View a markdown version of this page

Jalankan pemutaran virtual dengan AutoDock Vina di Deadline Cloud - Batas Waktu Cloud

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Jalankan pemutaran virtual dengan AutoDock Vina di Deadline Cloud

Bundel pekerjaan virtual_screening_vina menggunakan AutoDockVina untuk menyaring pustaka senyawa besar terhadap target protein. Bundel tersebut membagi pustaka majemuk menjadi beberapa bagian dan menempatkannya secara paralel di seluruh armada pekerja, kemudian mengumpulkan dan memberi peringkat hasilnya dengan mengikat afinitas.

Pipa berjalan empat langkah:

  1. PrepareReceptor— Mengonversi protein PDB ke format PDBQT dengan Open Babel.

  2. SplitLibrary— Membagi pustaka senyawa SDF menjadi potongan N.

  3. DockCompounds— Menjalankan N tugas docking paralel (satu per potongan). Setiap tugas idempoten dan aman untuk pencegahan Spot.

  4. ScoreAndRank— Mengumpulkan semua hasil potongan menjadi CSV peringkat hit teratas.

Bundel ini membutuhkan armada yang dikelola layanan x86_64 Linux (disarankan Spot), lingkungan antrian conda dengan from, dan Vina. openbabel conda-forge AutoDock Instal Vina dengan membangun resep Buat paket AutoDock Vina conda untuk Deadline Cloud conda ke saluran S3 Anda, atau dengan menginstal biner melalui skrip konfigurasi host armada.

Setel CompoundLibrary=chembl (default) untuk mengunduh dan memfilter molekul mirip obat secara otomatis dari ChEMBL, atau berikan file SDF Anda sendiri.

Dari job_bundles direktori, kirimkan pekerjaan:

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

Untuk detail tentang membangun paket AutoDock Vina conda, lihat. Buat paket AutoDock Vina conda untuk Deadline Cloud