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Workflows Ready2Run disponibles dans HealthOmics
Le tableau suivant répertorie les flux de travail Ready2Run disponibles dans. HealthOmics
Vous pouvez vous connecter à la HealthOmicsconsole
Note
Chaque flux de travail Ready2Run possède une taille de fichier d'entrée maximale. Ces tailles de fichier maximales ne sont pas ajustables.
| Nom du flux de travail | Éditeur | Abonnement requis ? | Taille maximale du fichier d'entrée (GiB) | Durée de fonctionnement estimée (HH:MM) |
|---|---|---|---|---|
| AlphaFold pour 601 à 1200 résidus | Google DeepMind | Non | 1 | 11h15 |
| AlphaFold pour un maximum de 600 résidus | Google DeepMind | Non | 1 | 7 h 30 |
| Bases2Fastq pour 2x150 | Biosciences des éléments | Non | 1 000 | 1:45 |
| Bases2Fastq pour 2x300 | Biosciences des éléments | Non | 1 000 | 1H30 |
| Bases2Fastq pour 2x75 | Biosciences des éléments | Non | 500 | 0:45 |
| ESMFold pour un maximum de 800 résidus | Méta-recherche | Non | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | Institut Broad | Non | 64 | 10h10 |
| GATK-BP Germline bam2vcf pour un génome 30x | Institut Broad | Non | 39 | 2:45 |
| Lignée germinale GATK-BP fq2vcf pour le génome 30x | Institut Broad | Non | 64 | 12 h 30 |
| GATK-BP Somatic WES bam2vcf | Institut Broad | Non | 86 | 1H30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS jusqu'à 30 fois | NVIDIA Corporation | Non | 80 | 1:39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS jusqu'à 50 fois | NVIDIA Corporation | Non | 120 | 2:45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS pour un maximum de 5 fois | NVIDIA Corporation | Non | 20 | 0:18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS jusqu'à 30 fois | NVIDIA Corporation | Non | 71 | 1h00 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS jusqu'à 50 fois | NVIDIA Corporation | Non | 137 | 1:45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS pour un maximum de 5 fois | NVIDIA Corporation | Non | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS jusqu'à 30 fois | NVIDIA Corporation | Non | 71 | 2h00 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS jusqu'à 50 fois | NVIDIA Corporation | Non | 137 | 3h30 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS pour un maximum de 5 fois | NVIDIA Corporation | Non | 12 | 0h30 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS jusqu'à 30 fois | NVIDIA Corporation | Non | 71 | 1:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS jusqu'à 50 fois | NVIDIA Corporation | Non | 137 | 2h00 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS pour un maximum de 5 fois | NVIDIA Corporation | Non | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS jusqu'à 50 fois | NVIDIA Corporation | Non | 196 | 0:45 |
| sc RNAseq avec Kallisto BUStools | NF-Core | Non | 119 | 1H30 |
| sc RNAseq avec saumon sauté aux alevins | NF-Core | Non | 119 | 2h30 |
| sc RNAseq avec STARsolo | NF-Core | Non | 119 | 2h30 |
| Sentieon Germline BAM WES jusqu'à 300 fois | Sentieon, Inc. | Oui | 9 | 1h00 |
| Sentieon Germline BAM WGS jusqu'à 32 fois | Sentieon, Inc. | Oui | 18 | 1H30 |
| Sentieon Germline FASTQ WES jusqu'à 100x | Sentieon, Inc. | Oui | 5 | 0:45 |
| Sentieon Germline FASTQ WES jusqu'à 300 fois | Sentieon, Inc. | Oui | 26 | 2h00 |
| Sentieon Germline FASTQ WGS jusqu'à 32 fois | Sentieon, Inc. | Oui | 51 | 3h30 |
| Sentieon LongRead pour ONT | Sentieon, Inc. | Oui | 25 | 1H30 |
| Sentieon LongRead pour PacBio HiFi | Sentieon, Inc. | Oui | 58 | 4h00 |
| Sentieon Somatic WES | Sentieon, Inc. | Oui | 50 | 2h30 |
| Sentieon Somatic WGS | Sentieon, Inc. | Oui | 113 | 4 h 30 |
| Ultima Genomics jusqu' DeepVariant à 40 fois | Ultima Genomics | Non | 91 | 1:55 |
Lorsque vous utilisez un flux de travail Ready2Run, celui-ci est préconfiguré et ne peut pas être modifié. Contrairement aux flux de travail privés, les flux de travail Ready2Run ne prennent pas en charge les éléments suivants :
-
Augmenter la taille maximale du fichier d'entrée
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Modification des ressources de calcul ou du stockage d'exécution
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Modification de la définition du flux de travail ou des conteneurs
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Ajouter des courses à un groupe de courses
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Partage du flux de travail
Si l'éditeur a partagé le flux de travail Ready2Run sur GitHub, vous pouvez créer votre propre flux de travail privé sur la base du flux de travail Ready2Run. Le tableau suivant fournit des liens vers les GitHub flux de travail de chaque éditeur.
| Éditeur | Workflows sur GitHub |
|---|---|
| Google DeepMind, Méta-recherche | Workflows de repliement des protéines |
| Biosciences des éléments | Pour plus d'informations, contactez Element Biosciences |
| Institut Broad | Flux de travail GATK |
| NVIDIA Corporation | Flux de travail Parabricks |
| NF-Core | Flux de travail NF-Core |
| Sentieon | Flux de travail Sentineon |
| Ultima Genomics | Flux de travail Ultima Genomics |
