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Flujos de trabajo Ready2Run disponibles en HealthOmics
En la siguiente tabla se enumeran los flujos de trabajo de Ready2Run que están disponibles en. HealthOmics
Puede iniciar sesión en la HealthOmicsconsola
nota
Cada flujo de trabajo de Ready2Run tiene un tamaño máximo de archivo de entrada. Estos tamaños máximos de archivo no se pueden ajustar.
| Nombre del flujo de trabajo | Publicador | ¿Es necesaria una suscripción? | Tamaño máximo del archivo de entrada (GiB) | Tiempo de ejecución estimado (HH:MM) |
|---|---|---|---|---|
| AlphaFold para 601-1200 residuos | Google DeepMind | No | 1 | 11:15 |
| AlphaFold para hasta 600 residuos | Google DeepMind | No | 1 | 7:30 |
| Base2Fastq para 2x150 | Element Biosciences | No | 1 000 | 1:45 |
| Base2Fastq para 2x300 | Element Biosciences | No | 1 000 | 1:30 |
| Base2Fastq para 2x75 | Element Biosciences | No | 500 | 0:45 |
| ESMFold para hasta 800 residuos | Meta Research | No | 1 | 0:15 |
| GATK-BP fq2bam | Instituto Broad | No | 64 | 10:10 |
| Línea germinal bam2vcf de GATK-BP para un genoma de 30 veces | Instituto Broad | No | 39 | 2:45 |
| Línea germinal gatK-BP fq2vcf para un genoma de 30x | Instituto Broad | No | 64 | 12:30 |
| GATK-BP Somatic ES bam2vcf | Instituto Broad | No | 86 | 1:30 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hasta 30 veces | Corporación NVIDIA | No | 80 | 1:39 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 120 | 2:45 |
| NVIDIA Parabricks BAM2 FQ2 BAM WGS hasta 5 veces | Corporación NVIDIA | No | 20 | 0:18 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hasta 30 veces | Corporación NVIDIA | No | 71 | 1:00 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 137 | 1:45 |
| NVIDIA Parabricks FQ2 BAM WGS hasta 5 veces | Corporación NVIDIA | No | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hasta 30 veces | Corporación NVIDIA | No | 71 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 137 | 3:30 |
| NVIDIA Parabricks Germline DeepVariant WGS hasta 5 veces | Corporación NVIDIA | No | 12 | 0:30 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hasta 30 veces | Corporación NVIDIA | No | 71 | 1:15 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 137 | 2:00 |
| NVIDIA Parabricks Germline HaplotypeCaller WGS hasta 5 veces | Corporación NVIDIA | No | 13 | 0:15 |
| NVIDIA Parabricks Somatic Mutect2 WGS hasta 50 veces | Corporación NVIDIA | No | 196 | 0:45 |
| sc RNAseq con Kallisto BUStools | Núcleo NF | No | 119 | 1:30 |
| sc RNAseq con salmón alevín frito | Núcleo NF | No | 119 | 2:30 |
| sc RNAseq con STARsolo | Núcleo NF | No | 119 | 2:30 |
| Sentieon Germline BAM WES hasta 300 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 9 | 1:00 |
| Sentieon Germline BAM WGS hasta 32 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 18 | 1:30 |
| Sention Germline FASTA WES hasta 100 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 5 | 0:45 |
| Sention Germline FASTA WES hasta 300 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 26 | 2:00 |
| Sention Termline FASTA WGS hasta 32 veces | Sentieon, Inc. | Sí | 51 | 3:30 |
| Sentición para ONT LongRead | Sentieon, Inc. | Sí | 25 | 1:30 |
| Sentimiento LongRead por PacBio HiFi | Sentieon, Inc. | Sí | 58 | 4:00 |
| Sentieon Somatic WES | Sentieon, Inc. | Sí | 50 | 2:30 |
| Sention Somatic WGS | Sentieon, Inc. | Sí | 113 | 4:30 |
| Ultima Genomics hasta 40 DeepVariant veces | Ultima Genomics | No | 91 | 1:55 |
Cuando utilizas un flujo de trabajo Ready2Run, el flujo de trabajo está preconfigurado y no se puede editar. A diferencia de los flujos de trabajo privados, los flujos de trabajo de Ready2Run no admiten lo siguiente:
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Aumentar el tamaño máximo del archivo de entrada
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Cambiar los recursos informáticos o ejecutar el almacenamiento
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Cambiar la definición del flujo de trabajo o los contenedores
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Añadir corridas a un grupo de corridas
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Compartir el flujo de trabajo
Si el editor ha compartido el flujo de trabajo de Ready2Run GitHub, usted puede crear su propio flujo de trabajo privado basado en el flujo de trabajo de Ready2Run. En la siguiente tabla se proporcionan enlaces a los GitHub flujos de trabajo de cada editor.
| Publicador | Flujos de trabajo en GitHub |
|---|---|
| Google DeepMind, Meta Research | Flujos de trabajo de plegado |
| Element Biosciences | Para obtener información, póngase en contacto con Element Biosciences |
| Instituto Broad | Flujos de trabajo de GATK |
| Corporación NVIDIA | Flujos de trabajo de Parabricks |
| nf-core | Flujos de trabajo de NF-Core |
| Sention | Flujos de trabajo de Sentieon |
| Ultima Genomics | Flujos de trabajo de Ultima Genomics |
