un file di varianti

L’esempio start-variant-import-job seguente importa un file di varianti in formato VCF.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Output:

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come aggiungere un tag a una risorsa

L’esempio tag-resource seguente aggiunge un tag department a un flusso di lavoro con ID 1234567.

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Per ulteriori informazioni, consulta Tagging resources in Amazon Omics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come rimuovere un tag da una risorsa

L’esempio untag-resource seguente rimuove il tag department da un flusso di lavoro.

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Storage nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come aggiornare un archivio di annotazioni

L’esempio update-annotation-store seguente aggiorna la descrizione di un archivio di annotazioni denominato my_vcf_store.

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Output:

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come aggiornare un gruppo di esecuzione

L’esempio update-run-group seguente aggiorna le impostazioni di un gruppo di esecuzione con ID 1234567.

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Output:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Workflows nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come aggiornare un archivio di varianti

L’esempio update-variant-store seguente aggiorna la descrizione di un archivio di varianti denominato my_var_store.

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Output:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Omics Analytics nella Guida per gli sviluppatori di Amazon Omics.

Come aggiornare un flusso di lavoro

L’esempio 1234567 seguente aggiorna la descrizione di un flusso di lavoro con ID update-workflow.

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Per ulteriori informazioni, consulta Creating or updating a workflow nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.

Come caricare una parte di un set di lettura

L’esempio upload-read-set-part seguente carica una parte specificata di un set di lettura.

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Output:

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Per ulteriori informazioni, consulta Direct upload to a sequence store nella Guida per l’utente di AWS HealthOmics.