Création de magasins HealthOmics d'annotations - AWS HealthOmics
Création d'un magasin d'annotations à l'aide de la consoleCréation d'un magasin d'annotations à l'aide de l'API

Les traductions sont fournies par des outils de traduction automatique. En cas de conflit entre le contenu d'une traduction et celui de la version originale en anglais, la version anglaise prévaudra.

Création de magasins HealthOmics d'annotations

Important

AWS HealthOmics les magasins de variantes et les magasins d'annotations ne sont plus ouverts aux nouveaux clients. Les clients existants peuvent continuer à utiliser le service normalement. Pour de plus amples informations, veuillez consulter AWS HealthOmics modification de la disponibilité du magasin de variantes et du magasin d'annotations.

Un magasin d'annotations est un magasin de données représentant une base de données d'annotations, telle qu'une base de données provenant d'un fichier TSV, VCF ou GFF. Si le même génome de référence est spécifié, les magasins d'annotations sont mappés sur le même système de coordonnées que les magasins de variantes lors d'une importation. Les rubriques suivantes expliquent comment utiliser la HealthOmics console et comment créer et AWS CLI gérer des magasins d'annotations.

Création d'un magasin d'annotations à l'aide de la console

Pour créer des banques d'annotations avec la HealthOmics console, procédez comme suit.

Pour créer un magasin d'annotations

  1. Ouvrez la HealthOmics console.

  2. Si nécessaire, ouvrez le volet de navigation de gauche (≡). Choisissez Annotation Stores.

  3. Sur la page Stockages d'annotations, choisissez Créer un magasin d'annotations.

  4. Sur la page Créer un magasin d'annotations, fournissez les informations suivantes

    • Nom du magasin d'annotations : nom unique pour ce magasin.

    • Description (facultatif) - Description de ce génome de référence.

    • Format des données et détails du schéma : sélectionnez le format du fichier de données et téléchargez la définition du schéma pour ce magasin.

    • Génome de référence - Le génome de référence pour cette annotation.

    • Chiffrement des données : choisissez si vous souhaitez que le chiffrement des données soit détenu et géré par vous-même AWS ou par vous-même.

    • Balises (facultatif) : fournissez jusqu'à 50 balises pour ce magasin d'annotations.

  5. Choisissez Créer un magasin d'annotations.

Création d'un magasin d'annotations à l'aide de l'API

L'exemple suivant montre comment créer un magasin d'annotations à l'aide du AWS CLI. Pour toutes les opérations AWS CLI et les opérations d'API, vous devez spécifier le format de vos données. 

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

Vous recevez la réponse suivante pour confirmer la création de votre magasin d'annotations.

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }

Pour en savoir plus sur un magasin d'annotations, utilisez l'get-annotation-storeAPI.

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

Vous recevez la réponse suivante.

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }

Pour afficher tous les magasins d'annotations associés à un compte, utilisez l'opération list-annotation-storesAPI.

aws omics list-annotation-stores

Vous recevez une réponse répertoriant tous les magasins d'annotations IDs, ainsi que leurs statuts et autres informations, comme indiqué dans l'exemple de réponse suivant.

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }

Vous pouvez également filtrer les réponses en fonction du statut ou d'autres critères.