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HealthOmics intégration du flux de travail avec les référentiels basés sur Git
Lorsque vous créez un flux de travail (ou une version de flux de travail), vous fournissez une définition de flux de travail pour spécifier les informations relatives au flux de travail, aux exécutions et aux tâches. HealthOmics peut récupérer la définition du flux de travail sous forme d'archive .zip (stockée localement ou dans un compartiment Amazon S3) ou à partir d'un référentiel Git compatible.
L' HealthOmics intégration avec les référentiels basés sur Git permet les fonctionnalités suivantes :
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Création directe de flux de travail à partir d'instances publiques, privées et autogérées.
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Intégration de fichiers README de flux de travail et de modèles de paramètres à partir de référentiels.
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Support pour GitHub GitLab, et les référentiels Bitbucket.
En utilisant un référentiel basé sur Git, vous évitez les étapes manuelles consistant à télécharger des fichiers de définition de flux de travail et des fichiers de modèles de paramètres d'entrée, à créer une archive .zip, puis à transférer l'archive vers S3. Cela simplifie la création de flux de travail pour des scénarios tels que les exemples suivants :
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Vous souhaitez commencer rapidement à utiliser un flux de travail open source courant, tel que nf-core. HealthOmicsrécupère automatiquement tous les fichiers de définition de flux de travail et de modèles de paramètres d'entrée à partir du référentiel nf-core GitHub et utilise ces fichiers pour créer votre nouveau flux de travail.
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Vous utilisez un flux de travail public depuis GitHub, et de nouvelles mises à jour sont disponibles. Vous pouvez facilement créer une nouvelle version de HealthOmics flux de travail en utilisant la définition de flux de travail mise à jour GitHub comme source. Les utilisateurs de votre flux de travail peuvent choisir entre le flux de travail d'origine ou la nouvelle version de flux de travail que vous avez créée.
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Votre équipe est en train de créer un pipeline propriétaire qui n'est pas public. Vous conservez votre code dans un dépôt git privé et vous utilisez cette définition de flux de travail pour vos HealthOmics flux de travail. L'équipe met fréquemment à jour la définition du flux de travail dans le cadre d'un cycle de développement itératif du flux de travail. Vous pouvez facilement créer de nouvelles versions de flux de travail selon les besoins à partir de votre référentiel privé.
Rubriques
Référentiels basés sur Git pris en charge
HealthOmics prend en charge les référentiels publics et privés pour les fournisseurs Git suivants :
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GitHub
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GitLab
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Bitbucket
HealthOmics prend en charge les référentiels autogérés pour les fournisseurs Git suivants :
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GitHubEnterpriseServer
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GitLabSelfManaged
HealthOmics prend en charge l'utilisation de connexions entre comptes pour GitHub GitLab, et Bitbucket. Configurez des autorisations partagées via AWS Resource Access Manager. Par exemple, voir Connexions partagées dans le guide de CodePipeline l'utilisateur.
Configuration des connexions aux référentiels de code externes
Connectez vos flux de travail à des référentiels basés sur Git à l'aide d'AWS. CodeConnection HealthOmics utilise cette connexion pour accéder à vos référentiels de code source.
Note
Le CodeConnections service AWS n'est pas disponible dans la région TLV. Pour cette région, configurez les connexions IAD au service pour créer des flux de travail ou des versions de flux de travail à partir d'un référentiel.
Créez une connexion
Avant de créer des connexions, suivez les instructions de la section Configuration des connexions du Guide de l'utilisateur des outils de la Developer Console.
Pour créer une connexion, suivez les instructions de la section Créer une connexion du Guide de l'utilisateur des outils de la Developer Console.
Configurer l'autorisation pour la connexion
Vous devez autoriser la connexion en utilisant le OAuth flux du fournisseur. Assurez-vous que l'état de la connexion est AVAILABLE correct avant de l'utiliser.
Pour des exemples, consultez le billet de blog Comment créer un AWS HealthOmics flux de travail à partir du contenu dans Git
Accès aux référentiels autogérés
Pour configurer des connexions à un référentiel GitLab autogéré, utilisez un jeton d'accès personnel d'administrateur lors de la création d'un hôte. La création de connexion suivante permet d'accéder à Oauth avec le compte du client.
L'exemple suivant établit une connexion à un référentiel GitLab autogéré :
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Configurez l'accès au jeton d'accès personnel d'un utilisateur administrateur.
Pour configurer un PAT dans un référentiel GitLab autogéré, voir Jetons d'accès personnels
dans GitLab Docs. -
Création d'un hôte
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Accédez à CodePipeline>Paramètres>Connexions.
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Choisissez l'onglet Hosts, puis Create Host.
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Configurez les champs suivants :
Entrez le nom de l'hôte
Pour le type de fournisseur, choisissez GitLab Self Managed
Entrez l'URL de l'hôte
Entrez les informations du VPC si l'hôte est défini dans un VPC
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Choisissez Create Host, ce qui crée l'hôte dans l'état PENDING.
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Pour terminer la configuration, choisissez Set up Host.
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Entrez le jeton d'accès personnel (PAT) d'un utilisateur administrateur, puis choisissez Continuer.
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Créez la connexion
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Choisissez Créer des connexions dans l'onglet Connexions.
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Pour le type de fournisseur, sélectionnez GitLab Autogéré.
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Sous Paramètres de connexion > Entrez le nom de la connexion, entrez l'URL de l'hôte que vous avez créée précédemment.
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Si votre instance GitLab autogérée est uniquement accessible via un VPC, configurez les détails du VPC.
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Choisissez Mettre à jour la connexion en attente. La fenêtre modale vous redirige vers la page de GitLab connexion.
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Entrez le nom d'utilisateur et le mot de passe du compte client et terminez le processus d'autorisation.
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Pour la première configuration, choisissez Authorize AWS Connector for Gitlab Self Managed.
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Quotas liés aux référentiels de code externes
Pour HealthOmics l'intégration avec des référentiels de code externes, il existe une taille maximale pour un référentiel, chaque fichier de référentiel et chaque fichier README. Pour en savoir plus, consultez HealthOmics quotas de taille fixe du flux de travail.
Autorisations IAM requises
Ajoutez les actions suivantes à votre politique IAM basée sur l'identité :
"codeconnections:CreateConnection", "codeconnections:GetConnection", "codeconnections:GetHost", "codeconnections:ListConnections", "codeconnections:UseConnection"
