Die vorliegende Übersetzung wurde maschinell erstellt. Im Falle eines Konflikts oder eines Widerspruchs zwischen dieser übersetzten Fassung und der englischen Fassung (einschließlich infolge von Verzögerungen bei der Übersetzung) ist die englische Fassung maßgeblich. # Rufen Sie genetische Varianten mit bwa und bcftools auf Deadline Cloud auf Das [ Jobpaket ](https://github.com/aws-deadline/deadline-cloud-samples/tree/mainline/job_bundles/variant_calling_bwa) variant\_calling\_bwa auf der GitHub Website findet die genetischen Unterschiede zwischen einem Individuum und einem Referenzgenom. Es ordnet die Sequenzierung von Lesevorgängen an`bwa`, ruft Varianten auf und führt die Ergebnisse in einer VCF-Datei zusammen`bcftools`. Die Pipeline implementiert die HealthOmics AWS-WDL-Tutorial-Pipeline zum Aufrufen von Varianten in Open Job Description neu. Das Paket zeigt Muster, die sich auf andere wissenschaftliche Workloads übertragen lassen: + Software, die als Conda-Pakete aus dem Bioconda-Kanal geliefert wird und nicht in Container-Images integriert ist. + Fan-out über zwei verschiedene Aufgabenparameter: Alignment-Streuungen über Proben und Varianten-Calling-Streuungen über Genomregionen, mit einem Zusammenführungsschritt beim Sammeln. + Eine Arbeitsumgebung, die überprüft, ob jedes benötigte Tool `PATH` einmal pro Sitzung aktiviert ist, und meldet die genauen Pakete und Kanäle, die konfiguriert werden müssen, falls welche fehlen. Das Paket erfordert eine Farm mit einer Linux-Flotte, eine Conda-Warteschlangenumgebung mit Kanälen, die `conda-forge bioconda` in dieser Reihenfolge eingestellt sind, und die Deadline Cloud-CLI. Laden Sie die Beispieldaten herunter (ca. 950 KB) und senden Sie dann: ``` python sample_inputs/fetch_test_data.py deadline bundle submit . ``` Die Standardparameter (2 Stichproben, 4 Regionen) ergeben 10 Aufgaben. In der README-Datei geht es darum, Ihre eigene Kohorte mitzubringen, die Regionsliste zu skalieren und die Schritte, die eine Produktionsanalyse hinzufügen würde. Weitere Beispiele aus den Biowissenschaften finden Sie unter, und. [Prognostizieren Sie Proteinstrukturen mit ESMFold auf Deadline Cloud](examples-jb-esmfold.md) [Führen Sie GROMACS-Molekulardynamiksimulationen auf Deadline Cloud aus](examples-jb-gromacs.md) [Führen Sie eine virtuelle Vorführung mit AutoDock Vina auf Deadline Cloud durch](examples-jb-virtual-screening.md)