Creación de HealthOmics almacenes de anotaciones - AWS HealthOmics
Crear un almacén de anotaciones mediante la consolaCrear un almacén de anotaciones mediante la API

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Creación de HealthOmics almacenes de anotaciones

importante

AWS HealthOmics Los almacenes de variantes y los almacenes de anotaciones ya no están abiertos a nuevos clientes. Los clientes existentes pueden seguir utilizando el servicio con normalidad. Para obtener más información, consulte AWS HealthOmics cambio en la disponibilidad del almacén de variantes y del almacén de anotaciones.

Un almacén de anotaciones es un banco de datos que representa una base de datos de anotaciones, como una de un archivo TSV, VCF o GFF. Si se especifica el mismo genoma de referencia, los almacenes de anotaciones se asignan al mismo sistema de coordenadas que los almacenes de variantes durante la importación. En los temas siguientes se muestra cómo utilizar la HealthOmics consola y cómo AWS CLI crear y gestionar almacenes de anotaciones.

Crear un almacén de anotaciones mediante la consola

Utilice el siguiente procedimiento para crear almacenes de anotaciones con la HealthOmics consola.

Para crear un almacén de anotaciones

  1. Abra la consola de HealthOmics .

  2. Si es necesario, abra el panel de navegación izquierdo (≡). Seleccione Almacenes de anotaciones.

  3. En la página Almacenes de anotaciones, elija Crear almacén de anotaciones.

  4. En la página Crear almacén de anotaciones, proporcione la siguiente información

    • Nombre del almacén de anotaciones: nombre exclusivo de este almacén.

    • Descripción (opcional): descripción de este genoma de referencia.

    • Formato de datos y detalles del esquema: seleccione el formato del archivo de datos y cargue la definición del esquema para este almacén.

    • Genoma de referencia: el genoma de referencia para esta anotación.

    • Cifrado de datos: elija si desea que el cifrado de datos sea de su propiedad y lo AWS gestione usted mismo.

    • Etiquetas (opcional): proporciona hasta 50 etiquetas para este almacén de anotaciones.

  5. Seleccione Crear almacén de anotaciones.

Crear un almacén de anotaciones mediante la API

El siguiente ejemplo muestra cómo crear un almacén de anotaciones mediante. AWS CLI Para todas las operaciones AWS CLI y las de la API, debe especificar el formato de los datos. 

aws omics create-annotation-store --name my_annotation_store \
           --store-format GFF \
           --reference referenceArn="arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           --version-name new_version

Recibirá la siguiente respuesta para confirmar la creación de su almacén de anotaciones.

{
           "creationTime": "2022-08-24T20:34:19.229500Z",
           "id": "3b93cdef69d2",
           "name": "my_annotation_store",
           "reference": {
               "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
           },
           "status": "CREATING"
           "versionName": "my_version"
       }

Para obtener más información sobre un almacén de anotaciones, usa la get-annotation-storeAPI.

aws omics get-annotation-store --name my_annotation_store

Recibirás la siguiente respuesta.

{
          "id": "eeb019ac79c2",
          "reference": {
              "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330“
          },
          "status": "ACTIVE",
          "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/gffstore",
          "name": "my_annotation_store",
          "creationTime": "2022-11-05T00:05:19.136131+00:00",
          "updateTime": "2022-11-05T00:10:36.944839+00:00",
          "tags": {},
          "storeFormat": "GFF",
          "statusMessage": "",
          "storeSizeBytes": 0,
          "numVersions": 1
      }

Para ver todos los almacenes de anotaciones asociados a una cuenta, utilice la operación de list-annotation-storesAPI.

aws omics list-annotation-stores

Recibirá una respuesta en la que se enumeran todos los almacenes de anotaciones, junto con sus IDs estados y otros detalles, como se muestra en el siguiente ejemplo de respuesta.

{
           "annotationStores": [
               {
                  "id": "4d8f3eada259",
                   "reference":
                       "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/5638433913/reference/5871590330"
                   },
                   "status": "CREATING",
                   "name": "gffstore",
                   "creationTime": "2022-09-27T17:30:52.182990+00:00",
                   "updateTime": "2022-09-27T17:30:53.025362+00:00"
               }
           ]
       }

También puede filtrar las respuestas en función del estado u otros criterios.