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Accélérateurs de tâches dans une définition de HealthOmics flux de travail - AWS HealthOmics

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Accélérateurs de tâches dans une définition de HealthOmics flux de travail

Dans la définition du flux de travail, vous pouvez éventuellement spécifier la spécification de l'accélérateur GPU pour une tâche. HealthOmics prend en charge les valeurs de spécification d'accélérateur suivantes, ainsi que les types d'instances pris en charge :

Spécifications de l'accélérateur Types d'instances Healthomics
nvidia-tesla-t4 G4
nvidia-tesla-t4-a10g G4 et G5
nvidia-tesla-a10g G5
nvidia-t4-a10g-l4 G4, G5 et G6
nvidia-l4-a10g G5 et G6
nvidia-L4 G6
nvidia-années 40 G6e

Si vous spécifiez un type d'accélérateur qui prend en charge plusieurs types d'instances, HealthOmics sélectionnez le type d'instance en fonction de la capacité disponible. Si les deux types d'instance sont disponibles, HealthOmics donne la préférence à l'instance la moins coûteuse. L'exception concerne l'accélérateur de tâches nvidia-t4-a10g-l4 qui donne la préférence à l'instance de dernière génération disponible.

Pour plus de détails sur les types d'instances, consultezAccelerated-computing instances.

Dans l'exemple suivant, la définition du flux de travail indique nvidia-l4 qu'il s'agit de l'accélérateur :

WDL
task my_task { runtime { ... acceleratorCount: 1 acceleratorType: "nvidia-l4" } ... }
NextFlow
process my_task { ... accelerator 1, type: "nvidia-l4" ... }
CWL
cwlVersion: v1.2 class: CommandLineTool requirements: ... cwltool:CUDARequirement: cudaDeviceCountMin: 1 cudaComputeCapability: "nvidia-l4" cudaVersionMin: "1.0"

Configuration avancée des ressources

Vous pouvez également configurer une tâche pour réserver plusieurs accélérateurs dans l'ordre de priorité de votre choix à l'aide de la omicsResourceFallbackOrder directive. Cette directive n'est actuellement disponible que pour WDL. HealthOmics essaie chaque profil d'accélérateur dans l'ordre que vous définissez jusqu'à ce que l'un d'entre eux réussisse, y compris un profil de processeur final facultatif.

Cela est utile dans les scénarios suivants :

  • Solution de secours GPU à GPU — Répertoriez les types de GPU par ordre de priorité (par exemple, essayez d'nvidia-l40sabord, puis revenez ànvidia-l4).

  • Solution de secours entre processeurs  : ajoutez un CPU-only profil final pour que la tâche soit terminée même si aucune capacité GPU n'est disponible dans la région.

Pour plus de détails suromicsResourceFallbackOrder, notamment la référence de champ par profil, les règles de validation et un exemple complet de WDL, consultez. Configuration avancée des ressources