View a markdown version of this page

Exportation de sets de HealthOmics lecture vers un compartiment Amazon S3 - AWS HealthOmics

Les traductions sont fournies par des outils de traduction automatique. En cas de conflit entre le contenu d'une traduction et celui de la version originale en anglais, la version anglaise prévaudra.

Exportation de sets de HealthOmics lecture vers un compartiment Amazon S3

Vous pouvez exporter des ensembles de lecture sous la forme d'une tâche d'exportation par lots vers un compartiment Amazon S3. Pour ce faire, créez d'abord une politique IAM qui dispose d'un accès en écriture au bucket, comme dans l'exemple de stratégie IAM suivant.

JSON
{
  "Version":"2012-10-17",
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}
JSON
{
"Version":"2012-10-17",
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}

Une fois la politique IAM en place, lancez votre tâche d'exportation d'ensembles de lecture. L'exemple suivant vous montre comment procéder à l'aide de l'opération d'API start-read-set-export-job. Dans l'exemple suivant, remplacez tous les paramètres, tels que sequence store IDdestination,role ARN, etsources, par votre saisie.

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2

Vous recevez la réponse suivante contenant des informations sur le magasin de séquences d'origine et le compartiment Amazon S3 de destination. 

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}

Une fois la tâche démarrée, vous pouvez déterminer son statut à l'aide de l'opération d'API get-read-set-export-job, comme indiqué ci-dessous. Remplacez le sequence store ID et job ID par votre identifiant de magasin de séquences et votre identifiant de tâche, respectivement. 

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Vous pouvez afficher toutes les tâches d'exportation initialisées pour un magasin de séquences à l'aide de l'opération d'API list-read-set-export-jobs, comme indiqué ci-dessous. Remplacez le sequence store ID par votre identifiant de magasin de séquences.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.
{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}

Outre l'exportation de vos ensembles de lecture, vous pouvez également les partager à l'aide des URI d'accès Amazon S3. Pour en savoir plus, veuillez consulter la section Accès à des ensembles de HealthOmics lecture avec des URI Amazon S3.