Vuelva a ejecutar una ejecución HealthOmics - AWS HealthOmics
Vuelva a ejecutar una ejecución con la consolaVuelva a ejecutar una ejecución con la APIUso de la herramienta Rerun

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Vuelva a ejecutar una ejecución HealthOmics

En el caso de las ejecuciones que aún no hayas eliminado, usa la consola o la API para volver a ejecutar la ejecución. Para las ejecuciones que hayas eliminado, usa la herramienta. HealthOmics rerun

Vuelva a ejecutar una ejecución con la consola

Desde la consola, sigue estos pasos para volver a ejecutar una ejecución:

  1. Abra la consola de HealthOmics .

  2. Si es necesario, abre el panel de navegación izquierdo (≡). Elija Ejecuciones.

  3. En la página Ejecuciones, seleccione la ejecución que desee volver a ejecutar.

  4. En el menú de acciones situado encima de la tabla, selecciona Volver a ejecutar.

Vuelva a ejecutar una ejecución con la API

Usa la operación StartRun de API para volver a ejecutar una ejecución existente. Proporcione las siguientes entradas obligatorias:

  • Un ARN de rol de servicio ()roleArn.

  • El ID de la ejecución que se va a duplicar (runId).

  • Una ubicación de Amazon S3 donde la ejecución guarda las salidas de la ejecución (outputUri).

aws omics start-run 
     --run-id run id \
     --role-arn arn:aws:iam::1234567892012:role/service-role/OmicsWorkflow-20221004T164236 \
     --output-uri s3://workflow-output-b6f2fce1

Uso de la herramienta Rerun

En el caso de una ejecución eliminada, puede descargar y utilizar la HealthOmics rerun herramienta para volver a ejecutarla. La herramienta recupera la información de ejecución del manifiesto de CloudWatch registros. Descargue la rerun herramienta desde el GitHub repositorio de HealthOmics herramientas.

En el siguiente ejemplo, se muestra cómo utilizar la rerun herramienta.

aws-healthomics-rerun 9876543

Si la ejecución existe en CloudWatch, recibirá una respuesta similar a la del siguiente ejemplo de salida. Si el flujo de trabajo ya no existe, recibirá un mensaje de error.

Original request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "sample_rerun",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun request:
{
  "workflowId": "9679729",
  "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/DemoRole",
  "name": "new test",
  "parameters": {
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/default:latest",
    "file1": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/8647780323/readSet/6389608538"
  },
  "outputUri": "s3://workflow-output-bcf2fcb1"
}
StartRun response:
{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9171779",
  "id": "9171779",
  "status": "PENDING",
  "tags": {}
}