Réexécuter un run in HealthOmics - AWS HealthOmics
Réexécuter une exécution à l'aide de la consoleRéexécuter une exécution à l'aide de l'APIUtilisation de l'outil Rerun

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Réexécuter un run in HealthOmics

Pour les exécutions que vous n'avez pas encore supprimées, utilisez la console ou l'API pour réexécuter l'exécution. Pour les courses que vous avez supprimées, utilisez l' HealthOmics rerunoutil.

Réexécuter une exécution à l'aide de la console

Depuis la console, procédez comme suit pour relancer une exécution :

  1. Ouvrez la HealthOmics console.

  2. Si nécessaire, ouvrez le volet de navigation de gauche (≡). Choisissez Runs.

  3. Sur la page Exécutions, sélectionnez l'exécution à exécuter à nouveau.

  4. Dans le menu d'action situé au-dessus du tableau, choisissez Re-exécuter.

Réexécuter une exécution à l'aide de l'API

Utilisez l'opération StartRun API pour réexécuter une exécution existante. Fournissez les entrées requises suivantes :

  • Un rôle de service ARN (roleArn).

  • L'ID de l'exécution à dupliquer (runId).

  • Un emplacement Amazon S3 où l'exécution enregistre les sorties d'exécution (outputUri).

aws omics start-run 
     --run-id run id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --output-uri s3://workflow-output-b6f2fce1

Utilisation de l'outil Rerun

Pour une exécution supprimée, vous pouvez télécharger et utiliser l' HealthOmics rerunoutil pour la réexécuter. L'outil extrait les informations d'exécution à partir du manifeste CloudWatch Logs. Téléchargez l'rerunoutil depuis le GitHub référentiel HealthOmics d'outils.

L'exemple suivant montre comment utiliser l'rerunoutil.

aws-healthomics-rerun 9876543

Si l'exécution existe dans CloudWatch, vous recevez une réponse similaire à l'exemple de sortie suivant. Si le flux de travail n'existe plus, vous recevez un message d'erreur.

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}