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# Référencer des fichiers génomiques à partir d'une définition de flux de travail
<a name="create-ref-files"></a>

Un objet HealthOmics de magasin de référence peut être référencé à l'aide d'un URI comme celui-ci. Utilisez le vôtre `{{account ID}}``{{reference store ID}}`, et `{{reference ID}}` là où cela est indiqué.

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}            
```

Certains flux de travail nécessiteront à la fois `INDEX` les fichiers `SOURCE` et pour le génome de référence. L'URI précédent est la forme abrégée par défaut et sera le fichier SOURCE par défaut. Pour spécifier l'un ou l'autre des fichiers, vous pouvez utiliser le formulaire d'URI long, comme suit.

```
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/source
omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{reference store id}}/reference/{{id}}/index
```

L'utilisation d'un ensemble de lecture de séquences aurait un schéma similaire, comme indiqué.

```
aws omics create-workflow \
     --name {{workflow name}} \
     --main {{sample workflow.wdl}} \
     --definition-uri omics://{{account ID}}.storage.us-west-2.amazonaws.com/{{sequence_store_id}}/readSet/{{id}} \
     --parameter-template {{file://parameters_sample_description.json}}
```

Certains ensembles de lecture, tels que ceux basés sur FASTQ, peuvent contenir des lectures jumelées. Dans les exemples suivants, ils sont appelés SOURCE1 et SOURCE2. Les formats tels que BAM et CRAM ne comporteront qu'un SOURCE1 fichier. Certains ensembles de lecture contiendront des fichiers INDEX tels que `crai` des fichiers `bai` ou. L'URI précédent est la forme abrégée par défaut et sera le SOURCE1 fichier par défaut. Pour spécifier le fichier ou l'index exact, vous pouvez utiliser le format URI long, comme suit.

```
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source1
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/source2
omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>/index
```

Voici un exemple de fichier JSON d'entrée qui utilise deux Omics Storage URIs.

```
{
   "input_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<reference_store_id>/reference/<id>",
   "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/<sequence_store_id>/readSet/<id>"
}
```

Référencez le fichier JSON d'entrée dans le AWS CLI en l'ajoutant `--inputs file://<input_file.json>` à votre demande de **démarrage**.