Obtenir les métadonnées d'un ensemble d'images - AWS HealthImaging

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Obtenir les métadonnées d'un ensemble d'images

Utilisez l'GetImageSetMetadataaction pour récupérer les métadonnées d'une image donnée définie dans HealthImaging. Les menus suivants fournissent une procédure AWS Management Console et des exemples de code pour le AWS CLI et AWSSDKs. Pour plus d'informations, consultez GetImageSetMetadatale manuel de référence des HealthImaging API AWS.

Note

Par défaut, HealthImaging renvoie les attributs de métadonnées pour la dernière version d'un ensemble d'images. Pour consulter les métadonnées d'une ancienne version d'un ensemble d'images, veuillez les versionId joindre à votre demande.

Les métadonnées des ensembles d'images sont compressées gzip et renvoyées sous forme d'objet JSON. Par conséquent, vous devez décompresser l'objet JSON avant de visualiser les métadonnées normalisées. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Normalisation des métadonnées.

Si les métadonnées d'un ensemble d'images volumineux sont toujours en cours de traitement après l'importation, un 409 ConflictException peut être renvoyé. Réessayez la demande après quelques secondes une fois le traitement terminé.

Utilisez GetDICOMInstanceMetadata HealthImaging la représentation d'un DICOMweb service pour renvoyer les métadonnées d'une instance DICOM (.jsonfichier). Pour de plus amples informations, veuillez consulter Obtenir les métadonnées d'une instance DICOM à partir de HealthImaging.

Pour obtenir les métadonnées du jeu d'images

Choisissez un menu en fonction de vos préférences d'accès à AWS HealthImaging.

  1. Ouvrez la page HealthImaging Stockages de données de la console.

  2. Choisissez un magasin de données.

    La page de détails du magasin de données s'ouvre et l'onglet Ensembles d'images est sélectionné par défaut.

  3. Choisissez un ensemble d'images.

    La page de détails du jeu d'images s'ouvre et les métadonnées du jeu d'images s'affichent dans la section Visionneuse de métadonnées du jeu d'images.

C++
SDK pour C++

Fonction utilitaire pour obtenir les métadonnées d’un ensemble d’images.

//! Routine which gets a HealthImaging image set's metadata.
/*!
  \param dataStoreID: The HealthImaging data store ID.
  \param imageSetID: The HealthImaging image set ID.
  \param versionID: The HealthImaging image set version ID, ignored if empty.
  \param outputFilePath: The path where the metadata will be stored as gzipped json.
  \param clientConfig: Aws client configuration.
  \\return bool: Function succeeded.
*/
bool AwsDoc::Medical_Imaging::getImageSetMetadata(const Aws::String &dataStoreID,
                                                  const Aws::String &imageSetID,
                                                  const Aws::String &versionID,
                                                  const Aws::String &outputFilePath,
                                                  const Aws::Client::ClientConfiguration &clientConfig) {
    Aws::MedicalImaging::Model::GetImageSetMetadataRequest request;
    request.SetDatastoreId(dataStoreID);
    request.SetImageSetId(imageSetID);
    if (!versionID.empty()) {
        request.SetVersionId(versionID);
    }
    Aws::MedicalImaging::MedicalImagingClient client(clientConfig);
    Aws::MedicalImaging::Model::GetImageSetMetadataOutcome outcome = client.GetImageSetMetadata(
            request);
    if (outcome.IsSuccess()) {
        std::ofstream file(outputFilePath, std::ios::binary);
        auto &metadata = outcome.GetResult().GetImageSetMetadataBlob();
        file << metadata.rdbuf();
    }
    else {
        std::cerr << "Failed to get image set metadata: "
                  << outcome.GetError().GetMessage() << std::endl;
    }

    return outcome.IsSuccess();
}

Obtenez les métadonnées d’un ensemble d’images sans version.

        if (AwsDoc::Medical_Imaging::getImageSetMetadata(dataStoreID, imageSetID, "", outputFilePath, clientConfig))
        {
            std::cout << "Successfully retrieved image set metadata." << std::endl;
            std::cout << "Metadata stored in: " << outputFilePath << std::endl;
        }

Obtenez les métadonnées d’un ensemble d’images avec une version.

        if (AwsDoc::Medical_Imaging::getImageSetMetadata(dataStoreID, imageSetID, versionID, outputFilePath, clientConfig))
        {
            std::cout << "Successfully retrieved image set metadata." << std::endl;
            std::cout << "Metadata stored in: " << outputFilePath << std::endl;
        }

  • Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous GetImageSetMetadataà la section Référence des AWS SDK pour C++ API.

Note

Il y en a plus à ce sujet GitHub. Trouvez l’exemple complet et découvrez comment le configurer et l’exécuter dans le référentiel d’exemples de code AWS.

CLI
AWS CLI

Exemple 1 : pour obtenir les métadonnées d’un ensemble d’images sans version

L’exemple de code get-image-set-metadata suivant fournit les métadonnées d’un ensemble d’images sans spécifier de version.

Remarque : outfile est un paramètre obligatoire

aws medical-imaging get-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e \
    studymetadata.json.gz

Les métadonnées renvoyées sont compressées avec gzip et stockées dans le fichier studymetadata.json.gz. Pour visualiser le contenu de l’objet JSON renvoyé, vous devez d’abord le décompresser.

Sortie :

{
    "contentType": "application/json",
    "contentEncoding": "gzip"
}

Exemple 2 : pour obtenir les métadonnées d’un ensemble d’images avec version

L’exemple de code get-image-set-metadata suivant fournit les métadonnées d’un ensemble d’images avec une version spécifiée.

Remarque : outfile est un paramètre obligatoire

aws medical-imaging get-image-set-metadata \
    --datastore-id 12345678901234567890123456789012 \
    --image-set-id ea92b0d8838c72a3f25d00d13616f87e \
    --version-id 1 \
    studymetadata.json.gz

Les métadonnées renvoyées sont compressées avec gzip et stockées dans le fichier studymetadata.json.gz. Pour visualiser le contenu de l’objet JSON renvoyé, vous devez d’abord le décompresser.

Sortie :

{
    "contentType": "application/json",
    "contentEncoding": "gzip"
}

Pour plus d'informations, consultez la section Obtenir les métadonnées d'un ensemble d'images dans le manuel du AWS HealthImaging développeur.

  • Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous GetImageSetMetadataà la section Référence des AWS CLI commandes.

Java
SDK pour Java 2.x
    public static void getMedicalImageSetMetadata(MedicalImagingClient medicalImagingClient,
            String destinationPath,
            String datastoreId,
            String imagesetId,
            String versionId) {

        try {
            GetImageSetMetadataRequest.Builder getImageSetMetadataRequestBuilder = GetImageSetMetadataRequest.builder()
                    .datastoreId(datastoreId)
                    .imageSetId(imagesetId);

            if (versionId != null) {
                getImageSetMetadataRequestBuilder = getImageSetMetadataRequestBuilder.versionId(versionId);
            }

            medicalImagingClient.getImageSetMetadata(getImageSetMetadataRequestBuilder.build(),
                    FileSystems.getDefault().getPath(destinationPath));

            System.out.println("Metadata downloaded to " + destinationPath);
        } catch (MedicalImagingException e) {
            System.err.println(e.awsErrorDetails().errorMessage());
            System.exit(1);
        }
    }

  • Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous GetImageSetMetadataà la section Référence des AWS SDK for Java 2.x API.

Note

Il y en a plus à ce sujet GitHub. Trouvez l’exemple complet et découvrez comment le configurer et l’exécuter dans le référentiel d’exemples de code AWS.

JavaScript
SDK pour JavaScript (v3)

Fonction utilitaire pour obtenir les métadonnées d’un ensemble d’images.

import { GetImageSetMetadataCommand } from "@aws-sdk/client-medical-imaging";
import { medicalImagingClient } from "../libs/medicalImagingClient.js";
import { writeFileSync } from "node:fs";

/**
 * @param {string} metadataFileName - The name of the file for the gzipped metadata.
 * @param {string} datastoreId - The ID of the data store.
 * @param {string} imagesetId - The ID of the image set.
 * @param {string} versionID - The optional version ID of the image set.
 */
export const getImageSetMetadata = async (
  metadataFileName = "metadata.json.gzip",
  datastoreId = "xxxxxxxxxxxxxx",
  imagesetId = "xxxxxxxxxxxxxx",
  versionID = "",
) => {
  const params = { datastoreId: datastoreId, imageSetId: imagesetId };

  if (versionID) {
    params.versionID = versionID;
  }

  const response = await medicalImagingClient.send(
    new GetImageSetMetadataCommand(params),
  );
  const buffer = await response.imageSetMetadataBlob.transformToByteArray();
  writeFileSync(metadataFileName, buffer);

  console.log(response);
  // {
  //     '$metadata': {
  //     httpStatusCode: 200,
  //         requestId: '5219b274-30ff-4986-8cab-48753de3a599',
  //         extendedRequestId: undefined,
  //         cfId: undefined,
  //         attempts: 1,
  //         totalRetryDelay: 0
  // },
  //     contentType: 'application/json',
  //     contentEncoding: 'gzip',
  //     imageSetMetadataBlob: <ref *1> IncomingMessage {}
  // }

  return response;
};

Obtenez les métadonnées d’un ensemble d’images sans version.

  try {
    await getImageSetMetadata(
      "metadata.json.gzip",
      "12345678901234567890123456789012",
      "12345678901234567890123456789012",
    );
  } catch (err) {
    console.log("Error", err);
  }

Obtenez les métadonnées d’un ensemble d’images avec une version.

  try {
    await getImageSetMetadata(
      "metadata2.json.gzip",
      "12345678901234567890123456789012",
      "12345678901234567890123456789012",
      "1",
    );
  } catch (err) {
    console.log("Error", err);
  }

  • Pour plus de détails sur l'API, reportez-vous GetImageSetMetadataà la section Référence des AWS SDK pour JavaScript API.

Note

Il y en a plus à ce sujet GitHub. Trouvez l’exemple complet et découvrez comment le configurer et l’exécuter dans le référentiel d’exemples de code AWS.

Python
Kit SDK for Python (Boto3)

Fonction utilitaire pour obtenir les métadonnées d’un ensemble d’images.

class MedicalImagingWrapper:
    def __init__(self, health_imaging_client):
        self.health_imaging_client = health_imaging_client


    def get_image_set_metadata(
        self, metadata_file, datastore_id, image_set_id, version_id=None
    ):
        """
        Get the metadata of an image set.

        :param metadata_file: The file to store the JSON gzipped metadata.
        :param datastore_id: The ID of the data store.
        :param image_set_id: The ID of the image set.
        :param version_id: The version of the image set.
        """
        try:
            if version_id:
                image_set_metadata = self.health_imaging_client.get_image_set_metadata(
                    imageSetId=image_set_id,
                    datastoreId=datastore_id,
                    versionId=version_id,
                )
            else:

                image_set_metadata = self.health_imaging_client.get_image_set_metadata(
                    imageSetId=image_set_id, datastoreId=datastore_id
                )
            print(image_set_metadata)
            with open(metadata_file, "wb") as f:
                for chunk in image_set_metadata["imageSetMetadataBlob"].iter_chunks():
                    if chunk:
                        f.write(chunk)

        except ClientError as err:
            logger.error(
                "Couldn't get image metadata. Here's why: %s: %s",
                err.response["Error"]["Code"],
                err.response["Error"]["Message"],
            )
            raise

Obtenez les métadonnées d’un ensemble d’images sans version.


                image_set_metadata = self.health_imaging_client.get_image_set_metadata(
                    imageSetId=image_set_id, datastoreId=datastore_id
                )

Obtenez les métadonnées d’un ensemble d’images avec une version.

                image_set_metadata = self.health_imaging_client.get_image_set_metadata(
                    imageSetId=image_set_id,
                    datastoreId=datastore_id,
                    versionId=version_id,
                )

Le code suivant instancie l' MedicalImagingWrapper objet. 

    client = boto3.client("medical-imaging")
    medical_imaging_wrapper = MedicalImagingWrapper(client)

  • Pour plus de détails sur l'API, consultez GetImageSetMetadatale AWSmanuel de référence de l'API SDK for Python (Boto3).

Note

Il y en a plus à ce sujet GitHub. Trouvez l’exemple complet et découvrez comment le configurer et l’exécuter dans le référentiel d’exemples de code AWS.

Exemple de disponibilité

Vous n’avez pas trouvé ce dont vous avez besoin ? Demandez un exemple de code à l'aide du lien Fournir des commentaires dans la barre latérale droite de cette page.

Métadonnées de syntaxe de transfert

Lors de l'importation de données DICOM, HealthImaging conserve la valeur d'origine de l'attribut de syntaxe de transfert dans les métadonnées du jeu d'images. La syntaxe de transfert des données DICOM d'origine importées est stockée sous le TransferSyntaxUID format. HealthImaging utilise StoredTransferSyntaxUID pour indiquer le format utilisé pour coder les données des trames d'image dans le magasin de données : 1.2.840.10008.1.2.4.202 pour les magasins de données compatibles HTJ2 K (par défaut) et 1.2.840.10008.1.2.4.90 pour les magasins de données compatibles JPEG 2000 Lossless.