L'activation de la lecture s'installe dans HealthOmics

Vous pouvez activer les ensembles de lecture archivés à l'aide de l'opération start-read-set-activationd'API -job ou via le AWS CLI, comme indiqué dans l'exemple suivant. Remplacez le sequence store ID et read set id par votre identifiant de magasin de séquences et votre ensemble de lecture IDs.

aws omics start-read-set-activation-job 
     --sequence-store-id sequence store ID \
     --sources readSetId=read set ID readSetId=read set id_1 read set id_2        

Vous recevez une réponse contenant les informations relatives à la tâche d'activation, comme indiqué ci-dessous.

{
    "id": "12345678",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED",
    "creationTime": "2022-10-22T00:50:54.670000+00:00"
}                   

Une fois la tâche d'activation lancée, vous pouvez suivre sa progression à l'aide de l'opération get-read-set-activationd'API -job. Voici un exemple d'utilisation du pour vérifier le statut AWS CLI de votre tâche d'activation. Remplacez job ID et sequence store ID par votre identifiant de magasin de séquences et votre tâche IDs, respectivement.

aws omics get-read-set-activation-job --id job ID --sequence-store-id sequence store ID                    

La réponse résume la tâche d'activation, comme indiqué ci-dessous.

{
    "id": 123567890,
    "sequenceStoreId": 123467890,
    "status": "SUBMITTED",
    "statusUpdateReason": "The job is submitted and will start soon.",
    "creationTime": "2022-10-22T00:50:54.670000+00:00",
    "sources": [
        {
            "readSetId": <reads set id_1>,
            "status": "NOT_STARTED",
            "statusUpdateReason": "The source is queued for the job."
        },
        {
            "readSetId": <read set id_2>,
            "status": "NOT_STARTED",
            "statusUpdateReason": "The source is queued for the job."
        }
    ]
}                    

Vous pouvez vérifier l'état d'une tâche d'activation à l'aide de l'opération get-read-set-metadataAPI. Les statuts possibles sont ACTIVEACTIVATING, et. ARCHIVED Dans l'exemple suivant, remplacez sequence store ID par votre identifiant de magasin de séquences et remplacez read set ID par votre identifiant de jeu de lecture.

aws omics get-read-set-metadata --sequence-store-id sequence store ID --id read set ID

La réponse suivante indique que le set de lecture est actif.

{
    "id": "12345678",
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:sequenceStore/1234567890/readSet/12345678",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "subjectId": "mySubject",
    "sampleId": "mySample",
    "status": "ACTIVE",
    "name": "HG00100",
    "description": "HG00100 aligned to HG38 BAM",
    "fileType": "BAM",
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "sequenceInformation": {
        "totalReadCount": 1513467,
        "totalBaseCount": 163454436,
        "generatedFrom": "Pulled from SRA",
        "alignment": "ALIGNED"
    },
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/0123456789/reference/0000000001",
    "files": {
        "source1": {
            "totalParts": 2,
            "partSize":  10485760,
            "contentLength": 17112283,
            "s3Access": {
        "s3Uri": "s3://accountID-sequence store ID-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/readSet/9515444019/import_source1.fastq.gz"
},
         },
        "index": {
            "totalParts": 1,
            "partSize": 53216,
            "contentLength": 10485760
            "s3Access": {
        "s3Uri": "s3://accountID-sequence store ID-ajdpi90jdas90a79fh9a8ja98jdfa9jf98-s3alias/592761533288/sequenceStore/2015356892/readSet/9515444019/import_source1.fastq.gz"
},
        }
    },
    "creationType": "IMPORT",
    "etag": {
        "algorithm": "BAM_MD5up",
        "source1": "d1d65429212d61d115bb19f510d4bd02"
    }
}                     

Vous pouvez afficher toutes les tâches d'activation des ensembles de lecture à l'aide de list-read-set-activation-jobs, comme illustré dans l'exemple suivant. Dans l'exemple suivant, remplacez-le sequence store ID par votre identifiant de magasin de séquences.

aws omics list-read-set-activation-jobs --sequence-store-id sequence store ID                

Vous recevez la réponse suivante.

{
    "activationJobs": [
        {
            "id": 1234657890,
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED",
            "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
            "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
        }
    ]
}