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Obtenga información sobre las carreras - AWS HealthOmics
Obtener el estado y los detalles de la ejecuciónEnumere todas las ejecucionesEnumere las tareas de una ejecuciónObtenga los detalles de la tareaEjecute los metadatos en CloudWatch

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Obtenga información sobre las carreras

Tras iniciar una ejecución, puedes recuperar su estado, configuración y detalles a nivel de tarea mediante la HealthOmics API. En esta página se describe cómo:

Obtener el estado y los detalles de la ejecución

Usa la operación de la GetRun API para comprobar el estado y recuperar los detalles de una ejecución específica. Necesitas el ID de ejecución, que se devuelve al iniciar una ejecución.

aws omics get-run --id run_id
Buscar el ID de ejecución

Puedes encontrar el ID de ejecución de las siguientes maneras:

  • De la respuesta de la StartRun API: el id campo se devuelve al iniciar una ejecución.

  • Desde la HealthOmics consola: en la página Ejecuciones, el ID de ejecución se muestra en la primera columna de la lista de ejecuciones.

  • Desde la ListRuns API: muestra todas las ejecuciones de tu cuenta con sus ID.

La respuesta incluye el estado de la ejecución, los detalles del flujo de trabajo, la información del acelerador y las marcas de tiempo. Los posibles estados de ejecución son:

Status Description (Descripción)
PENDING La ejecución se ha enviado y está esperando para empezar.
STARTING HealthOmics está aprovisionando recursos para la ejecución.
RUNNING La ejecución ejecuta tareas de forma activa.
COMPLETED La ejecución ha finalizado correctamente. Los archivos de salida están disponibles en la ubicación de salida de Amazon S3.
FAILED La ejecución detectó un error. Consulte Motivos de error de ejecución.
CANCELLED El usuario canceló la ejecución.

Cuando se ejecutaCOMPLETED, puede encontrar los archivos de salida en su bucket de salida de Amazon S3, en una carpeta que lleva el nombre del ID de la ejecución.

Ejemplo de respuesta

En el siguiente ejemplo, se muestra la respuesta a una ejecución completa de un flujo de trabajo de WDL privado con un acelerador de GPU:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/7830534",
    "id": "7830534",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "4074992",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "3.0.0",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "RunGroupMaxGpuTest",
    "runGroupId": "9938959",
    "digest": "sha256:a23a6fc54040d36784206234c02147302ab8658bed89860a...",
    "accelerators": "GPU",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/Admin/role_name",
    "creationTime": "2023-04-07T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2023-04-07T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2023-04-07T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

Campos clave de la respuesta

Campo Description (Descripción)
uuid Identificador único y universal para la ejecución. AdemásoutputUri, se puede usar para rastrear dónde se escriben los datos de salida.
status Estado de ejecución actual (consulte la tabla anterior).
workflowType Si el flujo de trabajo es PRIVATE oREADY2RUN.
accelerators Tipo de acelerador utilizado (por ejemplo,GPU), si corresponde.
digest SHA-256 resumen de la definición del flujo de trabajo.
creationTime Cuándo se envió la ejecución.
startTime Cuándo comenzó a ejecutarse la ejecución.
stopTime Cuando la ejecución finalizó o se canceló.
engineSettings Los ajustes del motor se aplicaron a la carrera. Este campo se devuelve solo para los flujos de trabajo de Nextflow. Si especifica la configuración del motor para los flujos de trabajo de WDL o CWL, se ignoran silenciosamente y este campo no aparece en la respuesta. GetRun Consulte Especifique la configuración del motor Nextflow.

Ejemplo de respuesta para una ejecución de Nextflow con la configuración del motor

En el caso de las ejecuciones de Nextflow que se iniciaron con la configuración del motor, la GetRun respuesta incluye un engineSettings mapa que refleja los valores aplicados a la ejecución. El siguiente ejemplo muestra una ejecución que se inició con una versión de motor fija y dos perfiles.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/9876543",
    "id": "9876543",
    "uuid": "1a2b3c4d-5e6f-7a8b-9c0d-1e2f3a4b5c6d",
    "status": "COMPLETED",
    "workflowId": "1122334",
    "workflowType": "PRIVATE",
    "workflowVersionName": "1.2.1",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole",
    "name": "nextflow-rnaseq-run",
    "outputUri": "s3://amzn-s3-demo-bucket/output",
    "engineSettings": {
        "engineVersion": "26.04",
        "profile": "test,docker"
    },
    "creationTime": "2024-09-10T16:44:22.262471+00:00",
    "startTime": "2024-09-10T16:56:12.504000+00:00",
    "stopTime": "2024-09-10T17:22:29.908813+00:00",
    "tags": {}
}

El engineSettings campo se devuelve solo para los flujos de trabajo de Nextflow. En el caso de los flujos de trabajo de WDL y CWL, este campo no está presente en la respuesta. Para obtener más información, consulte Especifique la configuración del motor Nextflow.

Enumere todas las ejecuciones

Usa la operación de la ListRuns API para ver todas las ejecuciones de tu cuenta:

aws omics list-runs

La respuesta devuelve una lista paginada de ejecuciones con información resumida que incluye el identificador de la ejecución, el nombre, el estado y las marcas de tiempo. Utilice el --starting-token parámetro para recuperar páginas adicionales.

Enumere las tareas de una ejecución

Usa la operación de la ListRunTasks API para ver todas las tareas completadas en una ejecución específica:

aws omics list-run-tasks --id run_id

La respuesta devuelve una lista de tareas con su estado, asignación de recursos e información sobre el tiempo.

Obtenga los detalles de la tarea

Usa la operación de la GetRunTask API para obtener información detallada sobre una tarea específica dentro de una ejecución:

aws omics get-run-task --id run_id --task-id task_id

La respuesta incluye detalles a nivel de tarea, como la CPU, la asignación de memoria, la imagen del contenedor y el estado de la tarea.

Ejecute los metadatos en CloudWatch

Cuando se completa una ejecución, HealthOmics envía los metadatos de la ejecución a los CloudWatch registros que se encuentran debajo de la secuencia:

manifest/run/run_id/run_uuid

El manifiesto incluye la configuración completa de la ejecución, los parámetros de entrada, los resúmenes de recursos y los detalles a nivel de tarea. A continuación se muestra un ejemplo del manifiesto:

[
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "creationTime": "2022-08-24T19:53:55.284Z",
    "resourceDigests": {
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
      "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
      "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals": "etag:27fdd1341246896721ec49a46a575334",
      "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt": "etag:e22f5aeed0b350a66696d8ffae453227"
    },
    "digest": "sha256:a5baaff84dd54085eb03f78766b0a367e93439486bc3f67de42bb38b93304964",
    "engine": "WDL",
    "main": "gatk4-basic-joint-genotyping-v2.wdl",
    "name": "1044-gvcfs",
    "outputUri": "s3://omics-data/workflow-output",
    "parameters": {
      "callset_name": "cohort",
      "input_gvcf_uris": "s3://omics-data/workflow-input-lists/dragen-gvcf-list.txt",
      "interval_list": "s3://omics-data/intervals/hg38-mjs-whole-chr.500M.intervals",
      "ref_dict": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.dict",
      "ref_fasta": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
      "ref_fasta_index": "s3://omics-data/broad-references/hg38/v0/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole",
    "startedBy": "arn:aws:sts::123456789012:assumed-role/admin/ahenroid-Isengard",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.582Z",
    "storageCapacity": 9600,
    "uuid": "a3b0ca7e-9597-4ecc-94a4-6ed45481aeab",
    "workflow": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:workflow/1558364",
    "workflowType": "PRIVATE"
  },
  {
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:task/1245938",
    "cpus": 16,
    "creationTime": "2022-08-24T20:06:32.971290",
    "image": "123456789012.dkr.ecr.us-west-2.amazonaws.com/gatk",
    "imageDigest": "sha256:8051adab0ff725e7e9c2af5997680346f3c3799b2df3785dd51d4abdd3da747b",
    "memory": 32,
    "name": "geno-123",
    "run": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:run/1695324",
    "startTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "status": "SUCCESS",
    "stopTime": "2022-08-24T20:08:22.278Z",
    "uuid": "44c1a30a-4eee-426d-88ea-1af403858f76"
  },
  ...
]

Para obtener más información sobre los registros disponibles en CloudWatch las HealthOmics ejecuciones, consulteSupervisión HealthOmics con CloudWatch registros.

nota

Los metadatos de la ejecución no se eliminan de CloudWatch los registros aunque se elimine la ejecución de HealthOmics. Puedes utilizarlos CloudWatch para acceder a los metadatos de las ejecuciones que ya no están disponibles a través de la HealthOmics API.