HealthLake permintaan contoh NLP terintegrasi - AWS HealthLake

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

HealthLake permintaan contoh NLP terintegrasi

Contoh 1: Patient catatan yang dicerna ke dalam penyimpanan HealthLake data

Berikut ini adalah contoh catatan klinis berdasarkan Patient pertemuan dengan profesional perawatan kesehatan.

Data sintetis

Teks dalam contoh berikut adalah konten sintetis dan tidak mengandung informasi kesehatan yang dilindungi (PHI).

1991-08-31 # Chief Complaint - Headache - Sinus Pain - Nasal Congestion - Sore Throat - Pain with Bright Lights - Nasal Discharge - Cough # History of Present Illness Jerónimo599 is a 4 month-old non-hispanic white male. # Social History Patient has never smoked. Patient comes from a middle socioeconomic background. Patient currently has Aetna. # Allergies No Known Allergies. # Medications No Active Medications. # Assessment and Plan Patient is presenting with bee venom (substance), mold (organism), house dust mite (organism), animal dander (substance), grass pollen (substance), tree pollen (substance), lisinopril, sulfamethoxazole / trimethoprim, fish (substance). ## Plan The patient was prescribed the following medications: - astemizole 10 mg oral tablet - nda020800 0.3 ml epinephrine 1 mg/ml auto-injector The patient was placed on a careplan: - self-care interventions (procedure)

Sebagai pengingat, informasi ini dikodekan dalam format base64 di sumber daya. DocumentReference Ketika dokumen ini dimasukkan ke dalam HealthLake dan operasi Amazon Comprehend Medical API selesai, untuk melihat hasilnya, Anda dapat memulai GET dengan permintaan pada jenis sumber daya. DocumentReference

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference

Jika operasi Amazon Comprehend Medical API berhasil, cari pasangan nilai kunci ini di dalam yang ditautkan ke berikut extension "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"

{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/", "valueString": "SUCCESS" }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/", "valueString": "The AWS HealthLake integrated medical NLP operation was successful." }

Tab berikut menunjukkan kepada Anda bagaimana rekam medis yang dicerna dilaporkan di penyimpanan HealthLake data Anda berdasarkan jenis sumber daya.

DocumentReference

Untuk melihat hasil untuk jenis DocumentReference sumber daya tunggal, buat GET permintaan di id mana sumber daya tertentu disediakan.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed

Ketika berhasil, Anda mendapatkan kode respons 200 HTTP, dan respons JSON berikut (yang telah dipotong untuk kejelasan).

Ini http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/ porsinya. Anda dapat melihat bahwa yang baru Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a telah ditambahkan. Anda juga dapat melihat di mana HealthLake telah menambahkan temuan berbasis inferensi ke jenis spesifik Observation dan Condition sumber daya.

Untuk melihat bagaimana jenis sumber daya ini telah diubah, pilih tab terkait.

{ "extension": [ { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "Condition/0854e1f3-894d-448e-a8d9-3af5b9902baf" } } ], "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/" }
Linkage

Untuk melihat hasil untuk jenis Linkage sumber daya tunggal, buat GET permintaan di ID mana sumber daya tertentu disediakan.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Ketika berhasil, Anda mendapatkan kode respons 200 HTTP, dan respons JSON terpotong berikut.

Respons berisi item elemen. Di dalamnya, pasangan kunci-nilai "type": "source" menunjukkan DocumentReference entri spesifik yang digunakan untuk memodifikasi Condition dan Observations terdaftar di bawah pasangan "type": "alternate" kunci-nilai.

Anda juga melihat meta elemen, dan pasangan kunci-nilai yang sesuai,"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], yang menunjukkan sumber daya ini dibuat oleh. HealthLake

{ "resourceType": "Linkage", "id": "e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a", "active": true, "item": [ { "type": "alternate", "resource": { "reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5", "type": "Observation" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "Condition/9d5c1ef6-f822-4faf-b55f-7c70f2a4aa8d", "type": "Condition" } }, { "type": "source", "resource": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed", "type": "DocumentReference" } } ], "meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:31.327Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] } }
Resource type: Observation

Untuk melihat hasil untuk jenis Observation sumber daya tunggal, buat GET permintaan di ID mana sumber daya tertentu disediakan.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Observation/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Hasil operasi Amazon Comprehend Medical API diubah menjadi elemen-elemen berikut:,, dan. code meta modifierExtension

code

Elemen tipeCodeableConcept. Untuk mempelajari lebih lanjut, lihat CodeableConceptdi dokumentasi FHIR R4.

HealthLake menambahkan tiga pasangan kunci-nilai berikut.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": Di mana URL mengacu pada operasi Amazon Comprehend Medical API tertentu. Dalam hal ini, Inferensi ICD1 0CM.

  • "code": "A52.06": Di A52.06 mana kode ICD-10-CM yang mengidentifikasi konsep yang ditemukan dalam basis pengetahuan dari Pusat Pengendalian Penyakit.

  • "display": "Other syphilitic heart involvement": Di "Other syphilitic heart involvement" mana deskripsi panjang kode ICD-10-CM dalam ontologi.

Respon JSON terpotong berikut hanya berisi elemen. code

"code": { "coding": [ { "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/", "code": "A52.06", "display": "Other syphilitic heart involvement" } ], "text": "Other syphilitic heart involvement" }

Untuk memahami keyakinan model bahwa kode ICD-10-CM yang ditetapkan sudah benar, gunakan elemen. modifierExtension

meta

metaElemen berisi metadata yang menunjukkan apakah code elemen berisi detail yang telah ditambahkan oleh operasi Amazon Comprehend Medical API.

Respon JSON terpotong berikut hanya berisi elemen. meta

"meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] }
modifierExtension

modifierExtensionElemen berisi rincian lebih lanjut tentang tingkat kepercayaan dari kode yang ditetapkan ditemukan dalam code elemen. Ini juga memiliki pasangan kunci-nilai yang menyediakan tautan kembali ke aslinya yang DocumentReference digunakan untuk menghasilkan hasil dan jenis sumber daya Linkage terkait.

Untuk setiap coding elemen yang ditambahkan, Anda akan melihat entity-score dan entity-Concept-Score ditambahkan ke ModifierExtension. Untuk setiap nilai dalam pasangan kunci-nilai, Anda melihat skor. Sebabentity-score, skor ini adalah tingkat kepercayaan yang dimiliki Amazon Comprehend Medical dalam keakuratan deteksi. Sebabentity-Concept-Score, skor ini adalah tingkat kepercayaan yang dimiliki Amazon Comprehend Medical bahwa entitas tersebut secara akurat terkait dengan konsep ICD-10-CM.

Respon JSON terpotong berikut hanya berisi elemen. modifierExtension

"modifierExtension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score", "valueDecimal": 0.45005733 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score", "valueDecimal": 0.1111792 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed" } } ]

Respon JSON Penuh

{ "subject": { "reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b" }, "resourceType": "Observation", "status": "unknown", "code": { "coding": [{ "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/", "code": "A52.06", "display": "Other syphilitic heart involvement" }], "text": "Other syphilitic heart involvement" }, "meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] }, "modifierExtension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score", "valueDecimal": 0.45005733 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score", "valueDecimal": 0.1111792 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed" } } ], "id": "7e88c7c5-21a5-4dd7-8fc2-a02474fba583" }
Condition

Untuk melihat hasil untuk jenis Condition sumber daya tunggal, buat GET permintaan di ID mana sumber daya tertentu disediakan.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Condition/b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd

Hasil operasi Amazon Comprehend Medical API diubah menjadi elemen-elemen berikut:,, dan. code meta modifierExtension

code

Elemen tipeCodeableConcept. Untuk mempelajari lebih lanjut, lihat CodeableConceptdi dokumentasi FHIR R4.

HealthLake menambahkan tiga pasangan kunci-nilai berikut.

  • "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": Di mana URL mengacu pada operasi Amazon Comprehend Medical API tertentu. Dalam hal ini, Inferensi ICD1 0CM.

  • "code": "I70.0": Di A52.06 mana kode ICD-10-CM yang mengidentifikasi konsep yang ditemukan dalam basis pengetahuan dari Pusat Pengendalian Penyakit.

  • "display": "Atherosclerosis of aorta": Di "Other syphilitic heart involvement" mana deskripsi panjang kode ICD-10-CM dalam ontologi.

Respon JSON terpotong berikut hanya berisi elemen. code

"code": { "coding": [ { "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/", "code": "I70.0", "display": "Atherosclerosis of aorta" } ], "text": "Atherosclerosis of aorta" }

Untuk memahami keyakinan model bahwa kode ICD-10-CM yang ditetapkan sudah benar, gunakan elemen. modifierExtension

meta

metaElemen berisi metadata yang menunjukkan apakah code elemen berisi detail yang telah ditambahkan oleh operasi Amazon Comprehend Medical API.

Respon JSON terpotong berikut hanya berisi elemen. meta

"meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] }
modifierExtension

modifierExtensionElemen berisi rincian lebih lanjut tentang tingkat kepercayaan dari kode yang ditetapkan ditemukan dalam code elemen. Ini juga memiliki pasangan kunci-nilai yang menyediakan tautan kembali ke aslinya yang DocumentReference digunakan untuk menghasilkan hasil dan jenis sumber daya Linkage terkait.

Untuk setiap coding elemen yang ditambahkan, Anda akan melihat entity-score dan entity-Concept-Score ditambahkan ke ModifierExtension. Untuk setiap nilai dalam pasangan kunci-nilai, Anda melihat skor. Sebabentity-score, skor ini adalah tingkat kepercayaan yang dimiliki Amazon Comprehend Medical dalam keakuratan deteksi. Sebabentity-Concept-Score, skor ini adalah tingkat kepercayaan yang dimiliki Amazon Comprehend Medical bahwa entitas tersebut secara akurat terkait dengan konsep ICD-10-CM.

Respon JSON terpotong berikut hanya berisi elemen. modifierExtension

"modifierExtension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score", "valueDecimal": 0.94417894 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score", "valueDecimal": 0.8458298 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed" } } ]

Respon JSON Penuh

{ "subject": { "reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b" }, "resourceType": "Condition", "code": { "coding": [{ "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/", "code": "I70.0", "display": "Atherosclerosis of aorta" }], "text": "Atherosclerosis of aorta" }, "meta": { "lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] }, "modifierExtension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score", "valueDecimal": 0.94417894 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score", "valueDecimal": 0.8458298 }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed" } } ], "id": "b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd" }

Contoh 2: A DocumentReference yang berisi tipe MedicationStatement sumber daya

Berikut adalah contoh catatan klinis berdasarkan pertemuan pasien dengan seorang profesional medis.

Data sintetis

Teks dalam contoh ini adalah konten sintetis dan tidak mengandung informasi kesehatan yang dilindungi (PHI).

Tom is not prescribed Advil

Tab berikut menunjukkan bagaimana rekam medis yang dicerna dilaporkan di penyimpanan HealthLake data Anda berdasarkan jenis sumber daya.

DocumentReference

Untuk melihat hasil untuk jenis DocumentReference sumber daya tunggal, buat GET permintaan di ID mana sumber daya tertentu disediakan.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c

Ketika berhasil, Anda mendapatkan kode respons 200 HTTP dan respons JSON terpotong berikut.

Pasangan kunci-nilai,"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/", menunjukkan bahwa jenis sumber daya di dalamnya extension telah ditambahkan oleh operasi Amazon Comprehend Medical API. Anda dapat melihat jenis Linkage sumber daya baru, dan beberapa MedicationStatement sumber daya.

"extension": [{ "extension": [{ "url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity", "valueReference": { "reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b" } } ], "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/" }
Linkage

Untuk melihat hasil untuk jenis Linkage sumber daya tunggal, buat GET permintaan di ID mana sumber daya tertentu disediakan.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7

Ketika berhasil, Anda mendapatkan kode respons 200 HTTP dan respons JSON berikut.

Respons berisi item elemen. Di dalamnya, pasangan kunci-nilai "type": "source" menunjukkan DocumentReference entri spesifik yang digunakan untuk memodifikasi jenis MedicationStatement sumber daya.

Anda juga dapat melihat meta elemen dan pasangan kunci-nilai yang sesuai"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], yang menunjukkan bahwa sumber daya ini dibuat oleh. HealthLake

{ "resourceType": "Linkage", "id": "394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7", "active": true, "item": [{ "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "alternate", "resource": { "reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b", "type": "MedicationStatement" } }, { "type": "source", "resource": { "reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c", "type": "DocumentReference" } } ], "meta": { "lastUpdated": "2022-10-24T20:05:03.501Z", "tag": [{ "display": "SYSTEM_GENERATED" }] } }
MedicationStatement

Untuk melihat hasil untuk jenis MedicationStatement sumber daya tunggal, buat GET permintaan di ID mana sumber daya tertentu disediakan.

GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7

Jenis MedicationStatement sumber daya adalah tempat hasil operasi Amazon Comprehend InferRxNorm Medical API ditemukan. Hasilnya diubah menjadi elemen-elemen berikut:medicationCodeableConcept,meta, danmodifierExtension.

medicationCodeableConcept

Elemen tipeCodeableConcept. Untuk mempelajari lebih lanjut, lihat CodeableConceptdi dokumentasi FHIR R4.

HealthLake menambahkan tiga pasangan kunci-nilai berikut.

  • "system": ""http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/: Di mana URL mengacu pada operasi Amazon Comprehend Medical API tertentu. Dalam hal ini, InferRxNorm.

  • "code": "731533": Di mana 731533 adalah ID RxNorm konsep, juga dikenal sebagai RxCui.

  • "display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]": Di ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil] mana deskripsi RxNorm konsepnya.

Respon JSON terpotong berikut hanya berisi elemen. MedicationStatement

"medicationCodeableConcept": { "coding": [ { "system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/", "code": "731533", "display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]" } ] }
meta

metaElemen berisi metadata yang menunjukkan apakah code elemen berisi detail yang telah ditambahkan oleh operasi Amazon Comprehend Medical API.

Respon JSON terpotong berikut hanya berisi elemen. meta

"meta": { "lastUpdated": "2022-10-24T20:05:02.800Z", "tag": [ { "display": "SYSTEM_GENERATED" } ] }
modifierExtension

modifierExtensionElemen berisi pasangan kunci-nilai yang menyediakan tautan kembali ke aslinya yang DocumentReference digunakan untuk menghasilkan hasil dan jenis sumber daya Linkage terkait.

"modifierExtension": [ { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage", "valueReference": { "reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7" } }, { "url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference", "valueReference": { "reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c" } } ]