Exemples d’utilisation de l’AWS CLI avec HealthOmics

Pour arrêter un chargement partitionné de jeux de lecture

L’exemple abort-multipart-read-set-upload suivant arrête le chargement partitionné de jeux de lecture dans votre magasin de séquences HealthOmics.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Cette commande ne produit aucune sortie.

Pour plus d’informations, consultez Direct upload to a sequence store dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour accepter un partage des données du magasin d’analyse

L’exemple accept-share suivant accepte un partage des données du magasin d’analyse HealthOmics.

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Sortie :

{
    "status": "ACTIVATING"
}

Pour plus d’informations, consultez Partage entre comptes dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour supprimer plusieurs jeux de lecture

L’exemple batch-delete-read-set suivant supprime deux jeux de lecture.

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

En cas d’erreur lors de la suppression de l’un des jeux de lecture spécifiés, le service renvoie une liste d’erreurs.

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour annuler une tâche d’importation d’annotations

L’exemple cancel-annotation-import-job suivant annule une tâche d’importation d’annotations dotée de l’ID 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997.

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour annuler une exécution

L’exemple cancel-run suivant annule une exécution dotée de l’ID 1234567.

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Pour plus d’informations, consultez Run lifecycle in a workflow dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour annuler une tâche d’importation de variantes

L’exemple cancel-variant-import-job suivant annule une tâche d’importation de variantes dotée de l’ID 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e.

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour terminer un chargement partitionné une fois que vous avez chargé tous les composants.

L’exemple complete-multipart-read-set-upload suivant termine un chargement partitionné dans un magasin de séquences une fois que tous les composants ont été chargés.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Sortie :

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Pour plus d’informations, consultez Direct upload to a sequence store dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour créer une nouvelle version d’un magasin d’annotations

L’exemple create-annotation-store-version suivant crée une nouvelle version d’un magasin d’annotations.

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Sortie :

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Pour plus d’informations, consultez Creating new versions of annotation stores dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Exemple 1 : pour créer un magasin d’annotations VCF

L’exemple create-annotation-store suivant crée un magasin d’annotations au format VCF.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Exemple 2 : pour créer un magasin d’annotations TSV

L’exemple create-annotation-store suivant crée un magasin d’annotations au format TSV.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.json configure les options de format pour les annotations.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour commencer un chargement partitionné de jeux de lecture.

L’exemple create-multipart-read-set-upload suivant lance un chargement partitionné de jeux de lecture.

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Pour plus d’informations, consultez Direct upload to a sequence store dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour créer un magasin de références

L’exemple create-reference-store suivant crée un magasin de références my-ref-store.

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour créer un groupe d’exécution

L’exemple create-run-group suivant crée un groupe d’exécution nommé cram-converter.

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-gpus 10 \
    --max-duration 600 \
    --max-runs 5

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Pour plus d’informations, consultez Creating run groups dans le Guide de l’utilisateur d’AWS HealthOmics.

Pour créer un magasin de séquences

L’exemple create-sequence-store suivant crée un magasin de séquences.

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour créer un partage d’un magasin d’analyse HealthOmics

L’exemple create-share suivant montre comment créer un partage d’un magasin d’analyse HealthOmics qui peut être accepté par un abonné extérieur au compte.

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Sortie :

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Pour plus d’informations, consultez Cross-acount sharing dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour créer un magasin de variantes

L’exemple create-variant-store suivant crée un magasin de variantes nommé my_var_store.

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour créer un flux de travail

L’exemple create-workflow suivant crée un flux de travail WDL.

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zip est une archive ZIP contenant une définition de flux de travail. workflow-params.json définit les paramètres d’exécution du flux de travail.

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Pour plus d’informations, consultez Creating private workflows dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour supprimer une version du magasin d’annotations

L’exemple delete-annotation-store-versions suivant supprime une version du magasin d’annotations.

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Sortie :

{
    "errors": []
}

Pour plus d’informations, consultez Creating new versions of annotation stores dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour supprimer un magasin d’annotations

L’exemple delete-annotation-store suivant supprime un magasin d’annotations nommé my_vcf_store.

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Sortie :

{
    "status": "DELETING"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour supprimer un magasin de références

L’exemple delete-reference-store suivant supprime un magasin de références doté de l’ID 1234567890.

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour supprimer une référence

L’exemple delete-reference suivant supprime une référence.

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour supprimer un groupe d’exécution

L’exemple delete-run-group suivant supprime un groupe d’exécution doté de l’ID 1234567.

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Pour plus d’informations, consultez Deleting runs and run groups dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour supprimer une exécution de flux de travail

L’exemple delete-run suivant supprime une exécution dotée de l’ID 1234567.

aws omics delete-run \
    --id 1234567

Pour plus d’informations, consultez Deleting runs and run groups dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour supprimer un magasin de séquences

L’exemple delete-sequence-store suivant supprime un magasin de séquences doté de l’ID 1234567890.

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour supprimer un partage de données analytiques de HealthOmics

L’exemple delete-share suivant supprime un partage entre comptes de données analytiques.

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Sortie :

{
    "status": "DELETING"
}

Pour plus d’informations, consultez Partage entre comptes dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour supprimer un magasin de variantes

L’exemple delete-variant-store suivant supprime un magasin de variantes nommé my_var_store.

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Sortie :

{
    "status": "DELETING"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour supprimer un flux de travail

L’exemple delete-workflow suivant supprime un flux de travail doté de l’ID 1234567.

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Pour plus d’informations, consultez Delete a private workflow dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour afficher une tâche d’importation d’annotations

L’exemple get-annotation-import-job suivant obtient les informations sur une tâche d’importation d’annotations.

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour récupérer les métadonnées d’une version du magasin d’annotations

L’exemple get-annotation-store-version suivant récupère les métadonnées de la version du magasin d’annotations demandée.

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Sortie :

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Pour plus d’informations, consultez Creating new versions of annotation stores dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour afficher un magasin d’annotations

L’exemple get-annotation-store suivant obtient les informations sur un magasin d’annotations nommé my_ann_store.

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher une tâche d’activation d’un jeu de lecture

L’exemple get-read-set-activation-job suivant obtient les informations sur une tâche d’activation d’un jeu de lecture.

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher une tâche d’exportation d’un jeu de lecture

L’exemple get-read-set-export-job suivant obtient les informations sur une tâche d’exportation d’un jeu de lecture.

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher une tâche d’importation d’un jeu de lecture

L’exemple get-read-set-import-job suivant obtient les informations sur une tâche d’importation d’un jeu de lecture.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher un jeu de lecture

L’exemple get-read-set-metadata suivant obtient les informations sur les fichiers d’un jeu de lecture.

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour télécharger un jeu de lecture

L’exemple get-read-set suivant télécharge la partie 3 d’un jeu de lecture en tant que 1234567890.3.bam.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher une tâche d’importation de référence

L’exemple get-reference-import-job suivant obtient les informations sur une tâche d’importation de référence.

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher une référence

L’exemple get-reference-metadata suivant obtient les informations sur une référence.

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher un magasin de références

L’exemple get-reference-store suivant obtient les informations sur un magasin de références.

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour télécharger une référence génomique

L’exemple get-reference suivant télécharge la partie 1 d’un génome en tant que hg38.1.fa.

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher un groupe d’exécution

L’exemple get-run-group suivant obtient les informations sur un groupe d’exécution.

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Pour plus d’informations, consultez Creating run groups dans le Guide de l’utilisateur d’AWS HealthOmics.

Pour afficher une tâche

L’exemple get-run-task suivant obtient les informations sur une tâche de flux de travail.

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Sortie :

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Pour plus d’informations, consultez Task lifecycle in a HealthOmics run dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour afficher une exécution de flux de travail

L’exemple get-run suivant obtient les informations sur une exécution de flux de travail.

aws omics get-run \
    --id 1234567

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Pour plus d’informations, consultez Run lifecycle in a workflow dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour afficher un magasin de séquences

L’exemple get-sequence-store suivant obtient les informations sur un magasin de séquences doté de l’ID 1234567890.

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour récupérer les métadonnées relatives à un partage des données analytiques de HealthOmics

L’exemple get-share suivant récupère les métadonnées d’un partage entre comptes de données analytiques.

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Sortie :

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Pour plus d’informations, consultez Partage entre comptes dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour afficher une tâche d’importation de variantes

L’exemple get-variant-import-job suivant obtient les informations sur une tâche d’importation de variantes.

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher un magasin de variantes

L’exemple get-variant-store suivant obtient les informations sur un magasin de variantes.

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour afficher un flux de travail

L’exemple get-workflow suivant obtient les informations sur un flux de travail doté de l’ID 1234567.

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Pour plus d’informations, consultez Creating private workflows dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour obtenir une liste des tâches d’importation d’annotations

L’exemple list-annotation-import-jobs suivant fournit une liste des tâches d’importation d’annotations.

aws omics list-annotation-import-jobs

Sortie :

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour répertorier toutes les versions d’un magasin d’annotations.

L’exemple list-annotation-store-versions suivant répertorie toutes les versions existantes d’un magasin d’annotations.

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Sortie :

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Pour plus d’informations, consultez Creating new versions of annotation stores dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour obtenir la liste des magasins d’annotations

L’exemple list-annotation-stores suivant obtient une liste de magasins d’annotations.

aws omics list-annotation-stores

Sortie :

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour répertorier tous les chargements partitionnés de jeux de lecture et leurs états.

L’exemple list-multipart-read-set-uploads suivant répertorie tous les chargements partitionnés de jeux de lecture et leurs états.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Sortie :

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Direct upload to a sequence store dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour obtenir une liste des tâches d’activation des jeux de lecture

L’exemple list-read-set-activation-jobs suivant obtient une liste de tâches d’activation pour un magasin de séquences doté de l’ID 1234567890.

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir une liste des tâches d’exportation des jeux de lecture

L’exemple list-read-set-export-jobs suivant obtient une liste de tâches d’exportation pour un magasin de séquences doté de l’ID 1234567890.

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir une liste des tâches d’importation de jeux de lecture

L’exemple list-read-set-import-jobs suivant obtient une liste de tâches d’importation pour un magasin de séquences doté de l’ID 1234567890.

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour répertorier toutes les parties d’un chargement partitionné demandé pour un magasin de séquences.

L’exemple list-read-set-upload-parts suivant répertorie toutes les parties d’un chargement partitionné demandé pour un magasin de séquences.

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Sortie :

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Pour plus d’informations, consultez Direct upload to a sequence store dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour obtenir une liste des jeux de lecture

L’exemple list-read-sets suivant obtient une liste de jeux de lecture pour un magasin de séquences doté de l’ID 1234567890.

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir une liste des tâches d’importation de référence

L’exemple list-reference-import-jobs suivant obtient une liste de tâches d’importation de référence pour un magasin de références doté de l’ID 1234567890.

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir la liste des magasins de références

L’exemple list-reference-stores suivant obtient une liste de magasins de références.

aws omics list-reference-stores

Sortie :

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir une liste des références

L’exemple list-references suivant obtient une liste des références génomiques pour un magasin de références doté de l’ID 1234567890.

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Sortie :

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir une liste des groupes d’exécution

L’exemple list-run-groups suivant obtient une liste des groupes d’exécution.

aws omics list-run-groups

Sortie :

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Creating run groups dans le Guide de l’utilisateur d’AWS HealthOmics.

Pour obtenir une liste de tâches

L’exemple list-run-tasks suivant obtient une liste de tâches pour une exécution de flux de travail.

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Sortie :

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Task lifecycle in a HealthOmics run dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour obtenir une liste des exécutions de flux de travail

L’exemple list-runs suivant obtient une liste d’exécutions de flux de travail.

aws omics list-runs

Sortie :

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Run lifecycle in a workflow dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour obtenir une liste des magasins de séquences

L’exemple list-sequence-stores suivant obtient une liste de magasins de séquences.

aws omics list-sequence-stores

Sortie :

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour répertorier les partages disponibles des données analytiques de HealthOmics

L’exemple list-shares suivant répertorie tous les partages créés pour un propriétaire de ressource.

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Sortie :

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Partage entre comptes dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour obtenir une liste de balises

L’exemple list-tags-for-resource suivant obtient une liste de balises pour un flux de travail doté de l’ID 1234567.

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Sortie :

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Pour plus d’informations, consultez Balisage des ressources dans Amazon Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir une liste des tâches d’importation de variantes

L’exemple list-variant-import-jobs suivant obtient une liste des tâches d’importation de variantes.

aws omics list-variant-import-jobs

Sortie :

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir une liste des magasins de variantes

L’exemple list-variant-stores suivant obtient une liste de magasins de variantes.

aws omics list-variant-stores

Sortie :

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour obtenir une liste des flux de travail

L’exemple list-workflows suivant obtient une liste des flux de travail.

aws omics list-workflows

Sortie :

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Pour plus d’informations, consultez Creating private workflows dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour importer des annotations

L’exemple start-annotation-import-job suivant importe des annotations à partir d’Amazon S3.

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Sortie :

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour activer un jeu de lecture archivé

L’exemple start-read-set-activation-job suivant active deux jeux de lecture.

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour exporter un jeu de lectures

L’exemple start-read-set-export-job suivant exporte deux jeux de lecture vers Amazon S3.

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour importer un jeu de lectures

L’exemple start-read-set-import-job suivant importe un jeu de lectures.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json est un document JSON avec le contenu suivant.

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour importer un génome de référence

L’exemple start-reference-import-job suivant importe un génome de référence depuis Amazon S3.

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour exécuter un flux de travail

L’exemple start-run suivant exécute un flux de travail doté de l’ID 1234567.

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json est un document JSON avec le contenu suivant.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Pour plus d’informations, consultez Starting a run dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour charger des fichiers source depuis Amazon Omics

Vous pouvez également charger des fichiers source depuis le stockage Amazon Omics, en utilisant des URI spécifiques au service. L’exemple de fichier workflow-inputs.json suivant utilise les URI Amazon Omics pour les jeux de lecture et les sources génomiques de référence.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

Pour importer un fichier de variantes

L’exemple start-variant-import-job suivant importe un fichier de variantes au format VCF.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Sortie :

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour baliser une ressource

L’exemple tag-resource suivant ajoute une balise department à un flux de travail doté de l’ID 1234567.

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Pour plus d’informations, consultez Balisage des ressources dans Amazon Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour supprimer une balise d’une ressource

L’exemple untag-resource suivant supprime la balise department d’un flux de travail.

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Pour plus d’informations, consultez Stockage Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour mettre à jour un magasin d’annotations

L’exemple update-annotation-store suivant met à jour la description d’un magasin d’annotations nommé my_vcf_store.

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour mettre à jour un groupe d’exécution

L’exemple update-run-group suivant met à jour les paramètres d’un groupe d’exécution doté de l’ID 1234567.

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Sortie :

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Pour plus d’informations, consultez Flux de travail Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour mettre à jour un magasin de variantes

L’exemple update-variant-store suivant met à jour la description d’un magasin de variantes nommé my_var_store.

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Sortie :

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Pour plus d’informations, consultez Analytique Omics dans le Manuel du développeur Amazon Omics.

Pour mettre à jour un flux de travail

L’exemple update-workflow suivant met à jour la description d’un flux de travail doté de l’ID 1234567.

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Pour plus d’informations, consultez Creating or updating a workflow dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.

Pour charger une partie du jeu de lecture.

L’exemple upload-read-set-part suivant charge une partie spécifiée d’un jeu de lectures.

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Sortie :

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Pour plus d’informations, consultez Direct upload to a sequence store dans le Guide de l’utilisateur AWS HealthOmics.