Les traductions sont fournies par des outils de traduction automatique. En cas de conflit entre le contenu d'une traduction et celui de la version originale en anglais, la version anglaise prévaudra.
# Langues de flux de travail prises en charge pour HealthOmics
HealthOmics Les flux de travail privés prennent en charge les définitions de flux de travail écrites dans trois langues de flux de travail. Chaque langue possède sa propre syntaxe, ses propres fonctionnalités et sa propre prise en charge des versions HealthOmics.
## Les moteurs de flux de travail en un coup d'œil
Le tableau suivant récapitule les langues, les versions et les principales caractéristiques des flux de travail pris en charge. Dans le tableau, DSL fait référence à la version linguistique spécifique au domaine prise en charge par chaque moteur.
| Engine | Versions prises en charge | Versions DSL/Spécifications | Principales caractéristiques |
| --- | --- | --- | --- |
| Flux suivant | versions 22.04, 23.10, 24.10, 25.10 et 26.04 | DSL 1 (v22.04 uniquement), DSL 2 | Groovy-based langage de flux de données avec parallélisme piloté par les canaux. Largement adopté en génomique par la communauté nf-core. Supporte les plugins (nf-schema, nf-prov, nf-fgbio, nf-core-utils). |
| WDL | — | Spécification linguistique 1.0, 1.1, développement | Task-oriented langage avec input/output saisie explicite. Deux modes de moteur : WDL (conformité stricte aux spécifications) et WDL indulgent (Cromwell-compatible avec moulage de type implicite). |
| CWL | — | Spécification linguistique 1.0, 1.1, 1.2 | Standards-based, langage YAML-defined de flux de travail géré par la communauté Common Workflow Language. Portable sur de multiples plateformes d'exécution. |
## Choix d'une langue de flux de travail
Les trois langues sont entièrement prises en charge HealthOmics et peuvent accéder aux mêmes capacités de calcul, de stockage et de mise en réseau. Les considérations suivantes peuvent vous aider à faire votre choix :
+ **Pipelines existants ** — Si votre organisation gère déjà des pipelines dans une langue, vous pouvez les utiliser HealthOmics sans les réécrire. HealthOmicsprend en charge les trois langues avec la même infrastructure sous-jacente de calcul, de stockage et de réseau.
+ **Caractéristiques du langage ** : Nextflow utilise un modèle de Groovy-based flux de données avec un parallélisme piloté par canaux et prend en charge les plugins. WDL utilise un input/output typage explicite avec une structure orientée vers les tâches. CWL utilise une YAML-based approche déclarative conçue pour la portabilité multiplateforme.
+ **Open-source écosystème ** — Chaque langue possède une communauté open source active avec des pipelines et des outils accessibles au public. Pour plus d'informations, consultez les spécifications de [ WDL](https://github.com/openwdl/wdl), [ Nextflow ](https://www.nextflow.io/) ou [ CWL. ](https://www.commonwl.org/)
## Détails de la version par langue
Pour une prise en charge détaillée des versions, des fonctionnalités spécifiques à la langue et des conseils de configuration, consultez les pages suivantes :
+ [Support des versions pour les langages HealthOmics de définition des flux de travail](workflows-lang-versions.md)— Matrice complète des versions pour les trois langues, y compris comment HealthOmics détecter et sélectionner les versions.
+ [Spécificités de la définition du flux de travail Nextflow](workflow-definition-nextflow.md)— Syntaxe Nextflow DSL, directives, plugins, profils, rapports d'exécution et paramètres du moteur.
+ [Notes de publication de la version Nextflow pour HealthOmics](nextflow-version-release-notes.md)— Notes de publication pour chaque version de Nextflow prise en charge sur HealthOmics.
+ [Spécificités de la définition du flux de travail WDL](workflow-languages-wdl.md)— Prise en charge des versions WDL, coercition de type, mode indulgent WDL et gestion des structures.
+ [Journal des modifications du moteur WDL pour HealthOmics](wdl-engine-change-log.md)— Journal des modifications des nouvelles fonctionnalités, améliorations et dépréciations du moteur WDL activé. HealthOmics
+ [Spécificités de définition du flux de travail CWL](workflow-languages-cwl.md)— Prise en charge de la version CWL, formats d'entrée et exigences de Docker.
## Cycle de vie de la version du moteur Nextflow
HealthOmics maintient une cadence régulière pour la prise en charge des nouvelles versions du moteur Nextflow. Nextflow publie généralement une version stable tous les six mois et HealthOmics ajoute un support pour ces versions de manière continue. Pour la politique complète du cycle de vie des versions de Nextflow, y compris les délais de dépréciation et les prix de disponibilité des versions étendues, consultez la page suivante :
+ [Politique de conservation des versions de Nextflow](nextflow-version-retention-policy.md)— Versions prises en charge, durée pendant laquelle elles restent disponibles, phases de dépréciation, tarification de la disponibilité étendue des versions, gestion des plugins et conseils de test.
## Rubriques associées
+ [Fichiers de définition de flux de travail dans HealthOmics](workflow-definition-files.md)— Comment structurer le ZIP de définition de votre flux de travail, les exigences et les exemples.
+ [Création de flux de travail privés dans HealthOmics](workflows-setup.md)— End-to-end guide pour créer un flux de travail sur HealthOmics.
+ [Commencez une course HealthOmics](starting-a-run.md)— Comment démarrer l'exécution d'un flux de travail, y compris les paramètres du moteur.
**Topics**
+ [Les moteurs de flux de travail en un coup d'œil](#workflows-supported-languages-overview)
+ [Choix d'une langue de flux de travail](#workflows-choosing-language)
+ [Détails de la version par langue](#workflows-version-details-by-language)
+ [Cycle de vie de la version du moteur Nextflow](#workflows-nextflow-version-lifecycle)
+ [Rubriques associées](#workflows-supported-languages-related)
+ [Politique de conservation des versions de Nextflow](nextflow-version-retention-policy.md)
+ [Notes de publication de la version Nextflow pour HealthOmics](nextflow-version-release-notes.md)
+ [Journal des modifications du moteur WDL pour HealthOmics](wdl-engine-change-log.md)