Exportación de conjuntos de HealthOmics lectura a un bucket de Amazon S3 - AWS HealthOmics

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Exportación de conjuntos de HealthOmics lectura a un bucket de Amazon S3

Puede exportar conjuntos de lectura como un trabajo de exportación por lotes a un bucket de Amazon S3. Para ello, cree primero una política de IAM que tenga acceso de escritura al bucket, similar al siguiente ejemplo de política de IAM.

JSON
{
  "Version":"2012-10-17",		 	 	 
  "Statement": [
    {
      "Effect": "Allow",
      "Action": [
        "s3:PutObject",
        "s3:GetBucketLocation"
      ],
      "Resource": [
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1",
        "arn:aws:s3:::amzn-s3-demo-bucket1/*"
      ]
    }
  ]
}
JSON
{
"Version":"2012-10-17",		 	 	 
"Statement": [
  {
      "Effect": "Allow",
      "Principal": {
          "Service": [
              "omics.amazonaws.com"
          ]
      },
      "Action": "sts:AssumeRole"
  }
]
}

Una vez establecida la política de IAM, comience el trabajo de exportación del conjunto de lectura. En el siguiente ejemplo, se muestra cómo hacerlo mediante la operación de API start-read-set-export-job. En el siguiente ejemplo, sustituya todos los parámetros,sequence store ID, destinationrole ARN, ysources, por su entrada.

aws omics start-read-set-export-job 
--sequence-store-id sequence store id \
--destination valid s3 uri \
--role-arn role ARN \
--sources readSetId=read set id_1 readSetId=read set id_2

Recibirá la siguiente respuesta con información sobre el almacén de secuencias de origen y el bucket de Amazon S3 de destino. 

{
"id": <job-id>,
"sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
"destination": <destination-s3-uri>,
"status": "SUBMITTED",
"creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00"
}

Una vez iniciado el trabajo, puede determinar su estado mediante la operación de API get-read-set-export-job, como se muestra a continuación. Sustituya sequence store ID y job ID por su ID de almacén de secuencias y su ID de trabajo, respectivamente. 

aws omics get-read-set-export-job --id job-id --sequence-store-id sequence store ID

Puede ver todos los trabajos de exportación inicializados para un almacén de secuencias mediante la operación de la API list-read-set-export-jobs, como se muestra a continuación. Sustitúyalo por el sequence store ID ID del almacén de secuencias.

aws omics list-read-set-export-jobs --sequence-store-id sequence store ID.
{
"exportJobs": [
  {
      "id": <job-id>,
      "sequenceStoreId": <sequence-store-id>,
      "destination": <destination-s3-uri>,
      "status": "COMPLETED",
      "creationTime": "2022-10-22T01:33:38.079000+00:00",
      "completionTime": "2022-10-22T01:34:28.941000+00:00"
  }
]
}

Además de exportar sus conjuntos de lectura, también puede compartirlos mediante el acceso a Amazon S3 URIs. Para obtener más información, consulte Acceso a conjuntos de HealthOmics lectura con Amazon S3 URIs.