HealthOmics exemples utilisant AWS CLI

Pour arrêter le téléchargement d'un jeu de lecture en plusieurs parties

L'abort-multipart-read-set-uploadexemple suivant arrête le téléchargement d'un jeu de lecture en plusieurs parties dans votre magasin de HealthOmics séquences.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Cette commande ne produit aucun résultat.

Pour plus d'informations, voir Téléchargement direct vers un magasin de séquences dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour accepter un partage des données de la boutique d'analyse

L'accept-shareexemple suivant accepte un partage des données du magasin HealthOmics d'analyse.

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Sortie :

{
    "status": "ACTIVATING"
}

Pour plus d'informations, consultez la section Partage entre comptes dans le guide de l'AWS HealthOmics utilisateur.

Pour supprimer plusieurs ensembles de lecture

L'batch-delete-read-setexemple suivant supprime deux ensembles de lecture.

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

En cas d'erreur lors de la suppression de l'un des ensembles de lecture spécifiés, le service renvoie une liste d'erreurs.

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour annuler une tâche d'importation d'annotations

L'cancel-annotation-import-jobexemple suivant annule une tâche d'importation d'annotations avec ID. 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour annuler une course

L'cancel-runexemple suivant annule une exécution avec ID. 1234567

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Pour plus d'informations, voir Exécuter le cycle de vie dans un flux de travail dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour annuler une tâche d'importation de variantes

L'cancel-variant-import-jobexemple suivant annule une tâche d'importation de variantes avec ID. 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour terminer un téléchargement en plusieurs parties une fois que vous avez chargé tous les composants.

L'complete-multipart-read-set-uploadexemple suivant conclut un téléchargement en plusieurs parties dans un magasin de séquences une fois que tous les composants ont été chargés.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Sortie :

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Pour plus d'informations, voir Téléchargement direct vers un magasin de séquences dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour créer une nouvelle version d'un magasin d'annotations

L'create-annotation-store-versionexemple suivant crée une nouvelle version d'un magasin d'annotations.

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Sortie :

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de nouvelles versions de magasins d'annotations dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Exemple 1 : pour créer un magasin d'annotations VCF

L'create-annotation-storeexemple suivant crée un magasin d'annotations au format VCF.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Exemple 2 : pour créer un magasin d'annotations TSV

L'create-annotation-storeexemple suivant crée un magasin d'annotations au format TSV.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.jsonconfigure les options de format pour les annotations.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour commencer le téléchargement d'un set de lecture en plusieurs parties.

L'create-multipart-read-set-uploadexemple suivant lance un téléchargement d'un ensemble de lectures en plusieurs parties.

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Pour plus d'informations, voir Téléchargement direct vers un magasin de séquences dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour créer un magasin de référence

L'create-reference-storeexemple suivant crée un magasin de référencemy-ref-store.

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour créer un groupe de course

L'create-run-groupexemple suivant crée un groupe d'exécution nommécram-converter.

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-gpus 10 \
    --max-duration 600 \
    --max-runs 5

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de groupes d'exécution dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour créer un magasin de séquences

L'create-sequence-storeexemple suivant crée un magasin de séquences.

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour créer un partage d'une boutique HealthOmics d'analyses

L'create-shareexemple suivant montre comment créer un partage d'un magasin HealthOmics d'analyses qui peut être accepté par un abonné extérieur au compte.

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Sortie :

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Pour plus d'informations, consultez la section Partage entre comptes dans le guide de l'AWS HealthOmics utilisateur.

Pour créer un magasin de variantes

L'create-variant-storeexemple suivant crée un magasin de variantes nommémy_var_store.

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour créer un flux de travail

L'create-workflowexemple suivant crée un flux de travail WDL.

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zipest une archive ZIP contenant une définition de flux de travail. workflow-params.jsondéfinit les paramètres d'exécution du flux de travail.

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de flux de travail privés dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour supprimer une version du magasin d'annotations

L'delete-annotation-store-versionsexemple suivant supprime une version du magasin d'annotations.

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Sortie :

{
    "errors": []
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de nouvelles versions de magasins d'annotations dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour supprimer un magasin d'annotations

L'delete-annotation-storeexemple suivant supprime un magasin d'annotations nommémy_vcf_store.

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Sortie :

{
    "status": "DELETING"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour supprimer un magasin de référence

L'delete-reference-storeexemple suivant supprime un magasin de référence avec un ID. 1234567890

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour supprimer une référence

L'delete-referenceexemple suivant supprime une référence.

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour supprimer un groupe de course

L'delete-run-groupexemple suivant supprime un groupe d'exécution doté d'un ID. 1234567

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Pour plus d'informations, consultez la section Suppression de courses et de groupes d'exécutions dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour supprimer une exécution de flux de travail

L'delete-runexemple suivant supprime une exécution avec ID. 1234567

aws omics delete-run \
    --id 1234567

Pour plus d'informations, consultez la section Suppression de courses et de groupes d'exécutions dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour supprimer un magasin de séquences

L'delete-sequence-storeexemple suivant supprime un magasin de séquences avec ID. 1234567890

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour supprimer un partage de données HealthOmics analytiques

L'delete-shareexemple suivant supprime un partage entre comptes de données d'analyse.

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Sortie :

{
    "status": "DELETING"
}

Pour plus d'informations, consultez la section Partage entre comptes dans le guide de l'AWS HealthOmics utilisateur.

Pour supprimer un magasin de variantes

L'delete-variant-storeexemple suivant supprime un magasin de variantes nommémy_var_store.

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Sortie :

{
    "status": "DELETING"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour supprimer un flux de travail

L'delete-workflowexemple suivant supprime un flux de travail avec un ID. 1234567

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Pour plus d'informations, voir Supprimer un flux de travail privé dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour afficher une tâche d'importation d'annotations

L'get-annotation-import-jobexemple suivant fournit des informations sur une tâche d'importation d'annotations.

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour récupérer les métadonnées d'une version du magasin d'annotations

L'get-annotation-store-versionexemple suivant extrait les métadonnées de la version du magasin d'annotations demandée.

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Sortie :

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de nouvelles versions de magasins d'annotations dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour afficher un magasin d'annotations

L'get-annotation-storeexemple suivant permet d'obtenir des informations sur un magasin d'annotations nommémy_ann_store.

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour consulter une tâche d'activation du Read Set

L'get-read-set-activation-jobexemple suivant fournit des informations sur une tâche d'activation d'un ensemble de lecture.

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour afficher une tâche d'exportation d'ensembles de lectures

L'get-read-set-export-jobexemple suivant fournit des informations sur une tâche d'exportation d'ensembles de lectures.

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour afficher une tâche d'importation d'ensembles de lectures

L'get-read-set-import-jobexemple suivant fournit des informations sur une tâche d'importation d'ensembles de lectures.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour consulter un set de lecture

L'get-read-set-metadataexemple suivant permet d'obtenir des informations sur les fichiers d'un ensemble de lectures.

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour télécharger un kit de lecture

L'get-read-setexemple suivant télécharge la partie 3 d'un ensemble de lecture en tant que1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour consulter une tâche d'importation de référence

L'get-reference-import-jobexemple suivant permet d'obtenir des informations sur une tâche d'importation de référence.

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour consulter une référence

L'get-reference-metadataexemple suivant permet d'obtenir des détails sur une référence.

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour consulter un magasin de référence

L'get-reference-storeexemple suivant permet d'obtenir des informations sur un magasin de référence.

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour télécharger une référence génomique

L'get-referenceexemple suivant télécharge la partie 1 d'un génome en tant quehg38.1.fa.

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour afficher un groupe de courses

L'get-run-groupexemple suivant permet d'obtenir des informations sur un groupe d'exécution.

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de groupes d'exécution dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour afficher une tâche

L'get-run-taskexemple suivant fournit des informations sur une tâche de flux de travail.

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Sortie :

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Pour plus d'informations, consultez la section Cycle de vie des tâches lors d'une HealthOmics exécution dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour afficher l'exécution d'un flux de travail

L'get-runexemple suivant fournit des informations sur l'exécution d'un flux de travail.

aws omics get-run \
    --id 1234567

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Pour plus d'informations, voir Exécuter le cycle de vie dans un flux de travail dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour afficher un magasin de séquences

L'get-sequence-storeexemple suivant permet d'obtenir des informations sur un magasin de séquences avec ID1234567890.

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour récupérer les métadonnées relatives à un partage de HealthOmics données d'analyse

L'get-shareexemple suivant extrait les métadonnées d'un partage entre comptes de données d'analyse.

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Sortie :

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Pour plus d'informations, consultez la section Partage entre comptes dans le guide de l'AWS HealthOmics utilisateur.

Pour afficher une tâche d'importation de variantes

L'get-variant-import-jobexemple suivant fournit des informations sur une tâche d'importation de variantes.

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour consulter un magasin de variantes

L'get-variant-storeexemple suivant permet d'obtenir des informations sur un magasin de variantes.

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour consulter un flux de travail

L'get-workflowexemple suivant permet d'obtenir des détails sur un flux de travail avec ID1234567.

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de flux de travail privés dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour obtenir une liste des tâches d'importation d'annotations

Vous trouverez ci-dessous list-annotation-import-jobs une liste des tâches d'importation d'annotations.

aws omics list-annotation-import-jobs

Sortie :

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour répertorier toutes les versions d'un magasin d'annotations.

L'list-annotation-store-versionsexemple suivant répertorie toutes les versions existantes d'un magasin d'annotations.

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Sortie :

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de nouvelles versions de magasins d'annotations dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour obtenir la liste des magasins d'annotations

L'list-annotation-storesexemple suivant permet d'obtenir une liste des magasins d'annotations.

aws omics list-annotation-stores

Sortie :

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour répertorier tous les téléchargements de sets de lecture partitionnés et leur statut.

L'list-multipart-read-set-uploadsexemple suivant répertorie tous les téléchargements de sets de lecture partitionnés et leur statut.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Sortie :

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, voir Téléchargement direct vers un magasin de séquences dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour obtenir une liste des tâches d'activation des ensembles de lecture

L'list-read-set-activation-jobsexemple suivant permet d'obtenir une liste de tâches d'activation pour un magasin de séquences avec id1234567890.

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir une liste des tâches d'exportation définies en lecture

L'list-read-set-export-jobsexemple suivant permet d'obtenir une liste de tâches d'exportation pour un magasin de séquences avec id1234567890.

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir une liste des tâches d'importation de sets de lecture

L'list-read-set-import-jobsexemple suivant permet d'obtenir une liste de tâches d'importation pour un magasin de séquences avec id1234567890.

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour répertorier toutes les pièces d'un téléchargement en plusieurs parties demandé pour un magasin de séquences.

L'list-read-set-upload-partsexemple suivant répertorie toutes les parties d'un téléchargement partitionné demandé pour un magasin de séquences.

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Sortie :

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Pour plus d'informations, voir Téléchargement direct vers un magasin de séquences dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour obtenir une liste des ensembles de lecture

L'list-read-setsexemple suivant obtient une liste d'ensembles de lecture pour un magasin de séquences avec id1234567890.

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir une liste des tâches d'importation de référence

L'list-reference-import-jobsexemple suivant permet d'obtenir une liste de tâches d'importation de référence pour un magasin de référence avec un identifiant1234567890.

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir la liste des magasins de référence

L'list-reference-storesexemple suivant permet d'obtenir une liste de magasins de référence.

aws omics list-reference-stores

Sortie :

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir une liste de références

L'list-referencesexemple suivant permet d'obtenir une liste de références génomiques pour un magasin de référence avec id1234567890.

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir une liste des groupes de course

L'list-run-groupsexemple suivant permet d'obtenir une liste de groupes d'exécution.

aws omics list-run-groups

Sortie :

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de groupes d'exécution dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour obtenir une liste de tâches

L'list-run-tasksexemple suivant permet d'obtenir une liste de tâches pour une exécution de flux de travail.

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Sortie :

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez la section Cycle de vie des tâches lors d'une HealthOmics exécution dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour obtenir une liste des exécutions de flux de travail

L'list-runsexemple suivant permet d'obtenir une liste des exécutions de flux de travail.

aws omics list-runs

Sortie :

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, voir Exécuter le cycle de vie dans un flux de travail dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour obtenir une liste des magasins de séquences

L'list-sequence-storesexemple suivant permet d'obtenir une liste de magasins de séquences.

aws omics list-sequence-stores

Sortie :

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour répertorier les partages disponibles d'une donnée HealthOmics d'analyse

L'list-sharesexemple suivant répertorie tous les partages créés pour un propriétaire de ressource.

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Sortie :

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez la section Partage entre comptes dans le guide de l'AWS HealthOmics utilisateur.

Pour obtenir une liste de tags

L'list-tags-for-resourceexemple suivant permet d'obtenir une liste de balises pour un flux de travail avec un identifiant1234567.

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Sortie :

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Pour plus d'informations, consultez la section Marquage des ressources dans Amazon Omics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir une liste des variantes des tâches d'importation

L'list-variant-import-jobsexemple suivant permet d'obtenir une liste de tâches d'importation de variantes.

aws omics list-variant-import-jobs

Sortie :

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir une liste des variantes de magasins

L'list-variant-storesexemple suivant permet d'obtenir une liste de magasins de variantes.

aws omics list-variant-stores

Sortie :

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour obtenir une liste des flux de travail

L'list-workflowsexemple suivant permet d'obtenir une liste de flux de travail.

aws omics list-workflows

Sortie :

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Pour plus d'informations, consultez la section Création de flux de travail privés dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour importer des annotations

L'start-annotation-import-jobexemple suivant importe des annotations depuis Amazon S3.

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Sortie :

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour activer un ensemble de lecture archivé

L'start-read-set-activation-jobexemple suivant active deux ensembles de lecture.

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour exporter un ensemble de lectures

L'start-read-set-export-jobexemple suivant exporte deux ensembles de lecture vers Amazon S3.

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour importer un ensemble de lectures

L'start-read-set-import-jobexemple suivant importe un ensemble de lectures.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json est un document JSON dont le contenu est le suivant.

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour importer un génome de référence

L'start-reference-import-jobexemple suivant importe un génome de référence depuis Amazon S3.

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour exécuter un flux de travail

L'start-runexemple suivant exécute un flux de travail avec ID1234567.

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json est un document JSON dont le contenu est le suivant.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Pour plus d'informations, consultez la section Démarrage d'une course dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour charger des fichiers source depuis Amazon Omics

Vous pouvez également charger des fichiers source depuis le stockage Amazon Omics, en utilisant des fichiers spécifiques au service URIs. L'exemple de fichier workflow-inputs.json suivant utilise Amazon URIs Omics pour les ensembles de lecture et les sources génomiques de référence.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

Pour importer un fichier de variantes

L'start-variant-import-jobexemple suivant importe un fichier variant au format VCF.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Sortie :

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour étiqueter une ressource

L'tag-resourceexemple suivant ajoute une department balise à un flux de travail avec un identifiant1234567.

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Pour plus d'informations, consultez la section Marquage des ressources dans Amazon Omics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour supprimer un tag d'une ressource

L'untag-resourceexemple suivant supprime la department balise d'un flux de travail.

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Pour plus d'informations, consultez Omics Storage dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour mettre à jour un magasin d'annotations

L'update-annotation-storeexemple suivant met à jour la description d'un magasin d'annotations nommémy_vcf_store.

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour mettre à jour un groupe de course

L'update-run-groupexemple suivant met à jour les paramètres d'un groupe d'exécution avec un identifiant1234567.

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Workflows dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour mettre à jour un magasin de variantes

L'update-variant-storeexemple suivant met à jour la description d'un magasin de variantes nommémy_var_store.

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Pour plus d'informations, consultez Omics Analytics dans le manuel Amazon Omics Developer Guide.

Pour mettre à jour un flux de travail

L'update-workflowexemple suivant met à jour la description d'un flux de travail avec ID1234567.

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Pour plus d'informations, voir Création ou mise à jour d'un flux de travail dans le Guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.

Pour télécharger une partie du kit de lecture.

L'upload-read-set-partexemple suivant télécharge une partie spécifiée d'un ensemble de lectures.

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Sortie :

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Pour plus d'informations, voir Téléchargement direct vers un magasin de séquences dans le guide de AWS HealthOmics l'utilisateur.