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Commencer avec HealthOmics
Pour commencer HealthOmics, assurez-vous d'avoir correctement configuré vos autorisations et rôles IAM pour HealthOmics.
Utilisation d'un flux de travail Ready2Run dans la console HealthOmics
L'exercice suivant montre comment utiliser un flux de travail Ready2Run. Un flux de travail Ready2Run est préconfiguré avec les paramètres et les références d'outils dont vous avez besoin pour exécuter le flux de travail. L'éditeur de flux de travail fournit des exemples de données, vous n'avez donc pas besoin de créer vos propres données.
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Ouvrez la HealthOmics console
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Sélectionnez le volet de navigation (≡) en haut à gauche, puis sélectionnez les flux de travail Ready2Run.
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Sur la page des flux de travail Ready2Run, choisissez le ESMFold for up to 800 residues flux de travail. La console ouvre la page de détails de ce flux de travail.
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L'onglet Détails fournit des informations sur le flux de travail. Pour tester le flux de travail, en haut à droite de la page, sélectionnez Démarrer l'exécution.
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Dans la page Spécifier les détails de l'exécution, entrez un nom d'exécution.
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Entrez ou sélectionnez un emplacement Amazon S3 pour la sortie d'exécution.
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Pour le mode Exécuter la conservation des métadonnées, choisissez de conserver ou de supprimer les données runmeta.
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Dans le panneau Rôle de service, choisissez Créer et utiliser un nouveau rôle de service.
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Choisissez Suivant.
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Sur la page Ajouter des valeurs de paramètres, choisissez Exécuter le flux de travail avec les données de test Ready2Run.
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Choisissez Suivant.
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Passez en revue vos entrées, puis choisissez Démarrer l'exécution.
Exemples d'instructions pour Amazon Q CLI
La CLI Amazon Q peut exécuter des flux de travail génomiques et des tâches d'analyse à AWS HealthOmics l'aide de commandes en langage naturel. Les exemples d'invite suivants vous permettent de créer des flux de travail, de gérer des séries et d'analyser des données génomiques. Pour plus d'informations et des exemples d'instructions HealthOmics, consultez le didacticiel HealthOmics Agentic Generative AI
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« Créez un fichier de flux de travail WDL 1.1 tel
main.wdlqu'il sera exécuté. HealthOmics Le flux de travail prendra un génome de référence en entrée et des paires de fichiers fastq. Il indexera le génome de référence à l'aide de BWA, puis mappera chaque paire de fichiers fastq à la référence. Enfin, fusionnez chaque BAM mappé en un seul fichier BAM et produisez ce fichier et son index bai. » -
« Package du flux de travail et créez-le dedans HealthOmics »
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« Mettez à jour le fichier inputs.json pour utiliser les fichiers réels de mon compartiment Amazon S3
omics-my-bucket-with-genome-data» (indiquez un emplacement de compartiment Amazon S3 spécifique ou laissez Amazon Q explorer) -
« Trouvez des conteneurs appropriés dans mes référentiels Amazon ECR et mettez à jour inputs.json pour les utiliser »
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« Trouvez ou créez un rôle IAM approprié à utiliser lors de l'exécution du flux de travail »
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« Créer un cache d'exécution pour mon flux de travail »
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« Exécuter le flux de travail dans HealthOmics »
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« Vérifiez l'état de la course »
Avertissement
Lorsque vous travaillez avec Amazon Q CLI, passez en revue tout le contenu généré et les actions proposées avant de continuer. Fournissez des commentaires pour améliorer la qualité des réponses et répondre aux exigences de votre flux de travail. Pour plus d'informations, consultez Considérations relatives à la sécurité et bonnes pratiques pour Amazon Q.
