Especificaciones de la definición del flujo de trabajo de CWL - AWS HealthOmics

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Especificaciones de la definición del flujo de trabajo de CWL

Los flujos de trabajo escritos en Common Workflow Language, o CWL, ofrecen una funcionalidad similar a los flujos de trabajo escritos en WDL y Nextflow. Puede utilizar Amazon S3 o el HealthOmics almacenamiento URIs como parámetros de entrada.

Si define la entrada en un archivo secundario de un subflujo de trabajo, añada la misma definición en el flujo de trabajo principal.

HealthOmics los flujos de trabajo no admiten los procesos de operación. Para obtener más información sobre los procesos operativos en los flujos de trabajo de CWL, consulte la documentación de CWL.

Para convertir un archivo de definición de flujo de trabajo de CWL existente y utilizarlo HealthOmics, realice los siguientes cambios:

  • Sustituya todos los contenedores URIs de Docker por Amazon URIs ECR.

  • Asegúrese de que todos los archivos del flujo de trabajo estén declarados en el flujo de trabajo principal como entrada y de que todas las variables estén definidas de forma explícita.

  • Asegúrese de que todo el JavaScript código cumpla con el modo estricto.

Los flujos de trabajo de CWL deben definirse para cada contenedor utilizado. No se recomienda codificar de forma rígida la entrada de DockerPull con una URI de Amazon ECR fija.

El siguiente es un ejemplo de un flujo de trabajo escrito en CWL. 


cwlVersion: v1.2
class: Workflow

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]

out_filename: string
docker_image: string


outputs:
copied_file:
type: File
outputSource: copy_step/copied_file

steps:
copy_step:
in:
  in_file: in_file
  out_filename: out_filename
  docker_image: docker_image
out: [copied_file]
run: copy.cwl

El siguiente archivo define la copy.cwl tarea.


cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: cp

inputs:
in_file:
type: File
secondaryFiles: [.fai]
inputBinding:
  position: 1

out_filename:
type: string
inputBinding:
  position: 2
docker_image:
type: string

outputs:
copied_file:
type: File
outputBinding:
    glob: $(inputs.out_filename)

requirements:
InlineJavascriptRequirement: {}
DockerRequirement:
dockerPull: "$(inputs.docker_image)"

El siguiente es un ejemplo de un flujo de trabajo escrito en CWL con un requisito de GPU.

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
baseCommand: ["/bin/bash", "docm_haplotypeCaller.sh"]
$namespaces:
cwltool: http://commonwl.org/cwltool#
requirements:
cwltool:CUDARequirement:
cudaDeviceCountMin: 1
cudaComputeCapability: "nvidia-tesla-t4" 
cudaVersionMin: "1.0"
InlineJavascriptRequirement: {}
InitialWorkDirRequirement:
listing:
- entryname: 'docm_haplotypeCaller.sh'
  entry: |
          nvidia-smi --query-gpu=gpu_name,gpu_bus_id,vbios_version --format=csv   

inputs: []
outputs: []