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Commencez une course HealthOmics

Lorsque vous démarrez une exécution, vous spécifiez les ressources qui HealthOmics lui sont allouées. Les paramètres suivants sont disponibles :

Démarrer une course à l'aide de la console

L'assistant de démarrage comporte quatre étapes :

Pour démarrer une course

Étape 1 : Spécifier les détails de l'exécution

Indiquez les paramètres suivants :

Cliquez sur Suivant pour passer à l'étape 2.

Étape 2 : Ajouter des valeurs de paramètres

Sur cette page, entrez les valeurs des paramètres pour l'exécution ou sélectionnez les valeurs prédéfinies fournies par l'auteur du flux de travail.

Lorsque vous sélectionnez un flux de travail Nextflow pour démarrer l'exécution, des sections supplémentaires relatives aux paramètres du moteur Nextflow et aux profils Nextflow apparaissent en haut de cette étape. Pour plus de détails sur ces paramètres (valeurs prises en charge, comportement et priorité du profil), consultezSpécifier les paramètres du moteur Nextflow.

Exécuter les valeurs des paramètres

Fournissez les paramètres d'exécution. Vous pouvez télécharger un fichier JSON ou saisir les valeurs manuellement. Le fichier JSON contient le nom exact de chaque paramètre d'entrée et une valeur pour ce paramètre.

HealthOmics prend en charge les types JSON suivants pour les valeurs de paramètres.

Pour plus d’informations, consultez HealthOmics exécuter les entrées et Gestion de la taille des paramètres d'exécution.

Cliquez sur Suivant pour passer à l'étape 3.

Étape 3 : ajouter un groupe d'exécution, un cache d'exécution et des balises

Tous les paramètres de cette page sont facultatifs.

Cliquez sur Suivant pour passer à l'étape 4.

Étape 4 : Révisez et lancez l'exécution

Passez en revue la configuration d'exécution de toutes les étapes précédentes. Pour modifier un paramètre, choisissez Modifier à côté de l'étape correspondante. Lorsque vous êtes prêt, choisissez Start run.

Démarrage d'une course à l'aide de l'API

Utilisez l'opération StartRun API pour créer et démarrer une exécution.

Commencez une course de base

L'exemple suivant spécifie l'ID du flux de travail, le rôle de service et l'URI de sortie. Cet exemple définit le mode de rétention surREMOVE. Pour plus d'informations sur le mode de rétention, consultezExécuter le mode de rétention pour les HealthOmics courses.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

En réponse, vous obtenez le résultat suivant. Le uuid est propre à l'exécution et outputUri peut également être utilisé pour suivre l'endroit où les données de sortie sont écrites.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

Options d'API courantes

Inclure un fichier de paramètres

Si le modèle de paramètres d'un flux de travail déclare des paramètres obligatoires, vous pouvez fournir un fichier JSON local contenant les entrées lorsque vous démarrez l'exécution d'un flux de travail. Le fichier JSON contient le nom exact de chaque paramètre d'entrée et une valeur pour ce paramètre.

Référencez le fichier JSON d'entrée dans le en l' AWS CLI ajoutant --parameters file://<input_file.json> à votre start-run demande. Pour plus d'informations, consultez la section Types JSON pris en charge pour les valeurs de paramètres dans Étape 2 : Ajouter des valeurs de paramètres etHealthOmics exécuter les entrées.

Fournissez un identifiant de demande

Vous pouvez fournir un numéro unique requestId pour chaque course. L'ID de demande est un jeton d'idempotence HealthOmics utilisé pour détecter les demandes dupliquées. Il ne lancera pas d'exécution si l'ID de demande est un doublon d'une exécution précédente.

Si vous utilisez une infrastructure (telle que des fonctions Lambda ou des fonctions step) pour orchestrer les démarrages d'exécution, il est recommandé de fournir un identifiant de demande unique pour chaque StartRun demande. Cela garantit que si votre infrastructure démarre par inadvertance une exécution déjà démarrée, elle HealthOmics ne lancera pas l'exécution dupliquée.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

Choisissez une version du flux de travail

Vous pouvez spécifier une version du flux de travail pour l'exécution. Si vous ne spécifiez pas de version, HealthOmics démarre l'exécution avec la version du flux de travail par défaut.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

Remplacer le type de stockage en cours d'exécution

Vous pouvez modifier le type de stockage d'exécution par défaut défini dans le flux de travail.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

Activation du stockage éphémère

Pour activer le stockage éphémère pour une exécution, définissez le LOCAL moment où --scratch-storage-mode vous démarrez l'exécution. HealthOmics monte un volume de stockage local dédié /tmp pour chaque instance de tâche de flux de travail.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

Pour désactiver le stockage éphémère pour une exécution spécifique (par exemple, pour isoler une panne), définissez sur--scratch-storage-mode. SHARED

Pour de plus amples informations, veuillez consulter Stockage éphémère pour HealthOmics les tâches du flux de travail.

Pour les paramètres du moteur Nextflow (version du moteur, profils, analyseur syntaxique), consultez. Spécifier les paramètres du moteur Nextflow

Spécifier les paramètres du moteur Nextflow

Pour les flux de travail Nextflow, vous pouvez transmettre une engineSettings carte dans la demande d'StartRunAPI afin de contrôler le comportement du moteur sans modifier le code source de votre flux de travail. Sur la console, ces paramètres sont disponibles à l'étape 2 : Ajouter des valeurs de paramètres dans une section distincte qui s'affiche pour les flux de travail Nextflow.

Clés prises en charge

Épinglage de la version du moteur Nextflow

Vous pouvez sélectionner une version spécifique du moteur Nextflow pour exécuter votre flux de travail, ce qui permet une migration contrôlée entre les versions du moteur. Le remplacement de la version d'exécution garantit que même lorsqu'une définition de flux de travail spécifie une version via sa configuration ou son profil, la version du moteur que vous spécifiez au moment de l'exécution est prioritaire. Cela vous permet de tester le même flux de travail sur plusieurs versions de moteurs sans modifier le code source du flux de travail.

Versions prises en charge : 22.04.0 (ou 22.04), 23.10.0 (ou 23.10), 24.10.8 (ou 24.10), 25.10.0 (ou 25.10) et 26.04.0 (ou 26.04). Les versions complètes et courtes sont acceptées.

API et CLI

Utilisez la engineVersion clé dans --engine-settings :

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

Console

DansÉtape 2 : Ajouter des valeurs de paramètres, sélectionnez la version dans la liste déroulante Version du moteur de la section des paramètres du moteur Nextflow.

Profils Nextflow

Les profils Nextflow sont des ensembles nommés de paramètres d'exécution définis dans votre flux de nextflow.config travail. Vous pouvez activer un ou plusieurs profils au moment de l'exécution pour appliquer des paramètres spécifiques à l'environnement (par exemple, développement, test ou production) sans modifier le code source du flux de travail.

API et CLI

Utilise la profile clé d'entrée--engine-settings. Spécifiez plusieurs profils sous forme de liste séparée par des virgules :

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

Console

DansÉtape 2 : Ajouter des valeurs de paramètres, la section des profils Nextflow apparaît sous les paramètres du moteur. Sélectionnez un ou plusieurs profils dans la liste déroulante Sélectionner les profils. La console affiche l'ordre des applications du profil. Pour supprimer un profil, cliquez sur le × à côté de son nom.

Ordre de demande de profil

Lorsque vous spécifiez plusieurs profils, l'ordre des applications dépend de la version du moteur Nextflow et de l'analyseur syntaxique :

Priorité de configuration

Nextflow résout les paramètres dans l'ordre suivant, les couches suivantes remplaçant les couches précédentes :

Réseau VPC

Vous pouvez exécuter des flux de travail dans votre cloud privé virtuel (VPC), qui permet d'accéder à l'Internet public, au trafic interrégional et de communiquer avec les ressources de votre VPC.

Pour activer la mise en réseau VPC :

Pour de plus amples informations, veuillez consulter Connecter HealthOmics des flux de travail à un VPC.