Beispiele der Verwendung von HealthOmics mit AWS CLI

So stoppen Sie den Upload eines mehrteiligen Lesesatz-Uploads

Im folgenden Beispiel für abort-multipart-read-set-upload wird der Upload eines mehrteiligen Lesesatzes in Ihren HealthOmics-Sequenzspeicher gestoppt.

aws omics abort-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455

Mit diesem Befehl wird keine Ausgabe zurückgegeben.

Weitere Informationen finden Sie unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So akzeptieren Sie einen Teil der Analytics-Speicherdaten

Im folgenden Beispiel für accept-share wird ein Teil der Daten des HealthOmics Analytics-Stores akzeptiert.

aws omics accept-share \
    ----share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Ausgabe:

{
    "status": "ACTIVATING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifende Freigabe im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So löschen Sie mehrere Lesesätze

Im folgenden Beispiel für batch-delete-read-set werden zwei Lesesätze gelöscht.

aws omics batch-delete-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --ids 1234567890 0123456789

Wenn beim Löschen eines der angegebenen Lesesätze ein Fehler auftritt, gibt der Service eine Fehlerliste zurück.

{
    "errors": [
        {
            "code": "",
            "id": "0123456789",
            "message": "The specified readset does not exist."
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So brechen Sie einen Importauftrag für Anmerkungen

Im folgenden Beispiel für cancel-annotation-import-job wird ein Importauftrag für Anmerkungen mit der ID 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997 abgebrochen.

aws omics cancel-annotation-import-job \
    --job-id 04f57618-xmpl-4fd0-9349-e5a85aefb997

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So brechen Sie eine Ausführung ab

Im folgenden Beispiel für cancel-run wird eine Ausführung mit der ID 1234567 abgebrochen.

aws omics cancel-run \
    --id 1234567

Weitere Informationen finden Sie unter Ausführen des Lebenszyklus in einem Workflow im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So brechen Sie einen Variantenimportjob ab

Im folgenden Beispiel für cancel-variant-import-job wird ein Variantenimportauftrag mit der ID 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e abgebrochen.

aws omics cancel-variant-import-job \
    --job-id 69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So schließen Sie einen mehrteiligen Upload ab, nachdem Sie alle Komponenten hochgeladen haben.

Im folgenden Beispiel für complete-multipart-read-set-upload wird ein mehrteiliger Upload in einen Sequenzspeicher abgebrochen, sobald alle Komponenten hochgeladen wurden.

aws omics complete-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --parts '[{"checksum":"gaCBQMe+rpCFZxLpoP6gydBoXaKKDA/Vobh5zBDb4W4=","partNumber":1,"partSource":"SOURCE1"}]'

Ausgabe:

{
    "readSetId": "0000000001"
    "readSetId": "0000000002"
    "readSetId": "0000000003"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So erstellen Sie eine neue Version eines Annotationsspeichers

Im folgenden Beispiel für create-annotation-store-version wird eine neue Version eines Annotationsspeichers erstellt.

aws omics create-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "id": "3b93cdef69d2",
    "name": "my_annotation_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:referenceStore/6505293348/reference/5987565360"
    },
    "status": "CREATING",
    "versionName": "my_version"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen neuer Versionen von Annotationsspeichern im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

Beispiel 1: So erstellen Sie einen VCF-Annotationsspeicher

Im folgenden Beispiel für create-annotation-store wird ein Annotationsspeicher im VCF-Format erstellt.

aws omics create-annotation-store \
    --name my_ann_store \
    --store-format VCF \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "VCF"
}

Beispiel 2: So erstellen Sie einen TSV-Annotationsspeicher

Im folgenden Beispiel für create-annotation-store wird ein Annotationsspeicher im TSV-Format erstellt.

aws omics create-annotation-store \
    --name tsv_ann_store \
    --store-format TSV \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890 \
    --store-options file://tsv-store-options.json

tsv-store-options.json konfiguriert die Formatoptionen für Anmerkungen.

{
    "tsvStoreOptions": {
        "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
        "formatToHeader": {
            "CHR": "chromosome",
            "START": "start",
            "END": "end"
        },
        "schema": [
            {
                "chromosome": "STRING"
            },
            {
                "start": "LONG"
            },
            {
                "end": "LONG"
            },
            {
                "name": "STRING"
            }
        ]
    }
}

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:28:08.525586Z",
    "id": "861cxmpl96b0",
    "name": "tsv_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeFormat": "TSV",
    "storeOptions": {
        "tsvStoreOptions": {
            "annotationType": "CHR_START_END_ZERO_BASE",
            "formatToHeader": {
                "CHR": "chromosome",
                "END": "end",
                "START": "start"
            },
            "schema": [
                {
                    "chromosome": "STRING"
                },
                {
                    "start": "LONG"
                },
                {
                    "end": "LONG"
                },
                {
                    "name": "STRING"
                }
            ]
        }
    }
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So starten Sie einen mehrteiligen Lesesatz-Upload

Im folgenden Beispiel für create-multipart-read-set-upload wird ein mehrteiliger Lesesatz-Upload initiiert.

aws omics create-multipart-read-set-upload \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --name HG00146 \
    --source-file-type FASTQ \
    --subject-id mySubject\
    --sample-id mySample\
    --description "FASTQ for HG00146"\
    --generated-from "1000 Genomes"

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-07-13T23:25:20Z",
    "description": "FASTQ for HG00146",
    "generatedFrom": "1000 Genomes",
    "name": "HG00146",
    "sampleId": "mySample",
    "sequenceStoreId": "0123456789",
    "sourceFileType": "FASTQ",
    "subjectId": "mySubject",
    "uploadId": "1122334455"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So erstellen Sie einen Referenzspeicher

Im folgenden Beispiel für create-reference-store wird ein Referenzspeicher namens my-ref-store erstellt.

aws omics create-reference-store \
    --name my-ref-store

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-ref-store"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So erstellen Sie eine Ausführungsgruppe

Im folgenden Beispiel für create-run-group wird eine Ausführungsgruppe namens cram-converter erstellt.

aws omics create-run-group \
    --name cram-converter \
    --max-cpus 20 \
    --max-gpus 10 \
    --max-duration 600 \
    --max-runs 5

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "id": "1234567",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen von Ausführungsgruppen im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So erstellen Sie einen Sequenzspeicher

Im folgenden Beispiel für create-sequence-store wird ein Sequenzspeicher erstellt.

aws omics create-sequence-store \
    --name my-seq-store

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So erstellen Sie eine Freigabe eines HealthOmics-Analytics-Speichers

Im folgenden Beispiel für create-share sehen Sie, wie Sie eine Freigabe eines HealthOmics-Analytics-Speichers erstellen, der von einem Abonnenten außerhalb des Kontos akzeptiert werden kann.

aws omics create-share \
    --resource-arn "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store" \
    --principal-subscriber "123456789012" \
    --name "my_Share-123"

Ausgabe:

{
    "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
    "name": "my_Share-123",
    "status": "PENDING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifende Freigabe im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So erstellen Sie einen Variantenspeicher

Im folgenden Beispiel für create-variant-store wird ein Variantenspeicher namens my_var_store erstellt.

aws omics create-variant-store \
    --name my_var_store \
    --reference referenceArn=arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So erstellen Sie ein Workflow

Im folgenden Beispiel für create-workflow wird ein WDL-Workflow erstellt.

aws omics create-workflow \
    --name cram-converter \
    --engine WDL \
    --definition-zip fileb://workflow-crambam.zip \
    --parameter-template file://workflow-params.json

workflow-crambam.zip ist ein ZIP-Archiv, das eine Workflow-Definition enthält. workflow-params.json definiert Laufzeitparameter für den Workflow.

{
    "ref_fasta" : {
        "description": "Reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_fasta_index" : {
        "description": "Index of the reference genome fasta file",
        "optional": false
    },
    "ref_dict" : {
        "description": "dictionary file for 'ref_fasta'",
        "optional": false
    },
    "input_cram" : {
        "description": "The Cram file to convert to BAM",
        "optional": false
    },
    "sample_name" : {
        "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM",
        "optional": false
    }
}

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "CREATING",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen privater Workflows im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So löschen Sie eine Annotationsspeicherversion

Im folgenden Beispiel für delete-annotation-store-versions wird eine Version des Annotationsspeichers gelöscht.

aws omics delete-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store \
    --versions my_version

Ausgabe:

{
    "errors": []
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen neuer Versionen von Annotationsspeichern im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So löschen Sie einen Annotationsspeicher

Im folgenden Beispiel für delete-annotation-store wird ein Annotationsspeicher mit dem Namen my_vcf_store gelöscht.

aws omics delete-annotation-store \
    --name my_vcf_store

Ausgabe:

{
    "status": "DELETING"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So löschen Sie einen Referenzspeicher

Im folgenden Beispiel für delete-reference-store wird ein Referenzspeicher mit der ID 1234567890 gelöscht.

aws omics delete-reference-store \
    --id 1234567890

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So löschen Sie eine Referenz

Im folgenden Beispiel für delete-reference wird eine Referenz gelöscht.

aws omics delete-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So löschen Sie eine Ausführungsgruppe

Im folgenden Beispiel für delete-run-group wird eine Ausführungsgruppe mit der ID 1234567 gelöscht.

aws omics delete-run-group \
    --id 1234567

Weitere Informationen finden Sie unter Löschen von Ausführungen und Ausführungsgruppen im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So löschen Sie eine Workflow-Ausführung

Im folgenden Beispiel für delete-run wird eine Ausführung mit der ID 1234567 gelöscht.

aws omics delete-run \
    --id 1234567

Weitere Informationen finden Sie unter Löschen von Ausführungen und Ausführungsgruppen im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So löschen Sie einen Sequenzspeicher

Im folgenden Beispiel für delete-sequence-store wird ein Sequenzspeicher mit der ID 1234567890 gelöscht.

aws omics delete-sequence-store \
    --id 1234567890

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So löschen Sie einen Teil der HealthOmics-Analysedaten

Im folgenden Beispiel für delete-share wird eine kontoübergreifende Freigabe von Analysedaten gelöscht.

aws omics delete-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Ausgabe:

{
    "status": "DELETING"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifende Freigabe im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So löschen Sie einen Variantenspeicher

Im folgenden Beispiel für delete-variant-store wird ein Variantenspeicher namens my_var_store gelöscht.

aws omics delete-variant-store \
    --name my_var_store

Ausgabe:

{
    "status": "DELETING"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So löschen Sie einen Workflow

Im folgenden Beispiel für delete-workflow wird ein Workflow mit der ID 1234567 gelöscht.

aws omics delete-workflow \
    --id 1234567

Weitere Informationen finden Sie unter Löschen privater Workflows im im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So zeigen Sie einen Importauftrag für Anmerkungen an

Im folgenden Beispiel für get-annotation-import-job werden Details zu einem Importauftrag für Anmerkungen abgerufen.

aws omics get-annotation-import-job \
    --job-id 984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-30T01:40:11.017746Z",
    "destinationName": "tsv_ann_store",
    "id": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "COMPLETED",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "COMPLETED",
    "updateTime": "2022-11-30T01:42:39.134009Z"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie die Metadaten für eine Annotationsspeicherversion ab

Im folgenden Beispiel für get-annotation-store-version werden die Metadaten für die angeforderte Version des Annotationsspeichers abgerufen.

aws omics get-annotation-store-version \
    --name my_annotation_store \
    --version-name my_version

Ausgabe:

{
    "storeId": "4934045d1c6d",
    "id": "2a3f4a44aa7b",
    "status": "ACTIVE",
    "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version",
    "name": "my_annotation_store",
    "versionName": "my_version",
    "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
    "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
    "statusMessage": "",
    "versionSizeBytes": 0
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen neuer Versionen von Annotationsspeichern im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So zeigen Sie einen Annotationsspeicher an

Im folgenden Beispiel für get-annotation-store werden Details zu einem Annotationsspeicher mit dem Namen my_ann_store abgerufen.

aws omics get-annotation-store \
    --name my_ann_store

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
    "id": "0a91xmplc71f",
    "name": "my_ann_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
    "storeFormat": "VCF",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {}
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie einen Lesesatz-Aktivierungsauftrag an

Im folgenden Beispiel für get-read-set-activation-job werden Details zu einem Lesesatz-Aktivierungsauftrag abgerufen.

aws omics get-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "readSetId": "1234567890",
            "status": "FINISHED",
            "statusMessage": "No activation needed as read set is already in ACTIVATING or ACTIVE state."
        }
    ],
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job completed successfully."
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie einen Lesesatz-Exportauftrag an

Im folgenden Beispiel für get-read-set-export-job werden Details zu einem Lesesatz-Exportauftrag abgerufen.

aws omics get-read-set-export-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "COMPLETED",
    "statusMessage": "The job is submitted and will start soon."
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie einen Lesesatz-Importauftrag an

Im folgenden Beispiel für get-read-set-import-job werden Details zu einem Lesesatz-Importauftrag abgerufen.

aws omics get-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "sources": [
        {
            "name": "HG00100",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "bam-sample",
            "sourceFileType": "BAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "bam-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "bam-sample",
                "aws:omics:subjectId": "bam-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sourceFileType": "FASTQ",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_1.filt.fastq.gz",
                "source2": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/SRR233106_2.filt.fastq.gz"
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "fastq-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "fastq-sample",
                "aws:omics:subjectId": "fastq-subject"
            }
        },
        {
            "name": "HG00096",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "cram-sample",
            "sourceFileType": "CRAM",
            "sourceFiles": {
                "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00096.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                "source2": ""
            },
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress.",
            "subjectId": "cram-subject",
            "tags": {
                "aws:omics:sampleId": "cram-sample",
                "aws:omics:subjectId": "cram-subject"
            }
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie einen Lesesatz an

Im folgenden Beispiel für get-read-set-metadata werden Details zu den Dateien eines Lesesatzes abgerufen.

aws omics get-read-set-metadata \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
    "fileType": "FASTQ",
    "files": {
        "source1": {
            "contentLength": 310054739,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        },
        "source2": {
            "contentLength": 307846621,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 3
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "name": "HG00146",
    "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "sampleId": "fastq-sample",
    "sequenceInformation": {
        "alignment": "UNALIGNED",
        "totalBaseCount": 677717384,
        "totalReadCount": 8917334
    },
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "subjectId": "fastq-subject"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So laden Sie einen Lesesatz herunter

Im folgenden Beispiel für get-read-set wird Teil 3 eines Lesesatzes als1234567890.3.bam heruntergeladen.

aws omics get-read-set \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 3  1234567890.3.bam

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie einen Referenzimportauftrag an

Im folgenden Beispiel für get-reference-import-job werden Details zu einem Referenzimportauftrag abgerufen.

aws omics get-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sources": [
        {
            "name": "assembly-38",
            "sourceFile": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
            "status": "IN_PROGRESS",
            "statusMessage": "The source job is currently in progress."
        }
    ],
    "status": "IN_PROGRESS",
    "statusMessage": "The job is currently in progress."
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie eine Referenz an

Im folgenden Beispiel für get-reference-metadata werden Details zu einer Referenz abgerufen.

aws omics get-reference-metadata \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
    "files": {
        "index": {
            "contentLength": 160928,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 1
        },
        "source": {
            "contentLength": 3249912778,
            "partSize": 104857600,
            "totalParts": 31
        }
    },
    "id": "1234567890",
    "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
    "name": "assembly-38",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie einen Referenzspeicher an

Im folgenden Beispiel für get-reference-store werden Details zu einem Referenzspeicher abgerufen.

aws omics get-reference-store \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-09-23T23:27:20.364Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-rstore-0"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So laden Sie eine Genomreferenz herunter

Im folgenden Beispiel für get-reference wird Teil 1 eines Genoms als hg38.1.fa heruntergeladen.

aws omics get-reference \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --id 1234567890 \
    --part-number 1 hg38.1.fa

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie eine Ausführungsgruppe an

Im folgenden Beispiel für get-run-group werden Details zu einer Ausführungsgruppe abgerufen.

aws omics get-run-group \
    --id 1234567

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 20,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen von Ausführungsgruppen im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So zeigen Sie eine Aufgabe an

Im folgenden Beispiel für get-run-task werden Details zu einer Workflow-Aufgabe abgerufen.

aws omics get-run-task \
    --id 1234567 \
    --task-id 1234567

Ausgabe:

{
    "cpus": 1,
    "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
    "logStream": "arn:aws:logs:us-west-2:123456789012:log-group:/aws/omics/WorkflowLog:log-stream:run/1234567/task/1234567",
    "memory": 15,
    "name": "CramToBamTask",
    "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
    "status": "COMPLETED",
    "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
    "taskId": "1234567"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Aufgabenlebenszyklus in einer HealthOmics-Ausführung im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So zeigen Sie eine Workflow-Ausführung an

Im folgenden Beispiel für get-run werden Details zu einer Workflow-Ausführung abgerufen.

aws omics get-run \
    --id 1234567

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:58:22.615865Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "id": "1234567",
    "name": "cram-to-bam",
    "outputUri": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/",
    "parameters": {
        "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
        "ref_fasta_index": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai",
        "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
        "sample_name": "NA12878",
        "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram"
    },
    "resourceDigests": {
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai": "etag:f76371b113734a56cde236bc0372de0a",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict": "etag:3884c62eb0e53fa92459ed9bff133ae6",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta": "etag:e307d81c605fb91b7720a08f00276842-388",
        "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram": "etag:a9f52976381286c6143b5cc681671ec6"
    },
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "startedBy": "arn:aws:iam::123456789012:user/laptop-2020",
    "status": "STARTING",
    "tags": {},
    "workflowId": "1234567",
    "workflowType": "PRIVATE"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Ausführen des Lebenszyklus in einem Workflow im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So zeigen Sie einen Sequenzspeicher an

Im folgenden Beispiel für get-sequence-store werden Details zu einem Sequenzspeicher mit der ID 1234567890 abgerufen.

aws omics get-sequence-store \
    --id 1234567890

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-east-1:123456789012:sequenceStore/1234567890",
    "creationTime": "2022-11-23T19:55:48.376Z",
    "id": "1234567890",
    "name": "my-seq-store"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie die Metadaten zu einer Freigabe von HealthOmics-Analysedaten ab

Im folgenden Beispiel für get-share werden die Metadaten für eine kontoübergreifende Freigabe von Analysedaten abgerufen.

aws omics get-share \
    --share-id "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a"

Ausgabe:

{
    "share": {
        "shareId": "495c21bedc889d07d0ab69d710a6841e-dd75ab7a1a9c384fa848b5bd8e5a7e0a",
        "name": "my_Share-123",
        "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/omics_dev_var_store",
        "principalSubscriber": "123456789012",
        "ownerId": "555555555555",
        "status": "PENDING"
    }
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifende Freigabe im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So zeigen Sie einen Variantenimportauftrag an

Im folgenden Beispiel für get-variant-import-job werden Details zu einem Variantenimportauftrag abgerufen.

aws omics get-variant-import-job \
    --job-id edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
    "destinationName": "my_var_store",
    "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
    "items": [
        {
            "jobStatus": "IN_PROGRESS",
            "source": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz"
        }
    ],
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "runLeftNormalization": false,
    "status": "IN_PROGRESS",
    "updateTime": "2022-11-23T22:43:05.898309Z"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie einen Variantenspeicher an

Im folgenden Beispiel für get-variant-store werden Details zu einem Variantenspeicher abgerufen.

aws omics get-variant-store \
    --name my_var_store

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "CREATING",
    "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
    "storeSizeBytes": 0,
    "tags": {},
    "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So zeigen Sie einen Workflow an

Im folgenden Beispiel für get-workflow werden Details zu einem Workflow mit der ID 1234567 abgerufen.

aws omics get-workflow \
    --id 1234567

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
    "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
    "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
    "engine": "WDL",
    "id": "1234567",
    "main": "workflow-crambam.wdl",
    "name": "cram-converter",
    "parameterTemplate": {
        "ref_dict": {
            "description": "dictionary file for 'ref_fasta'"
        },
        "ref_fasta_index": {
            "description": "Index of the reference genome fasta file"
        },
        "ref_fasta": {
            "description": "Reference genome fasta file"
        },
        "input_cram": {
            "description": "The Cram file to convert to BAM"
        },
        "sample_name": {
            "description": "The name of the input sample, used to name the output BAM"
        }
    },
    "status": "ACTIVE",
    "statusMessage": "workflow-crambam.wdl\n    workflow CramToBamFlow\n        call CramToBamTask\n        call ValidateSamFile\n    task CramToBamTask\n    task ValidateSamFile\n",
    "tags": {},
    "type": "PRIVATE"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen privater Workflows im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So rufen Sie eine Liste von Annotations-Importaufträgen ab

Im folgenden Beispiel für list-annotation-import-jobs wird eine Liste von Annotations-Importaufgaben abgerufen.

aws omics list-annotation-import-jobs

Ausgabe:

{
    "annotationImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-30T01:39:41.478294Z",
            "destinationName": "gff_ann_store",
            "id": "18a9e792-xmpl-4869-a105-e5b602900444",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-30T01:47:09.145178Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-30T00:45:58.007838Z",
            "destinationName": "my_ann_store",
            "id": "4e9eafc8-xmpl-431e-a0b2-3bda27cb600a",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "FAILED",
            "updateTime": "2022-11-30T00:47:01.706325Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So listen Sie alle Versionen eines Annotationsspeichers auf

Im folgenden Beispiel für list-annotation-store-versions werden alle Versionen aufgelistet, die in einem Annotationsspeicher vorhanden sind.

aws omics list-annotation-store-versions \
    --name my_annotation_store

Ausgabe:

{
    "annotationStoreVersions": [
        {
        "storeId": "4934045d1c6d",
        "id": "2a3f4a44aa7b",
        "status": "CREATING",
        "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_2",
        "name": "my_annotation_store",
        "versionName": "my_version_2",
        "creation Time": "2023-07-21T17:20:59.380043+00:00",
        "versionSizeBytes": 0
},
{
     "storeId": "4934045d1c6d",
     "id": "4934045d1c6d",
     "status": "ACTIVE",
     "versionArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:annotationStore/my_annotation_store/version/my_version_1",
     "name": "my_annotation_store",
     "versionName": "my_version_1",
     "creationTime": "2023-07-21T17:15:49.251040+00:00",
     "updateTime": "2023-07-21T17:15:56.434223+00:00",
     "statusMessage": "",
     "versionSizeBytes": 0
     }

}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen neuer Versionen von Annotationsspeichern im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So rufen Sie eine Liste der Annotationsspeicher ab

Im folgenden Beispiel für list-annotation-stores wird eine Liste von Annotationsspeichern abgerufen.

aws omics list-annotation-stores

Ausgabe:

{
    "annotationStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:48:39.226492Z",
            "id": "0a91xmplc71f",
            "name": "my_ann_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "ACTIVE",
            "statusMessage": "",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:annotationStore/my_ann_store",
            "storeFormat": "VCF",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:53:27.372840Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So listen Sie alle mehrteiligen Lesesatz-Uploads und deren Status auf

Im folgenden Beispiel für list-multipart-read-set-uploads werden alle mehrteiligen Lesesatz-Uploads und deren Status aufgelistet.

aws omics list-multipart-read-set-uploads \
    --sequence-store-id 0123456789

Ausgabe:

{
"uploads":
    [
        {
           "sequenceStoreId": "0123456789",
           "uploadId": "8749584421",
           "sourceFileType": "FASTQ",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "name": "HG00146",
            "description": "FASTQ for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:22:51.349298+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "5290538638",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00146",
            "description": "BAM for HG00146",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:33.116516+00:00"
        },
        {
            "sequenceStoreId": "0123456789",
            "uploadId": "4174220862",
            "sourceFileType": "BAM",
            "subjectId": "mySubject",
            "sampleId": "mySample",
            "generatedFrom": "1000 Genomes",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:845448930428:referenceStore/8168613728/reference/2190697383",
            "name": "HG00147",
            "description": "BAM for HG00147",
            "creationTime": "2023-11-29T19:23:47.007866+00:00"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So rufen Sie eine Liste der Lesesatz-Aktivierungsaufträge ab

Im folgenden Beispiel für list-read-set-activation-jobs wird eine Liste von Aktivierungsaufträgen für einen Sequenzspeicher mit der ID 1234567890 abgerufen.

aws omics list-read-set-activation-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "activationJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:33:42.828Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:32:45.213Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Lesesatz-Exportaufträgen ab

Im folgenden Beispiel für list-read-set-export-jobs wird eine Liste von Exportaufträgen für einen Sequenzspeicher mit der ID 1234567890 abgerufen.

aws omics list-read-set-export-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "exportJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-12-06T22:39:14.491Z",
            "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-12-06T22:38:04.871Z",
            "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
            "id": "1234567890",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Lesesatz-Importaufträgen ab

Im folgenden Beispiel für list-read-set-import-jobs wird eine Liste von Importaufträgen für einen Sequenzspeicher mit der ID 1234567890 abgerufen.

aws omics list-read-set-import-jobs \
    --sequence-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-29T18:17:49.244Z",
            "creationTime": "2022-11-29T17:32:47.700Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "completionTime": "2022-11-23T22:01:34.090Z",
            "creationTime": "2022-11-23T21:52:43.289Z",
            "id": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "COMPLETED_WITH_FAILURES"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So listen Sie alle Teile in einem angeforderten mehrteiligen Sequenzspeicher-Upload auf

Im folgenden Beispiel für list-read-set-upload-parts werden alle Teile in einem angeforderten mehrteiligen Sequenzspeicher-Upload aufgelistet.

aws omics list-read-set-upload-parts \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1

Ausgabe:

{
    "parts": [
        {
            "partNumber": 1,
            "partSize": 94371840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
        {
            "partNumber": 2,
            "partSize": 10471840,
            "file": "SOURCE1",
            "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635",
            "lastUpdatedTime": "2023-02-02T20:14:47.533000+00:00"
        }
      ]

}

Weitere Informationen finden Sie unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So rufen Sie eine Liste der Lesesätze ab

Im folgenden Beispiel für list-read-sets wird eine Liste von Lesesätzen für einen Sequenzspeicher mit der ID 1234567890 abgerufen.

aws omics list-read-sets \
    --sequence-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "readSets": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890/readSet/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T21:55:00.515Z",
            "fileType": "FASTQ",
            "id": "1234567890",
            "name": "HG00146",
            "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "sampleId": "fastq-sample",
            "sequenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "subjectId": "fastq-subject"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Referenzimportaufträgen ab

Im folgenden Beispiel für list-reference-import-jobs wird eine Liste von Referenzimportaufträgen für einen Referenzspeicher mit der ID 1234567890 abgerufen.

aws omics list-reference-import-jobs \
    --reference-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "importJobs": [
        {
            "completionTime": "2022-11-23T19:54:58.204Z",
            "creationTime": "2022-11-23T19:53:20.729Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "COMPLETED"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T20:34:03.250Z",
            "id": "1234567890",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "status": "IN_PROGRESS"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Referenzspeichern ab

Im folgenden Beispiel für list-reference-stores wird eine Liste von Referenzspeichern abgerufen.

aws omics list-reference-stores

Ausgabe:

{
    "referenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:13:25.947Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-ref-store"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Referenzen ab

Im folgenden Beispiel für list-references wird eine Liste von Genomreferenzen für einen Referenzspeicher mit der ID 1234567890 abgerufen.

aws omics list-references \
    --reference-store-id 1234567890

Ausgabe:

{
    "references": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z",
            "id": "1234567890",
            "md5": "7ff134953dcca8c8997453bbb80b6b5e",
            "name": "assembly-38",
            "referenceStoreId": "1234567890",
            "status": "ACTIVE",
            "updateTime": "2022-11-22T22:27:09.033Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Ausführungsgruppen ab

Im folgenden Beispiel für list-run-groups wird eine Liste von Ausführungsgruppen abgerufen.

aws omics list-run-groups

Ausgabe:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
            "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
            "id": "1234567",
            "maxCpus": 20,
            "maxDuration": 600,
            "name": "cram-convert"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen von Ausführungsgruppen im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So rufen Sie eine Liste von Aufgaben ab

Im folgenden Beispiel für list-run-tasks wird eine Liste von Aufgaben für eine Workflow-Ausführung abgerufen.

aws omics list-run-tasks \
    --id 1234567

Ausgabe:

{
    "items": [
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:13:00.718651Z",
            "memory": 15,
            "name": "CramToBamTask",
            "startTime": "2022-11-30T23:17:47.016Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:18:21.503Z",
            "taskId": "1234567"
        },
        {
            "cpus": 1,
            "creationTime": "2022-11-30T23:18:32.315606Z",
            "memory": 4,
            "name": "ValidateSamFile",
            "startTime": "2022-11-30T23:23:40.165Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-11-30T23:24:14.766Z",
            "taskId": "1234567"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Aufgabenlebenszyklus in einer HealthOmics-Ausführung im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So rufen Sie eine Liste der Workflow-Ausführungen ab

Im folgenden Beispiel für list-runs wird eine Liste von Workflow-Ausführungen abgerufen.

aws omics list-runs

Ausgabe:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-02T23:20:01.202074Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-02T23:29:18.115Z",
            "status": "COMPLETED",
            "stopTime": "2022-12-02T23:57:54.428812Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-03T00:16:57.180066Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "priority": 1,
            "startTime": "2022-12-03T00:26:50.233Z",
            "status": "FAILED",
            "stopTime": "2022-12-03T00:37:21.451340Z",
            "storageCapacity": 10,
            "workflowId": "1234567"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
            "creationTime": "2022-12-05T17:57:08.444817Z",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-to-bam",
            "status": "STARTING",
            "workflowId": "1234567"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Ausführen des Lebenszyklus in einem Workflow im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So rufen Sie eine Liste von Sequenzspeichern ab

Im folgenden Beispiel für list-sequence-stores wird eine Liste von Sequenzspeichern abgerufen.

aws omics list-sequence-stores

Ausgabe:

{
    "sequenceStores": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:sequenceStore/1234567890",
            "creationTime": "2022-11-23T01:24:33.629Z",
            "id": "1234567890",
            "name": "my-seq-store"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So listen Sie die verfügbaren Freigaben von HealthOmics-Analysedaten auf

Im folgenden Beispiel für list-shares werden alle Freigaben aufgelistet, die für einen Ressourcenbesitzer erstellt wurden.

aws omics list-shares \
    --resource-owner SELF

Ausgabe:

{
    "shares": [
        {
            "shareId": "595c1cbd-a008-4eca-a887-954d30c91c6e",
            "name": "myShare",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_1",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "PENDING"
        }
        {
            "shareId": "39b65d0d-4368-4a19-9814-b0e31d73c10a",
            "name": "myShare3456",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_2",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        },
        {
            "shareId": "203152f5-eef9-459d-a4e0-a691668d44ef",
            "name": "myShare4",
            "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:555555555555:variantStore/store_3",
            "principalSubscriber": "123456789012",
            "ownerId": "555555555555",
            "status": "ACTIVE"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Kontoübergreifende Freigabe im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So rufen Sie eine Tag-Liste ab

Im folgenden Beispiel für list-tags-for-resource wird eine Liste von Tags für eine Workflow-Ausführung mit der ID 1234567 abgerufen.

aws omics list-tags-for-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567

Ausgabe:

{
    "tags": {
        "department": "analytics"
    }
}

Weitere Informationen finden Sie unter Markieren von Ressourcen in Amazon Omics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Variantenimportaufträgen ab

Im folgenden Beispiel für list-variant-import-jobs wird eine Liste von Variantenimportaufgaben abgerufen.

aws omics list-variant-import-jobs

Ausgabe:

{
    "variantImportJobs": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:47:02.514002Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "69cb65d6-xmpl-4a4a-9025-4565794b684e",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:49:17.976597Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:42:50.037812Z",
            "destinationName": "my_var_store",
            "id": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508",
            "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
            "runLeftNormalization": false,
            "status": "COMPLETED",
            "updateTime": "2022-11-23T22:45:26.009880Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Variantenspeichern ab

Im folgenden Beispiel für list-variant-stores wird eine Liste von Variantenspeichern abgerufen.

aws omics list-variant-stores

Ausgabe:

{
    "variantStores": [
        {
            "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
            "id": "02dexmplcfdd",
            "name": "my_var_store",
            "reference": {
                "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
            },
            "status": "CREATING",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/my_var_store",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-11-23T22:09:24.931711Z"
        },
        {
            "creationTime": "2022-09-23T23:00:09.140265Z",
            "id": "8777xmpl1a24",
            "name": "myvstore0",
            "status": "ACTIVE",
            "storeArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:variantStore/myvstore0",
            "storeSizeBytes": 0,
            "updateTime": "2022-09-23T23:03:26.013220Z"
        }
    ]
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So rufen Sie eine Liste von Workflows ab

Im folgenden Beispiel für list-workflows wird eine Liste von Workflows abgerufen.

aws omics list-workflows

Ausgabe:

{
    "items": [
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-09-23T23:08:22.041227Z",
            "digest": "nSCNo/qMWFxmplXpUdokXJnwgneOaxyyc2YOxVxrJTE=",
            "id": "1234567",
            "name": "my-wkflow-0",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        },
        {
            "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567",
            "creationTime": "2022-11-30T22:33:16.225368Z",
            "digest": "sha256:c54bxmpl742dcc26f7fa1f10e37550ddd8f251f418277c0a58e895b801ed28cf",
            "id": "1234567",
            "name": "cram-converter",
            "status": "ACTIVE",
            "type": "PRIVATE"
        }
    ]
}

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen privater Workflows im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So importieren Sie Anmerkungen

Im folgenden Beispiel für start-annotation-import-job werden Anmerkungen aus Amazon S3 importiert.

aws omics start-annotation-import-job \
    --destination-name tsv_ann_store \
    --no-run-left-normalization \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/targetedregions.bed.gz

Ausgabe:

{
    "jobId": "984162c7-xmpl-4d23-ab47-286f7950bfbf"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So aktivieren Sie einen archivierten Lesesatz

Im folgenden Beispiel für start-read-set-activation-job werden zwei Lesesätze aktiviert.

aws omics start-read-set-activation-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:35:10.100Z",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So exportieren Sie einen Lesesatz

Im folgenden Beispiel für start-read-set-export-job werden zwei Lesesätze nach Amazon S3 exportiert.

   aws omics start-read-set-export-job \
       --sequence-store-id 1234567890 \
       --sources readSetId=1234567890 readSetId=1234567890 \
       --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ
\
       --destination s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-12-06T22:37:18.612Z",
    "destination": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/read-set-export/",
    "id": "1234567890",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So importieren Sie einen Lesesatz

Im folgenden Beispiel für start-read-set-import-job wird ein Lesesatz importiert.

aws omics start-read-set-import-job \
    --sequence-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources file://readset-sources.json

readset-sources.json ist ein JSON-Dokument mit dem folgenden Inhalt.

[
    {
        "sourceFiles":
        {
            "source1": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/HG00100.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20101123.bam"
        },
        "sourceFileType": "BAM",
        "subjectId": "bam-subject",
        "sampleId": "bam-sample",
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890",
        "name": "HG00100"
    }
]

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T01:36:38.158Z",
    "id": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "sequenceStoreId": "1234567890",
    "status": "SUBMITTED"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So importieren Sie ein Referenzgenom

Im folgenden Beispiel für start-reference-import-job wird ein Referenzgenom aus Amazon S3 importiert.

aws omics start-reference-import-job \
    --reference-store-id 1234567890 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --sources sourceFile=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta,name=assembly-38

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-22T22:25:41.124Z",
    "id": "1234567890",
    "referenceStoreId": "1234567890",
    "roleArn": "arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ",
    "status": "SUBMITTED"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So führen Sie einen Workflow aus

Im folgenden Beispiel für start-run wird ein Workflow mit der ID 1234567 ausgeführt.

aws omics start-run \
    --workflow-id 1234567 \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --name 'cram-to-bam' \
    --output-uri s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/workflow-output/ \
    --run-group-id 1234567 \
    --priority 1 \
    --storage-capacity 10 \
    --log-level ALL \
    --parameters file://workflow-inputs.json

workflow-inputs.json ist ein JSON-Dokument mit dem folgenden Inhalt.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/NA12878.cram",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta",
    "ref_fasta_index": "omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai"
}

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "1234567",
    "status": "PENDING",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen finden Sie unter Starten einer Ausführung im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So laden Sie Quelldateien aus Amazon Omics

Sie können Quelldateien auch aus dem Amazon-Omics-Speicher laden, indem Sie servicespezifische URIs verwenden. Die folgende Beispieldatei workflow-inputs.json verwendet Amazon-Omics-URIs für Lesesatz- und Referenzgenomquellen.

{
    "sample_name": "NA12878",
    "input_cram": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/readSet/1234567890/source1",
    "ref_dict": "s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.dict",
    "ref_fasta": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890",
    "ref_fasta_index": "omics://123456789012.storage.us-west-2.amazonaws.com/1234567890/reference/1234567890/index"
}

So importieren Sie eine Variantendatei

Im folgenden Beispiel für start-variant-import-job wird eine Variantendatei im VCF-Format importiert.

aws omics start-variant-import-job \
    --destination-name my_var_store \
    --no-run-left-normalization  \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/omics-service-role-serviceRole-W8O1XMPL7QZ \
    --items source=s3://omics-artifacts-01d6xmpl4e72dd32/Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.gz

Ausgabe:

{
    "jobId": "edd7b8ce-xmpl-47e2-bc99-258cac95a508"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So markieren Sie eine Ressource

Im folgenden Beispiel für tag-resource wird ein department-Tag zu einem Workflow mit der ID 1234567 hinzugefügt.

aws omics tag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tags department=analytics

Weitere Informationen finden Sie unter Markieren von Ressourcen in Amazon Omics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So entfernen Sie ein Tag von einer Ressource

Im folgenden Beispiel für untag-resource wird das department-Tag aus eine Workflow entfernt.

aws omics untag-resource \
    --resource-arn arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:workflow/1234567 \
    --tag-keys department

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Storage im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So aktualisieren Sie einen Annotationsspeicher

Im folgenden Beispiel für update-annotation-store wird die Beschreibung eines Annotationsspeichers namens my_vcf_store aktualisiert.

aws omics update-annotation-store \
    --name my_vcf_store \
    --description "VCF annotation store"

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-12-05T18:00:56.101860Z",
    "description": "VCF annotation store",
    "id": "bd6axmpl2444",
    "name": "my_vcf_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "storeFormat": "VCF",
    "updateTime": "2022-12-05T18:13:16.100051Z"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So aktualisieren Sie eine Ausführungsgruppe

Im folgenden Beispiel für update-run-group werden die Einstellungen einer Ausführungsgruppe mit der ID 1234567 aktualisiert.

aws omics update-run-group \
    --id 1234567 \
    --max-cpus 10

Ausgabe:

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:runGroup/1234567",
    "creationTime": "2022-12-01T00:58:42.915219Z",
    "id": "1234567",
    "maxCpus": 10,
    "maxDuration": 600,
    "name": "cram-convert",
    "tags": {}
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Workflows im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So aktualisieren Sie einen Variantenspeicher

Im folgenden Beispiel für update-variant-store wird die Beschreibung eines Variantenspeichers namens my_var_store aktualisiert.

aws omics update-variant-store \
    --name my_var_store \
    --description "variant store"

Ausgabe:

{
    "creationTime": "2022-11-23T22:09:07.534499Z",
    "description": "variant store",
    "id": "02dexmplcfdd",
    "name": "my_var_store",
    "reference": {
        "referenceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:referenceStore/1234567890/reference/1234567890"
    },
    "status": "ACTIVE",
    "updateTime": "2022-12-05T18:23:37.686402Z"
}

Weitere Informationen dazu finden Sie unter Omics Analytics im Amazon-Omics-Entwicklerhandbuch.

So aktualisieren Sie einen Workflow

Im folgenden Beispiel für 1234567 wird die Beschreibung eines Workflows mit der ID update-workflow aktualisiert.

aws omics update-workflow \
    --id 1234567 \
    --description "copy workflow"

Weitere Informationen finden Sie unter Erstellen oder Aktualisieren eines Workflows im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.

So laden Sie einen Teil des Lesesatzes hoch

Im folgenden Beispiel für upload-read-set-part wird ein bestimmter Teil eines Lesesatzes hochgeladen.

aws omics upload-read-set-part \
    --sequence-store-id 0123456789 \
    --upload-id 1122334455 \
    --part-source SOURCE1 \
    --part-number 1 \
    --payload /path/to/file/read_1_part_1.fastq.gz

Ausgabe:

{
    "checksum": "984979b9928ae8d8622286c4a9cd8e99d964a22d59ed0f5722e1733eb280e635"
}

Weitere Informationen finden Sie unter Direkter Upload in einen Sequenzspeicher im Benutzerhandbuch zu AWS HealthOmics.