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Fonctionnalités de mise en cache spécifiques au moteur
HealthOmics essaie de fournir une implémentation cohérente de la mise en cache des appels dans tous les moteurs de flux de travail. Il existe certaines différences en fonction de la façon dont chaque moteur de flux de travail gère des cas spécifiques :
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Flux suivant
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La mise en cache entre les différentes versions de Nextflow n'est pas garantie. Par exemple, si vous exécutez une tâche dans la version 23.10.0 et que vous exécutez ensuite la même tâche dans la version 24.10.8, vous pouvez HealthOmics considérer la deuxième exécution comme un échec du cache.
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Vous pouvez désactiver la mise en cache pour des tâches individuelles à l'aide de la false directive cache. Pour plus d'informations sur cette directive, consultez les processus
de la spécification Nextflow. -
HealthOmics utilise le mode indulgent de Nextflow, mais ne prend pas en charge le mode de mise en cache approfondie.
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La mise en cache évalue chaque objet S3 individuel si vous utilisez un modèle global dans le chemin S3 vers les entrées d'une tâche. Si vous ajoutez un nouvel objet, HealthOmics recalcule uniquement les tâches qui utilisent le nouvel objet.
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HealthOmics ne met pas en cache les nouvelles tentatives de tâches. Ce comportement est cohérent avec le comportement par défaut de Nextflow.
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WDL
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HealthOmics prend en charge le nouveau type de « répertoire » pour les entrées lorsque vous utilisez la version de développement du flux de travail WDL. Pour la mise en cache des appels, si un objet du répertoire change, toutes les tâches entrées dans le répertoire HealthOmics sont recalculées.
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HealthOmics prend en charge la mise en cache au niveau des tâches, mais pas la mise en cache au niveau du flux de travail.
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CWL
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Les résultats constants des tâches ne sont pas explicitement visibles dans les manifestes. HealthOmics met en cache les sorties constantes sous forme de fichiers intermédiaires.
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