HealthLake exemples de demandes NLP intégrées

Exemple 1 : Patient enregistrement ingéré dans un magasin de HealthLake données

Voici un exemple de note clinique basée sur une Patient rencontre avec un professionnel de la santé.

Données synthétiques

Le texte de l'exemple suivant est un contenu synthétique et ne contient pas d'informations de santé protégées (PHI).


1991-08-31

# Chief Complaint
- Headache
- Sinus Pain
- Nasal Congestion
- Sore Throat
- Pain with Bright Lights
- Nasal Discharge
- Cough

# History of Present Illness
Jerónimo599 is a 4 month-old non-hispanic white male.

# Social History
Patient has never smoked.

Patient comes from a middle socioeconomic background.

Patient currently has Aetna.

# Allergies
No Known Allergies.

# Medications
No Active Medications.

# Assessment and Plan
Patient is presenting with bee venom (substance), mold (organism), house dust mite (organism), animal dander (substance), grass pollen (substance), tree pollen (substance), lisinopril, sulfamethoxazole / trimethoprim, fish (substance). 

## Plan

The patient was prescribed the following medications:
- astemizole 10 mg oral tablet
- nda020800 0.3 ml epinephrine 1 mg/ml auto-injector
The patient was placed on a careplan:
- self-care interventions (procedure)

Pour rappel, ces informations sont encodées au format base64 dans la DocumentReference ressource. Lorsque ce document est intégré HealthLake et que les opérations de l'API Amazon Comprehend Medical sont terminées, pour voir les résultats, vous pouvez commencer par la GET demande sur le DocumentReference type de ressource.


GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference

Lorsque les opérations de l'API Amazon Comprehend Medical sont réussies, recherchez ces paires clé-valeur dans extension le lien suivant "url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/"


{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/status/",
		"valueString": "SUCCESS"
	},
	{
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/message/",
		"valueString": "The AWS HealthLake integrated medical NLP operation was successful."
	}

Les onglets suivants indiquent comment le dossier médical ingéré est enregistré dans votre banque de HealthLake données en fonction du type de ressource.

DocumentReference

Pour voir les résultats pour un seul type de DocumentReference ressource, faites une GET demande dans laquelle le id nom d'une ressource spécifique est fourni.


GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed

En cas de succès, vous obtenez un code de réponse 200 HTTP et la réponse JSON suivante (qui a été tronquée pour plus de clarté).

Voici la http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/ portion. Vous pouvez voir qu'un nouveau Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a a été ajouté. Vous pouvez également voir où des résultats basés sur des inférences ont HealthLake été ajoutés à des types Observation de Condition ressources spécifiques.

Pour voir comment ces types de ressources ont été modifiés, sélectionnez les onglets correspondants.


{
		"extension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
				"valueReference": {
					"reference": "Condition/0854e1f3-894d-448e-a8d9-3af5b9902baf"
				}
			}
		],
		"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
	}

Linkage

Pour voir les résultats pour un seul type de Linkage ressource, faites une GET demande dans laquelle le ID nom d'une ressource spécifique est fourni.


GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

En cas de succès, vous obtenez un code de réponse 200 HTTP et la réponse JSON tronquée suivante.

La réponse contient l'itemélément. La paire clé-valeur y "type": "source" indique l'DocumentReferenceentrée spécifique utilisée pour modifier la Condition et Observations répertoriée sous la paire "type": "alternate" clé-valeur.

Vous voyez également l'metaélément, ainsi que la paire clé-valeur correspondante"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], indiquant que ces ressources ont été créées par. HealthLake


{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a",
		"active": true,
		"item":
		[
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Observation/c6e0a3ff-7a17-4d8b-bfd0-d02d7da090c5",
					"type": "Observation"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "Condition/9d5c1ef6-f822-4faf-b55f-7c70f2a4aa8d",
					"type": "Condition"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:31.327Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}

Resource type: Observation

Pour voir les résultats pour un seul type de Observation ressource, faites une GET demande dans laquelle le ID nom d'une ressource spécifique est fourni.


GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Observation/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a

Les résultats des opérations de l'API Amazon Comprehend Medical sont modifiés selon les éléments suivants code :meta, modifierExtension et.

`code`

Un élément de typeCodeableConcept. Pour en savoir plus, consultez la CodeableConceptdocumentation du FHIR R4.

HealthLake ajoute les trois paires clé-valeur suivantes.

"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": où l'URL fait référence à une opération spécifique de l'API Amazon Comprehend Medical. Dans ce cas, inférez ICD1 0 cm.
"code": "A52.06": Où se A52.06 trouve le code ICD-10-CM qui identifie le concept trouvé dans la base de connaissances des Centers for Disease Control.
"display": "Other syphilitic heart involvement": Où se "Other syphilitic heart involvement" trouve la description détaillée du code ICD-10-CM dans l'ontologie.

La réponse JSON tronquée suivante contient uniquement l'codeélément.


"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "A52.06",
			"display": "Other syphilitic heart involvement"
		  }
		],
		"text": "Other syphilitic heart involvement"
	}

Pour comprendre dans quelle mesure le modèle est sûr que le code ICD-10-CM attribué est correct, utilisez l'élément. modifierExtension

`meta`

L'metaélément contient des métadonnées qui indiquent s'il contient des informations ajoutées par les opérations de l'API Amazon Comprehend Medical. code

La réponse JSON tronquée suivante contient uniquement l'metaélément.


"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}

`modifierExtension`

L'modifierExtensionélément contient plus de détails sur le niveau de confiance des codes assignés trouvés dans l'codeélément. Il comporte également des paires clé-valeur qui fournissent un lien vers l'original DocumentReference utilisé pour générer les résultats et le type de ressource de liaison associé.

Pour chaque coding élément ajouté, vous verrez un entity-score et un entity-Concept-Score ajoutés à la ModifierExtension. Pour chaque valeur de la paire clé-valeur, vous voyez un score. En effetentity-score, ce score correspond au niveau de confiance d'Amazon Comprehend Medical quant à la précision de la détection. En effetentity-Concept-Score, ce score est le niveau de confiance d'Amazon Comprehend Medical quant à la précision du lien entre l'entité et un concept ICD-10-CM.

La réponse JSON tronquée suivante contient uniquement l'modifierExtensionélément.


"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.45005733
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.1111792
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

Réponse JSON complète


{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Observation",
		"status": "unknown",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "A52.06",
				"display": "Other syphilitic heart involvement"
			}],
			"text": "Other syphilitic heart involvement"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.879Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.45005733
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.1111792
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "7e88c7c5-21a5-4dd7-8fc2-a02474fba583"
	}

Condition

Pour voir les résultats pour un seul type de Condition ressource, faites une GET demande dans laquelle le ID nom d'une ressource spécifique est fourni.


GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Condition/b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd

Les résultats des opérations de l'API Amazon Comprehend Medical sont modifiés selon les éléments suivants code :meta, modifierExtension et.

`code`

Un élément de typeCodeableConcept. Pour en savoir plus, consultez la CodeableConceptdocumentation du FHIR R4.

HealthLake ajoute les trois paires clé-valeur suivantes.

"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/": où l'URL fait référence à une opération spécifique de l'API Amazon Comprehend Medical. Dans ce cas, inférez ICD1 0 cm.
"code": "I70.0": Où se A52.06 trouve le code ICD-10-CM qui identifie le concept trouvé dans la base de connaissances des Centers for Disease Control.
"display": "Atherosclerosis of aorta": Où se "Other syphilitic heart involvement" trouve la description détaillée du code ICD-10-CM dans l'ontologie.

La réponse JSON tronquée suivante contient uniquement l'codeélément.


"code": {
		"coding":
		[
		  {
			"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
			"code": "I70.0",
			"display": "Atherosclerosis of aorta"
		  }
		],
		"text": "Atherosclerosis of aorta"
	}

Pour comprendre dans quelle mesure le modèle est sûr que le code ICD-10-CM attribué est correct, utilisez l'élément. modifierExtension

`meta`

L'metaélément contient des métadonnées qui indiquent s'il contient des informations ajoutées par les opérations de l'API Amazon Comprehend Medical. code

La réponse JSON tronquée suivante contient uniquement l'metaélément.


"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
		"tag": [{
			"display": "SYSTEM_GENERATED"
		}]
	}

`modifierExtension`

La réponse JSON tronquée suivante contient uniquement l'modifierExtensionélément.


"modifierExtension": [{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
			"valueDecimal": 0.94417894
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
			"valueDecimal": 0.8458298
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
			"valueReference": {
				"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
			}
		},
		{
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
			"valueReference": {
				"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
			}
		}
	]

Réponse JSON complète


{
		"subject": {
			"reference": "Patient/0679b7b7-937d-488a-b48d-6315b8e7003b"
		},
		"resourceType": "Condition",
		"code": {
			"coding": [{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/",
				"code": "I70.0",
				"display": "Atherosclerosis of aorta"
			}],
			"text": "Atherosclerosis of aorta"
		},
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-21T19:38:30.877Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		},
		"modifierExtension": [{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-score",
				"valueDecimal": 0.94417894
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-icd10/aws-cm-icd10-entity-Concept-Score",
				"valueDecimal": 0.8458298
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/e366d29f-2c22-4c19-866e-09603937935a"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/0e938f03-da7f-4178-acd8-eea9586c46ed"
				}
			}
		],
		"id": "b06d343d-ddb8-4f36-82cb-853fcd434dfd"
	}

Exemple 2 : A DocumentReference contenant le type de MedicationStatement ressource

Voici un exemple de note clinique basée sur la rencontre d'un patient avec un professionnel de santé.

Données synthétiques

Le texte de cet exemple est un contenu synthétique et ne contient pas d'informations de santé protégées (PHI).


Tom is not prescribed Advil

Les onglets suivants montrent comment le dossier médical ingéré est enregistré dans votre banque de HealthLake données en fonction du type de ressource.

DocumentReference

Pour voir les résultats pour un seul type de DocumentReference ressource, faites une GET demande dans laquelle le ID nom d'une ressource spécifique est fourni.


GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c

En cas de succès, vous obtenez un code de réponse 200 HTTP et la réponse JSON tronquée suivante.

La paire clé-valeur indique que les "url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/" types de ressources qu'elle contient extension ont été ajoutés par les opérations de l'API Amazon Comprehend Medical. Vous pouvez voir le nouveau type de Linkage ressource et plusieurs MedicationStatement ressources.


"extension": [{
			"extension": [{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/linkage",
					"valueReference": {
						"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b"
					}
				},
				{
					"url": "http://healthlake.amazonaws.com/nlp-entity",
					"valueReference": {
						"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b"
					}
				}
			],
			"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-resources/"
		}

Linkage

Pour voir les résultats pour un seul type de Linkage ressource, faites une GET demande dans laquelle le ID nom d'une ressource spécifique est fourni.


GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7

En cas de succès, vous obtenez un code de réponse 200 HTTP et la réponse JSON suivante.

La réponse contient l'itemélément. La paire clé-valeur y "type": "source" indique l'DocumentReferenceentrée spécifique utilisée pour modifier les types de MedicationStatement ressources.

Vous pouvez également voir l'metaélément et une paire clé-valeur correspondante"tag": [{"display": "SYSTEM_GENERATED"}], indiquant que ces ressources ont été créées par. HealthLake


{
		"resourceType": "Linkage",
		"id": "394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7",
		"active": true,
		"item": [{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/cbf6af10-b0b9-451c-bdde-99611e3498a8",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/4a01f6c8-5f3a-4122-80ab-405312f96aa2",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/fbfb77d8-70cf-4579-b4c0-d6fe3c01656b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "alternate",
				"resource": {
					"reference": "MedicationStatement/1340c9ce-9c48-4bf9-9b2f-d0ab027f5e0b",
					"type": "MedicationStatement"
				}
			},
			{
				"type": "source",
				"resource": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c",
					"type": "DocumentReference"
				}
			}
		],
		"meta": {
			"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:03.501Z",
			"tag": [{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}]
		}
	}

MedicationStatement

Pour voir les résultats pour un seul type de MedicationStatement ressource, faites une GET demande dans laquelle le ID nom d'une ressource spécifique est fourni.


GET https://https://healthlake.region.amazonaws.com/datastore/datastoreId/r4/eeb8005725ae22b35b4edbdc68cf2dfd/r4/MedicationStatement/9a89b0d3-6681-45ca-9926-27951edce5c7

Le type de MedicationStatement ressource correspond à l'endroit où se trouvent les résultats de l'opération d'API Amazon Comprehend InferRxNorm Medical. Les résultats sont modifiés selon les éléments suivants : medicationCodeableConceptmeta, etmodifierExtension.

medicationCodeableConcept

Un élément de typeCodeableConcept. Pour en savoir plus, consultez la CodeableConceptdocumentation du FHIR R4.

HealthLake ajoute les trois paires clé-valeur suivantes.

"system": ""http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/: où l'URL fait référence à une opération spécifique de l'API Amazon Comprehend Medical. Dans ce cas, InferRxNorm.
"code": "731533": Où se 731533 trouve un identifiant de RxNorm concept, également connu sous le nom de RxCUI.
"display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]": Où se ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil] trouve la description du RxNorm concept.

La réponse JSON tronquée suivante contient uniquement l'MedicationStatementélément.


"medicationCodeableConcept": {
		"coding": [
			{
				"system": "http://healthlake.amazonaws.com/aws-cm/infer-rxnorm/",
				"code": "731533",
				"display": "ibuprofen 200 MG Oral Capsule [Advil]"
			}
		]
	}

`meta`

L'metaélément contient des métadonnées qui indiquent s'il contient des informations ajoutées par les opérations de l'API Amazon Comprehend Medical. code

La réponse JSON tronquée suivante contient uniquement l'metaélément.


"meta": {
		"lastUpdated": "2022-10-24T20:05:02.800Z",
		"tag": [
			{
				"display": "SYSTEM_GENERATED"
			}
		]
	}

`modifierExtension`

L'modifierExtensionélément contient des paires clé-valeur qui fournissent un lien vers l'original DocumentReference utilisé pour générer les résultats et le type de ressource de liaison associé.


"modifierExtension": [
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/system-generated-linkage",
				"valueReference": {
					"reference": "Linkage/394bb244-177b-4409-8657-26b20ed56dd7"
				}
			},
			{
				"url": "http://healthlake.amazonaws.com/source-document-reference",
				"valueReference": {
					"reference": "DocumentReference/c549125d-a218-421f-b8bf-23614c5e796c"
				}
			}
	]

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