Les traductions sont fournies par des outils de traduction automatique. En cas de conflit entre le contenu d'une traduction et celui de la version originale en anglais, la version anglaise prévaudra.

# Organisez une projection virtuelle avec AutoDock Vina sur Deadline Cloud
<a name="examples-jb-virtual-screening"></a>

Le bundle de tâches [https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/virtual_screening_vina](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/virtual_screening_vina) utilise Vina pour filtrer de grandes bibliothèques de composés par rapport à une cible protéique. Le bundle divise une bibliothèque composée en morceaux et les connecte en parallèle à un parc de travailleurs, puis agrège et classe les résultats par affinité de liaison.

Le pipeline comporte quatre étapes :

1. **PrepareReceptor**— Convertit la protéine PDB au format PDBQT avec Open Babel.

1. **SplitLibrary**— Divise la bibliothèque de composés SDF en N morceaux.

1. **DockCompounds**— Exécute N tâches d'amarrage en parallèle (une par bloc). Chaque tâche est idempotente et sûre pour la préemption de Spot.

1. **ScoreAndRank**— Regroupe tous les résultats partiels dans un fichier CSV classé avec les meilleurs résultats.

Le bundle nécessite un parc géré par des services Linux x86\_64 (recommandé par Spot), un environnement de file d'attente conda avec from et Vina. `openbabel` `conda-forge` AutoDock Installez Vina en intégrant la recette [Créez un package AutoDock Vina Conda pour Deadline Cloud](examples-conda-autodock-vina.md) conda dans votre canal S3 ou en installant le binaire via un script de configuration d'hôte de flotte.

Réglez `CompoundLibrary=chembl` (par défaut) pour télécharger et filtrer automatiquement les molécules semblables à des médicaments depuis [ChemBL](https://www.ebi.ac.uk/chembl/), ou fournissez votre propre fichier SDF.

Depuis le `job_bundles` répertoire, soumettez le job :

```
deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"
```

Pour plus de détails sur la création du package AutoDock Vina Conda, voir[Créez un package AutoDock Vina Conda pour Deadline Cloud](examples-conda-autodock-vina.md).