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Resolución de problemas
Los siguientes temas pueden ayudarle a solucionar los problemas que surgen al utilizar los HealthOmics flujos de trabajo y los almacenes de datos.
Temas
Solución de problemas de flujos de trabajo
Temas
¿Cómo soluciono los problemas de una ejecución fallida?
Utilice la operación GetRun de la API para averiguar el motivo del error. Para obtener más información, consulte Motivos de error de ejecución.
¿Cómo soluciono los problemas de una tarea fallida?
Revisa el código de error del mensaje de error de la tarea para comprender el error. Revisa los inicios de sesión de la tarea CloudWatch para ver los mensajes de registro detallados de la tarea. Si no recibes mensajes de registro detallados, puedes revisar tu flujo de trabajo para generar sentencias de registro adicionales. Para obtener más información, consulte Supervisión HealthOmics con CloudWatch registros.
¿Dónde puedo encontrar los registros del motor?
HealthOmics publica los registros del motor casi CloudWatch en tiempo real de todas las ejecuciones (exitosas y fallidas). Los registros del motor también se envían a su bucket de Amazon S3 una vez finalizada la ejecución. Para obtener más información, consulte Supervisión HealthOmics con CloudWatch registros y Inicia sesión en Amazon S3.
¿Cómo puedo reducir el tamaño de los parámetros de entrada de un flujo de trabajo?
Puede especificar hasta 50 KB de parámetros de entrada para un flujo de trabajo. Puede utilizar las importaciones de directorios o las hojas de muestra para mantenerse dentro de este límite de tamaño. Para obtener más información, consulte Administrar el tamaño de los parámetros de ejecución.
¿Por qué no se completa mi ejecución?
Si hay problemas con el código y los procesos no se han cerrado correctamente, es posible que la ejecución deje de responder o se quede «atascada». Para obtener más información sobre cómo prevenir y detectar las ejecuciones que no responden, consulte. Guía para ejecuciones que no responden
Solución de problemas de almacenamiento en caché de llamadas
Los siguientes temas pueden ayudarte a solucionar los problemas que surjan con el almacenamiento en caché de llamadas.
Temas
¿Por qué mi ejecución no se guarda en la memoria caché?
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Comprueba que la ejecución esté configurada para usar una caché; para ello, marca el campo cacheID en la respuesta de la operación de la GetRun API. Con la CLI, ejecute este comando:.
aws omics get-run —id <run_id> -
Si la ejecución se realizó correctamente, verifique que el comportamiento de la caché devuelto en la GetRun respuesta sea CACHE_ALWAYS. Si el comportamiento de la caché se establece en CACHE_ON_FAILURE, las ejecuciones solo se guardarán en la caché cuando fallen.
¿Por qué una tarea no usa la entrada de la caché?
<cache_id><cache_uuid>En el grupo de /aws/omics/WorkflowLog CloudWatch registros, abra la secuencia de registros de la caché de ejecución: RunCache//.
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Compruebe que una ejecución anterior haya creado una entrada de caché para la tarea que esperaba almacenar en caché. Las ejecuciones que se hayan guardado en la memoria caché se grabarán con el mensaje de registro CACHE_ENTRY_CREATED.
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Busque el registro CACHE_MISS de la tarea y ejecútelo completado. Si no hay ninguna entrada de registro, compruebe que la ejecución se configuró para usar la caché.
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Si se creó una entrada de caché, compruebe que las CPU, la memoria, las GPU y el resumen del contenedor sean idénticos para ambas tareas. El ARN de la tarea que creó la entrada de caché figura en el mensaje de registro.
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Si los requisitos informáticos de ambas tareas coinciden, compruebe que las entradas no hayan cambiado entre las tareas. Para ello, abra los registros del motor. Los registros del motor están disponibles en el grupo de CloudWatch registrosaws/omics//WorkflowLog para todas las ejecuciones. También están disponibles en el directorio de salida de la ejecución una vez finalizada.
¿Por qué está deshabilitado el almacenamiento en caché de llamadas para una tarea?
Compruebe si la tarea está configurada para excluirse del almacenamiento en caché mediante las funciones del motor de flujo de trabajo:
Para los flujos de trabajo de WDL: compruebe si la tarea tiene el valor volátil establecido
trueen la metsecciónPara los flujos de trabajo de Nextflow: compruebe si la tarea tiene la directiva de caché establecida en
falsePara los flujos de trabajo de CWL: comprueba si la tarea tiene la opción EnableReuse configurada para la función
falseWorkReuse
Solución de problemas de almacenes de datos
Temas
¿Por qué GetObject falla S3 en mi equipo de lectura?
La mayoría de las veces, el error se debe a la falta de un permiso. El permiso de lectura S3 del almacén de secuencias es una configuración bidireccional que requiere tanto la política de acceso S3 del almacén de secuencias para permitir el acceso como que el director de IAM tenga una política adjunta que permita el acceso. Para obtener más información sobre los requisitos de la política, consulte. Permisos de acceso a los datos mediante Amazon S3 URIs Compruebe que existen las siguientes configuraciones:
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La política de acceso S3 del almacén de secuencias ha permitido explícitamente el acceso al principal de IAM o a la raíz de la cuenta del principal.
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Compruebe que el principal de IAM tenga una política que otorgue permiso explícito al recurso al que se accede. Tenga en cuenta que la política principal de IAM debe utilizar el ARN del punto de acceso y no la ruta basada en el alias del punto de acceso al definir los permisos, y que el ARN está en la condición y no se usa para especificar un recurso.
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Si tu tienda usa una clave gestionada por el cliente (CMK-KMS), asegúrate de que el director de IAM tenga los permisos kms:decrypt sobre la clave. Consulta la guía de acceso multicuenta de KMS para configurar el uso entre cuentas.
Si tienes una política que usa controles de acceso basados en etiquetas, asegúrate de lo siguiente:
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Asegúrese de que el almacén de secuencias haya terminado de sincronizar las etiquetas. Para ello, el estado de la tienda debe ser active y noupdating.
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Asegúrese de que no haya errores tipográficos en la clave de la etiqueta o en el valor de la clave del conjunto leído y de la política.
¿Por qué no puedo ver mi tienda de anotaciones o de variantes en Athena?
En Lake Formation, asegúrate de crear un enlace de recursos basado en la tienda que compartieron contigo. Una vez que hayas creado un enlace a un recurso al que tengas permiso de acceso, la tienda debería estar visible en Athena. Para obtener más información, consulte Configuración de Lake Formation para usar HealthOmics.
¿Por qué no puedo acceder a mi almacén de datos en Athena?
Si su almacén de anotaciones o variantes está visible, pero recibe un mensaje de error que indica que se ha denegado el acceso, compruebe qué versión del motor de consultas está utilizando. Solo se admiten las consultas que se ejecuten con la versión 3 del motor. Para obtener más información sobre las versiones del motor de consultas de Athena, consulte la documentación de Amazon Athena.
Solución de problemas con la CLI de Kiro
La CLI de Kiro puede ayudar a agilizar el proceso de solución de problemas de la siguiente manera:
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Analizar las ejecuciones del flujo de trabajo y depurar los errores de las tareas
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Recopilación de registros y mensajes de error relevantes
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Creación de casos de AWS soporte con todos los registros de depuración necesarios adjuntos
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Redacta la información de identificación personal (PII) de la información enviada al equipo de soporte AWS
Para obtener más información sobre el uso de la CLI de Kiro AWS HealthOmics para la resolución de problemas y la creación de casos de soporte, consulte el tutorial sobre IA generativa de HealthOmics Agentic sobre.
aviso
Cuando trabaje con la CLI de Kiro, revise todo el contenido generado y las acciones propuestas antes de continuar. Proporcione comentarios para mejorar la calidad de la respuesta y cumplir con los requisitos de su flujo de trabajo. Para obtener más información, consulte Consideraciones de seguridad y prácticas recomendadas para Kiro.
