View a markdown version of this page

Jalankan simulasi dinamika molekuler GROMACS di Deadline Cloud - Batas Waktu Cloud

Terjemahan disediakan oleh mesin penerjemah. Jika konten terjemahan yang diberikan bertentangan dengan versi bahasa Inggris aslinya, utamakan versi bahasa Inggris.

Jalankan simulasi dinamika molekuler GROMACS di Deadline Cloud

Bundel pekerjaan gromacs_md menjalankan pipa simulasi dinamika molekul GROMACS dari struktur protein mentah hingga lintasan yang dianalisis. Pipa menjalankan persiapan sistem, minimisasi energi, NVT/NPT kesetimbangan, MD produksi, dan analisis (RMSD, RMSF, radius putaran, ikatan hidrogen). Beberapa replika independen terlepas secara paralel melalui MaxReplicaIndex parameter.

Bundel ini memerlukan pertanian Deadline Cloud dengan armada yang dikelola layanan Linux x86_64 (minimal 4 vCPU) dan lingkungan antrian conda dengan from. gromacs conda-forge Tidak diperlukan skrip konfigurasi host atau resep conda khusus.

Bundel tersebut mencakup data sampel untuk lisozim putih telur ayam (PDB: 1AKI) dan file parameter MDP di bawah. sample_inputs/mdp/

Dari job_bundles direktori, kirimkan pekerjaan:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=sample_inputs/protein.pdb" \
  -p "MdpMinimization=sample_inputs/mdp/minimization.mdp" \
  -p "MdpNvt=sample_inputs/mdp/nvt.mdp" \
  -p "MdpNpt=sample_inputs/mdp/npt.mdp" \
  -p "MdpProduction=sample_inputs/mdp/production.mdp" \
  -p "ProductionSteps=500000"

Untuk menjalankan 10 replika independen secara paralel:

deadline bundle submit gromacs_md \
  -p "InputPdb=protein.pdb" \
  -p "MaxReplicaIndex=9" \
  -p "ProductionSteps=5000000"