Creación de HealthOmics versiones de almacenes de anotaciones - AWS HealthOmics

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Creación de HealthOmics versiones de almacenes de anotaciones

importante

AWS HealthOmics las tiendas de variantes y las tiendas de anotaciones ya no están abiertas a nuevos clientes. Los clientes existentes pueden seguir utilizando el servicio con normalidad. Para obtener más información, consulte AWS HealthOmics cambio en la disponibilidad del almacén de variantes y del almacén de anotaciones.

Puede crear nuevas versiones de los almacenes de anotaciones para recopilar diferentes versiones de sus bases de datos de anotaciones. Esto le ayuda a organizar los datos de las anotaciones, que se actualizan periódicamente.

Para crear una nueva versión de un almacén de anotaciones existente, usa la create-annotation-store-versionAPI como se muestra en el siguiente ejemplo.

aws omics create-annotation-store-version \
     --name my_annotation_store \
     --version-name my_version

Recibirás la siguiente respuesta con el ID de versión del almacén de anotaciones, lo que confirmará que se ha creado una nueva versión de tu anotación.

{
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "id": "3b93cdef69d2",
     "name": "my_annotation_store",
     "reference": {
         "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
     },
     "status": "CREATING",
     "versionName": "my_version"
}

Para actualizar la descripción de una versión del almacén de anotaciones, puede utilizar esta opción update-annotation-store-versionpara añadir actualizaciones a una versión del almacén de anotaciones. 

aws omics update-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version \
    --description "New Description"

Recibirá la siguiente respuesta, que confirmará que la versión del almacén de anotaciones se ha actualizado.

{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "2a3f4a44aa7b",
     "description":"New Description",
     "status": "ACTIVE",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version",
     "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:26:17.892034+00:00"
}

Para ver los detalles de una versión del almacén de anotaciones, utilice. get-annotation-store-version

aws omics get-annotation-store-version --name my_annotation_store --version-name my_version

Recibirá una respuesta con el nombre, el estado y otros detalles de la versión.

{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "2a3f4a44aa7b",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
    }

Para ver todas las versiones de un almacén de anotaciones, puede utilizar lo siguiente list-annotation-store-versions, como se muestra en el siguiente ejemplo.

aws omics list-annotation-store-versions --name my_annotation_store

Recibirá una respuesta con la siguiente información

{
  "annotationStoreVersions": [
    {
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "2a3f4a44aa7b",
     "status": "CREATING",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_2",
     "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
     "versionSizeBytes": 0
    },
    {
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
    }
}

Si ya no necesita una versión del almacén de anotaciones, puede utilizarla delete-annotation-store-versionspara eliminar una versión del almacén de anotaciones, como se muestra en el siguiente ejemplo.

aws omics delete-annotation-store-versions --name my_annotation_store --versions my_version

Si la versión de tienda se elimina sin errores, recibirá la siguiente respuesta.

{
  "errors": []
}

Si hay errores, recibirás una respuesta con los detalles de los errores, tal y como se muestra.

{
  "errors": [
    {
      "versionName": "my_version",
      "message": "Version with versionName: my_version was not found."
    }
  ]
}

Si intenta eliminar una versión del almacén de anotaciones que tiene un trabajo de importación activo, recibirá una respuesta con un error, como se muestra.

{
  "errors": [
    {
      "versionName": "my_version",
      "message": "version has an inflight import running"
    }
  ]
}

En este caso, puede forzar la eliminación de la versión del almacén de anotaciones, como se muestra en el siguiente ejemplo.

aws omics delete-annotation-store-versions --name my_annotation_store --versions my_version --force